Page 29 - 《广西植物》2026年第4期

４ 期 张晟等: 贵州九种猕猴桃属植物叶绿体基因组特征及比较分析 ５ ８ ７

Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｔｏ ｅｌｕｃｉｄａｔｅ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｗｉｔｈｉｎ ｔｈｅ ｇｅｎｕｓ Ａｃｔｉｎｉｄｉａꎬ
ｎｉｎｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｉｎ Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｐｒｏｖｉｎｃｅꎬ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ Ａ. ｐｏｌｙｇａｍａꎬ Ａ. ｒｕｂｒｉｃａｕｌｉｓ ｖａｒ. ｃｏｒｉａｃｅａꎬ ａｎｄ Ａ. ｃａｌｌｏｓａ
ｖａｒ. ｈｅｎｒｙｉꎬ ｗｅｒｅ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ. Ｂａｓｅｄ ｏｎ ｎｅｘｔ￣ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａꎬ ｗｅ ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ
ａｓｓｅｍｂｌｙꎬ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎꎬ ａｎｄ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｔｏ ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃａｌｌｙ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅ ｔｈｅｉｒ ｇｅｎｏｍｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ
ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｗｅｒｅ ａｓ ｆｏｌｌｏｗｓ: (１) Ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ａｌｌ ｎｉｎｅ Ａｃｔｉｎｉｄｉａ ｓｐｅｃｉｅｓ ｗｅｒｅ
ｄｏｕｂｌｅ￣ｓｔｒａｎｄｅｄ ｃｉｒｃｕｌａｒ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ｗｉｔｈ ａ ｔｙｐｉｃａｌ ｑｕａｄｒｉｐａｒｔｉｔｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ. Ｔｈｅｉｒ ｆｕｌｌ ｌｅｎｇｔｈｓ ｒａｎｇｅｄ ｆｒｏｍ １５５ ６６０ ｔｏ
１５６ ７７０ ｂｐꎬ ａｎｄ ｔｈｅ ｏｖｅｒａｌｌ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｖａｒｉｅｄ ｆｒｏｍ ３７.２１％ ｔｏ ３７.３３％ꎬ ｉｎｄｉｃａｔｉｎｇ ｈｉｇｈ ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｉｎ ｇｅｎｏｍｅ ｓｉｚｅ. (２)
Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ １３０ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｉｎ ｍｏｓｔ ｓｐｅｃｉｅｓꎬ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ８３ ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓꎬ ３９ ｔＲＮＡ ｇｅｎｅｓꎬ ａｎｄ ８ ｒＲＮＡ
ｇｅｎｅｓꎬ ｅｘｃｅｐｔ ｔｈａｔ １２９ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｉｎ Ａ. ｆｕｌｖｉｃｏｍａ ａｎｄ Ａ. ｆｏｒｔｕｎａｔｉｉ. (３) Ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ ｗａｓ ｓｉｍｉｌａｒ ａｍｏｎｇ
ｓｐｅｃｉｅｓꎬ ｗｉｔｈ ａ ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｆｏｒ Ａ/ Ｕ ａｔ ｔｈｅ ｔｈｉｒｄ ｃｏｄｏｎ ｐｏｓｉｔｉｏｎ. Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ ４９１ ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔ (ＳＳＲ) ｌｏｃｉ ｗｅｒｅ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄꎬ ｅｎｃｏｍｐａｓｓｉｎｇ ｓｉｘ ｒｅｐｅａｔ ｔｙｐｅｓ ｒａｎｇｉｎｇ ｆｒｏｍ ｍｏｎｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｔｏ ｈｅｘａｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ. (４) Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｔｈａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｗａｓ ｈｉｇｈｅｒ ｉｎ ｔｈｅ ｌａｒｇｅ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙ (ＬＳＣ) ａｎｄ ｓｍａｌｌ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙ (ＳＳＣ) ｒｅｇｉｏｎｓ
ｔｈａｎ ｉｎ ｔｈｅ ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔ (ＩＲ) ｒｅｇｉｏｎꎬ ａｎｄ ｔｈａｔ ｎｏｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ ｅｘｈｉｂｉｔｅｄ ｍｏｒｅ ｐｒｏｎｏｕｎｃｅｄ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｔｈａｎ ｃｏｄｉｎｇ
ｒｅｇｉｏｎｓ. Ｎｉｎｅ ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ ｇｅｎｅ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｗｅｒｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄꎬ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｓｐａｃｅｒｓ ｓｕｃｈ ａｓ ｒｐｓ１６－ｔｒｎＱ￣ＵＵＧꎬ ｎｄｈＣ－
ｔｒｎＶ￣ＵＡＣꎬ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｂｃＬ－ａｃｃＤ ｒｅｇｉｏｎ. (５) Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｒｅｓｏｌｖｅｄ ｔｈｅ ｎｉｎｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎｔｏ ｆｏｕｒ ｃｌａｄｅｓ: Ａ. ｐｏｌｙｇａｍａ
ｗａｓ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ ｄｉｓｔａｎｔ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｏｔｈｅｒｓꎻ Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ ａｎｄ Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ ｖａｒ. ｄｅｌｉｃｉｏｓａ ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ ｔｏｇｅｔｈｅｒꎻ Ａ. ｃａｌｌｏｓａ
ｖａｒ. ｈｅｎｒｙｉꎬ Ａ. ｒｕｂｒｉｃａｕｌｉｓ ｖａｒ. ｃｏｒｉａｃｅａꎬ Ａ. ｆｏｒｔｕｎａｔｉｉꎬ ａｎｄ Ａ. ｆｕｌｖｉｃｏｍａ ｆｏｒｍｅｄ ａ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｃｌａｄｅꎻ ａｎｄ Ａ. ｌａｔｉｆｏｌｉａ ｓｈｏｗｅｄ
ｔｈｅ ｃｌｏｓｅｓｔ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ ｗｉｔｈ Ａ. ｅｒｉａｎｔｈａ. Ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ｐｒｏｖｉｄｅｓ ａｎ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｂａｓｉｓ ａｔ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｌｅｖｅｌ ｆｏｒ ｔｈｅ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｏｆ ｋｉｗｉｆｒｕｉｔ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｉｎ Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｐｒｏｖｉｎｃｅꎬ ａｎｄ ａｌｓｏ ａｃｃｕｍｕｌａｔｅｓ ｋｅｙ ｄａｔａ ａｎｄ
ａ ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔａｘｏｎｏｍｙꎬ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ａｎｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｉｓ ｇｅｎｕｓ.
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ: Ａｃｔｉｎｉｄｉａꎬ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅꎬ ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓꎬ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔꎬ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ

猕猴桃为猕猴桃科( Ａｃｔｉｎｉｄｉａｃｅａｅ) 猕猴桃属 野生资源开展系统比较与进化分析ꎬ对厘清猕猴
(Ａｃｔｉｎｉｄｉａ Ｌｉｎｄｌ.)多年生藤本植物ꎬ驯化历史仅百 桃属植物的分类关系、促进省内种质资源的科学
余年ꎮ 全球的猕猴桃属植物约有 ５４ 个种和 ２１ 个 保护与可持续利用具有重要意义ꎮ

变种(Ｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００７)ꎬ自然分布在以中国为中心ꎬ 叶绿体是植物光合作用的关键细胞器ꎬ不仅
南起赤道、北至寒温带(北纬 ５０°)的亚洲东部地区 参与淀粉、脂肪酸、色素和氨基酸的生物合成ꎬ也
(黄宏文等ꎬ２０１３)ꎮ 贵州省地处中国西南ꎬ其复杂 是代谢与能量转换的重要场所ꎮ 其基因组通常为
的地貌与多样的小气候为野生猕猴桃提供了丰富 环状双链 ＤＮＡ 结构ꎬ具有相对保守的组成、单亲
的生境ꎮ 野生猕猴桃常见于山坡杂木林、溪边灌 遗传模式以及丰富的变异位点ꎬ因此被广泛用于
丛及林缘路旁等地ꎬ这也使贵州成为我国野生猕 植物系统发育重建、物种鉴定和遗传多样性分析
猴桃资源的重要分布区之一( 刘磊等ꎬ２０１５)ꎮ 我 等研究中( Ｎｏｃｋ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１ꎻ Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３)ꎮ
国丰富的猕猴桃资源为系统开展进化研究与遗传 近年来ꎬ随着测序技术的发展ꎬ猕猴桃叶绿体基因
育种工作提供了宝贵的材料( Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０)ꎬ这 组研究取得了一系列重要进展ꎮ 目前ꎬ已陆续报
使当下仅以中华猕猴桃(Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ)、美味猕猴桃 道了中华( Ｙａｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５ｂ)、山 梨 ( Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ.ꎬ
(Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ ｖａｒ. ｄｅｌｉｃｉｏｓａ)等少数种类为主要的商 ２０１８)、长叶( Ｑｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１)、阔叶( Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ
业化栽培格局更加丰富(Ｍａｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２)ꎮ 然而ꎬ ２０２１)、毛花( Ｙａｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２)、狗枣( Ｑｉｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ
该属植物种间杂交频繁且广泛( Ｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１４)ꎬ ２０２１)等猕猴桃物种的完整叶绿体基因组ꎬ为揭示
染色体倍性变异复杂(Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０)ꎬ仅凭外观 该属植物的遗传背景与进化关系提供了重要依
形态和生理特征难以准确鉴定ꎬ给分类学研究带 据ꎮ 基于叶绿体基因组的系统发育分析表明ꎬ美
来了较大困难ꎮ 因此ꎬ有必要提供更多的基因组 味猕猴桃、中华猕猴桃、黑蕊猕猴桃和硬齿猕猴桃
资源ꎬ以探索猕猴桃属内的系统发育关系( Ｚｈａｎｇ 亲缘关系较近(Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２)ꎮ 然而ꎬ目前针对
ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２５)ꎮ 在此背景下ꎬ利用贵州省内丰富的 贵州地区野生猕猴桃资源的叶绿体基因组研究仍