Page 99 - 《广西植物》2025年第12期

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Ｇｕｉｈａｉａ Ｄｅｃ. ２０２５ꎬ ４５(１２): ２２４１－２２５４

ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２５０４００８
雷翰霖ꎬ 黎若竹ꎬ 蔡杰ꎬ 等ꎬ ２０２５. 锦葵科 Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ 分支的质体基因组演化及系统发育分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４５(１２):
２２４１－２２５４.
ＬＥＩ ＨＬꎬ ＬＩ ＲＺꎬ ＣＡＩ Ｊꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２５. Ｐｌａｓｔｏｍｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ ｃｌａｄｅ (Ｍａｌｖａｃｅａｅ) [Ｊ].
Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４５(１２): ２２４１－２２５４.

锦葵科 Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ 分支的质体基因组
演化及系统发育分析

雷翰霖 １ꎬ２ꎬ５ ꎬ 黎若竹 ꎬ 蔡 杰 ꎬ 杨俊波 ꎬ 张志荣 ꎬ 李德铢 ꎬ 郁文彬 １ꎬ２ꎬ４∗
１
３
３
３
３
( １. 中国科学院西双版纳热带植物园 综合保护中心和云南省热带雨林与亚洲象保护重点实验室ꎬ 云南 勐腊 ６６６３０３ꎻ ２. 中国科学院
西双版纳热带植物园 云南省热带珍贵用材树种保护与利用国际联合实验室ꎬ 云南 勐腊 ６６６３０３ꎻ ３. 中国科学院
昆明植物研究所 中国西南野生生物种质资源库ꎬ 昆明 ６５０２０１ꎻ ４. 中国科学院东南亚生物多样性
研究中心ꎬ 云南 勐腊 ６６６３０３ꎻ ５. 中国科学院大学ꎬ 北京 １０００４９ )

摘 要: 广义锦葵科(Ｍａｌｖａｃｅａｅ ｓ.ｌ.)Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ 分支(含锦葵亚科和木棉亚科) 具有重要经济和生态价值ꎬ
但其内部系统发育关系存在争议ꎬ特别是绵绒树族、轻木族和南瓜榄族的系统位置ꎮ 目前ꎬＭａｌｖａｔｈｅｃａ 分支
的质体基因组多样性演化还缺乏较为全面的研究ꎮ 该研究整合了 Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ 分支 ８ 族 ３８ 属 １４２ 种的质体
全基因组(ＷＧＭ)数据ꎬ包括新组装 ７７ 个质体基因组ꎬ开展了质体基因组比较及系统发育分析ꎮ 结果表明:
(１) Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ 分支的质体基因组大小变化范围为 １５６ ７０１ ~ １６３ ７４１ ｂｐꎬ其变化主要受反向重复(ＩＲ) 区长
度与重复序列的数量影响ꎮ (２)通过分析 ＩＲ 和 ＳＣ 区域边界基因的差异确定了 ４ 种 ＩＲ 边界类型ꎬ其中类型
Ⅲａ被推断为 Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ 分支的祖先结构类型ꎬ相似的 ＩＲ 区收缩和扩张事件在该分支演化过程中独立发生
多次ꎮ (３)锦葵亚科和木棉亚科分别检测到 ８ 个高变区ꎬ其中 ｔｒｎＳ ＧＣＵ －ｔｒｎＧ ＵＣＣ 、ｐｅｔＡ－ｐｓｂＪ、ｎｄｈＤ－ｃｃｓＡ 及 ｙｃｆ１
为 ２ 个亚科共有高变区ꎮ 此外ꎬｔｒｎＳ ＧＣＵ －ｔｒｎＧ ＵＣＣ 、ｙｃｆ１ 及常用分子标记 ｎｄｈＦ 在 ２ 个亚科中均表现出较强的系
统发育分辨力ꎮ (４)基于质体 ＷＧＭ 矩阵与蛋白质编码序列(ＣＤＳ) 矩阵的系统发育拓扑结构基本一致ꎬ为
Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ 分支提供了可靠的系统发育框架ꎮ 结果显示ꎬＭａｌｖａｔｈｅｃａ 分支早期演化形成 ４ 个分支ꎬ其中绵绒
树族为最早分化类群ꎬ随后为轻木族ꎬ锦葵亚科与木棉亚科互为姐妹ꎮ 此外ꎬ猴面包树族、木棉族、木槿属和
黄花稔属均非单系ꎬ这些类群的组成和分类学处理仍需进一步研究ꎮ 该研究利用迄今为止取样最广泛的质
体基因组数据集ꎬ揭示了 Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ 分支内部的主要系统发育关系ꎬ并为理解该分支质体基因组特征与演
化提供了新的见解ꎮ
关键词: Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ 分支ꎬ 系统发育ꎬ 质体基因组ꎬ 木棉亚科ꎬ 锦葵亚科ꎬ 锦葵科

中图分类号: Ｑ９４９ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２５)１２￣２２４１￣１４

Ｐｌａｓｔｏｍｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ

ｏｆ ｔｈｅ Ｍａｌｖａｔｈｅｃａ ｃｌａｄｅ (Ｍａｌｖａｃｅａｅ)

收稿日期: ２０２５－０５－１１ 接受日期: ２０２５－０６－１１
基金项目: 云南省基金(２０２２０１ＡＴ０７０２３２ꎬ ２０２１０１ＢＣ０７０００３)ꎻ 科技基础性工作专项(２０２１ＦＹ１００２００)ꎻ 海南省重点研发计划项目
(ＺＤＹＦ２０２３ＲＤＹＬ０１)ꎻ 海南国家公园研究院资助项目(ＫＹ￣２４ＺＫ０２)ꎻ 兴滇人才创新团队项目(２０２４０５ＡＳ３５００１９)ꎻ 中国科学院重
大科技基础设施开放研究项目(２０１７￣ＬＳＦ￣ＧＢＯＷＳ￣０２)ꎮ
第一作者: 雷翰霖(１９９９—)ꎬ硕士研究生ꎬ研究方向为分子系统与演化ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｌｅｉｈａｎｌｉｎ＠ ｘｔｂｇ.ａｃ.ｃｎꎮ
∗
通信作者: 郁文彬ꎬ博士ꎬ研究员ꎬ研究方向为植物多样性保护与系统演化ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｙｕｗｅｎｂｉｎ＠ ｘｔｂｇ.ａｃ.ｃｎꎮ