Page 138 - 《广西植物》2023年第10期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｏｃｔ. ２０２３ꎬ ４３(１０): １８９２－１９０６
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２２０７０３３
施晓静ꎬ 程子丹ꎬ 张颖敏ꎬ 等ꎬ ２０２３. 基于全叶绿体基因组分析的栽培黄草乌基源研究 [ Ｊ]. 广西植物ꎬ ４３(１０):
１８９２－１９０６.
ＳＨＩ ＸＪꎬ ＣＨＥＮＧ ＺＤꎬ ＺＨＡＮＧ ＹＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｂａｓｅｄ ｓｔｕｄｙ ｏｎ ｏｒｉｇｉｎｓ ｏｆ ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ
Ｒａｄｉｘ Ａｃｏｎｉｔｕｍ Ｖｉｌｍｏｒｉｎｉａｎｉ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４３(１０): １８９２－１９０６.
基于全叶绿体基因组分析的栽培黄草乌基源研究
施晓静 ꎬ 程子丹 ꎬ 张颖敏 ꎬ 李国栋 ꎬ 马晓霞 １∗
１ꎬ３
２
１
１
( １. 云南中医药大学 中药学院ꎬ 昆明 ６５０５００ꎻ ２. 云南中医药大学 第一临床医学院ꎬ 昆明 ６５０５００ꎻ
３. 云南中医药大学 云南省傣医药与彝医药重点实验室ꎬ 昆明 ６５０５００ )
摘 要: 为探究云南伤科用毒性药材黄草乌(Ｒａｄｉｘ Ａｃｏｎｉｔｕｍ Ｖｉｌｍｏｒｉｎｉａｎｉ) 栽培品质量的影响因素ꎬ该研究
利用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ４０００ 高通量测序平台对来自 １０ 个不同栽培基地黄草乌样品的叶绿体基因组展开测序ꎬ
经过对测序数据的组装、注释ꎬ利用生物信息学工具对其叶绿体基因组特征展开分析并构建系统发育树ꎮ
结果表明:(１)１０ 个栽培品的叶绿体基因组全长 １５５ ７４４ ~ １５５ ９３７ ｂｐꎬ大单拷贝区和小单拷贝区分别为
８６ ３６３~８６ ５４８ ｂｐ、１６ ９２１~ １７ ００７ ｂｐꎬ反向重复区大小为 ２６ １７０~ ２６ ２３６ ｂｐꎬ均注释到 １３１ 个基因ꎮ (２)序
列鉴定出 ６０~ ７３ 个 ＳＳＲ 位点ꎬ基因组比较分析发现ꎬ１０ 个栽培品叶绿体基因组显示出一定的扩张ꎬ并在其
中发现了 ｔｒｎＫ￣ＵＵＵ－ｔｒｎＱ￣ＵＵＧ 等变异热点区域ꎮ (３)基于 ２ 个数据集的系统发育分析均表明ꎬＪＳ￣１￣４、ＱＪ￣１￣
２、ＬＸ￣１￣３、ＬＪ￣３￣２ 与黄草乌(Ａｃｏｎｉｔｕｍ ｖｉｌｍｏｒｉｎｉａｎｕｍ)亲缘关系较近ꎻＬＱ￣１￣３、ＧＪ￣１￣３、ＮＬ￣１￣３、ＤＣ￣２￣２ 和滇南草
乌(Ａ. ａｕｓｔｒｏｙｕｎｎａｎｅｎｓｅ)关系较近ꎻ基于全叶绿体基因组序列构建的系统进化树中 ＬＪ￣４￣３ 与马耳山乌头
(Ａ. ｄｅｌａｖａｙｉ)亲缘关系近ꎬＬＪ￣１￣２ 与宾川乌头(Ａ. ｄｕｃｌｏｕｘｉｉ)的亲缘关系较近ꎻ而基于蛋白质编码基因序列构
建的系统进化树中ꎬＬＪ￣４￣３ 与西南乌头(Ａ. ｅｐｉｓｃｏｐａｌｅ) 亲缘关系近ꎬＬＪ￣１￣２ 则与苍山乌头( Ａ. ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ) 关系
较近ꎮ 综上认为ꎬ黄草乌的栽培种植存在种源混杂的客观问题ꎬ主要有黄草乌和滇南草乌两种植物ꎬ个别栽
培基地还掺混了乌头属(Ａｃｏｎｉｔｕｍ)的其他物种ꎬ这可能是黄草乌栽培品质量不稳定的因素之一ꎮ
关键词: 栽培黄草乌ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 序列特征ꎬ 系统发育分析ꎬ 物种鉴定
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２３)１０￣１８９２￣１５
Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｂａｓｅｄ ｓｔｕｄｙ ｏｎ
ｏｒｉｇｉｎｓ ｏｆ ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ Ｒａｄｉｘ Ａｃｏｎｉｔｕｍ Ｖｉｌｍｏｒｉｎｉａｎｉ
１ １ ２ １ꎬ３ １∗
ＳＨＩ Ｘｉａｏｊｉｎｇ ꎬ ＣＨＥＮＧ Ｚｉｄａｎ ꎬ ＺＨＡＮＧ Ｙｉｎｇｍｉｎ ꎬ ＬＩ Ｇｕｏｄｏｎｇ ꎬ ＭＡ Ｘｉａｏｘｉａ
( １. Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ Ｙｕｎｎａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０５００ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ２. Ｆｉｒｓｔ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ
Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ Ｙｕｎｎａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０５００ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ３. Ｙｕｎｎａｎ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｄａｉ ａｎｄ Ｙｉ
Ｍｅｄｉｃｉｎｅｓꎬ Ｙｕｎｎａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ Ｋｕｎｍｉｎｇ ６５０５００ꎬ Ｃｈｉｎａ )
收稿日期: ２０２２－０８－２６
基金项目: 国家自然科学基金 (８２１６０７４６)ꎻ 云南省“万人计划”青年拔尖人才专项 (ＹＮＷＲ￣ＱＮＢＪ￣２０１９￣０１１)ꎮ
第一作者: 施晓静(１９９８－)ꎬ硕士ꎬ研究方向为中药资源开发与利用ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｓｘｊ１８７８７８１８４９９＠ ａｌｉｙｕｎ.ｃｏｍꎮ
∗
通信作者: 马晓霞ꎬ博士ꎬ副研究员ꎬ研究方向为中药资源开发与利用ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)１３７０８７６３９８０＠ １６３.ｃｏｍꎮ
