Page 30 - 《广西植物》2026年第4期

５ ８ ８ 广 西 植 物 ４６ 卷
相对有限ꎬ缺乏对多种野生资源的系统性比较与 ｇａｔｅｒｓｌｅｂｅｎ.ｄｅ / ｍｉｓａ / )对叶绿体基因组进行简单重
进化分析且猕猴桃属内某些近缘种的分类地位长 复系列(ｓｍｉｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔꎬＳＳＲ) 位点分析ꎬ设
期存在争议(黄宏文等ꎬ２０１３)ꎬ其亲缘关系尚未经 置单核苷酸至六核苷酸的最少重复性数目分别为
叶绿体基因组数据得以澄清ꎮ 贵州作为多种野生 １０、５、４、３、３、３ꎬ两个 ＳＳＲ 之间的距离≥１００ ｂｐꎮ
猕猴桃的分布中心ꎬ这些物种的遗传背景和进化 １.５ 密码子偏好性分析

历史仍不清楚ꎮ 提 取 叶 绿 体 基 因 组 的 编 码 序 列 ( ｃｏｄｉｎｇ
基于上述背景ꎬ本研究以贵州地区的 ９ 种猕猴 ｓｅｑｕｅｎｃｅꎬＣＤＳ)ꎬ去除重复序列、小于 ３００ ｂｐ 的序
桃属植物为材料ꎬ采用高通量测序与生物信息学 列和非 ＡＴＧ 起始的序列进行密码子偏好性分析ꎬ

分析方法ꎬ通过对叶绿体基因组进行组装、注释、 最终保留 ５０ 条 ＣＤＳ 进行后续分析ꎮ 参考 ＣｏｄｏｎＷ
比较与系统发育重建ꎬ探究以下问题:(１) 明确贵 软件的分析流程ꎬ使用自定义 Ｐｙｔｈｏｎ 脚本计算相
州 ９ 种猕猴桃的叶绿体基因组结构特征ꎻ(２) 分析 对同 义 密 码 子 使 用 度 ( ｒｅｌａｔｉｖｅ ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎ
不同物种间叶绿体基因组的特征差异ꎬ发现可用 ｕｓａｇｅꎬＲＳＣＵ)ꎮ
于猕猴桃属物种鉴定的潜在分子标记ꎻ(３) 基于叶 １.６ 叶绿体基因组比较分析
绿体基因组序列构建系统发育树ꎬ以阐明该地区 使 用 在 线 网 站 ＩＲｓｃｏｐｅ ( ｈｔｔｐｓ: / / ｉｒｓｃｏｐｅ.
猕猴桃属植物的亲缘关系ꎮ ｓｈｉｎｙａｐｐｓ.ｉｏ / ｉｒａｐｐ / ) 绘制 ９ 种猕猴桃属植物叶绿
体基因组中大单拷贝( ｌａｒｇｅ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙꎬＬＳＣ) 区、
１ 材料与方法 小单拷 贝 ( ｓｍａｌｌ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙꎬ ＳＳＣ) 区 和 反 向 重 复
(ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔꎬＩＲ) 区的区域边界进行差异分析
１.１ 材料 (Ａｍｉｒｙｏｕｓｅｆｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８ )ꎮ 利 用 ｍＶＩＳＴＡ 程 序
美味、中华和革叶等 ９ 种猕猴桃的幼嫩叶片均 (ｈｔｔｐｓ: / / ｇｅｎｏｍｅ. ｌｂｌ. ｇｏｖ / ｖｉｓｔａ / ｉｎｄｅｘ. ｓｈｔｍｌ) 将这些
为贵州省内野外采集或基地保存的猕猴桃野生资 物种的叶绿体基因组与中华猕猴桃( ＧｅｎＢａｎｋ ＩＤ:
源ꎬ共 ２２ 个样本ꎬ所有样本的物种鉴定信息及详 ＮＣ＿ ０２６６９０. １) 的 叶 绿 体 基 因 组 序 列 进 行 比 对
细采集地点见表 １ꎮ 叶片经纯水清洗擦干后ꎬ放置 (Ｆｒａｚｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４)ꎮ 用 ＭＡＦＦＴｖ７ 对叶绿体基因
于冻存管内进行液氮速冻ꎬ后置于－ ８０ ℃ 超低温 组序列进行比对ꎬ并利用 ＤｎａＳＰ( ｖｅｒｓｉｏｎ ６.１２.０３)
冰箱中保存ꎮ 进行滑动窗口分析检测核苷酸多态性ꎮ
１.２ 基因组 ＤＮＡ 提取与测序 １.７ 系统发育分析
采用改良 ＣＴＡＢ 法( 陈昆松等ꎬ２００４) 提取猕 从 ＮＣＢＩ 上下载已报道的中华(ＮＣ＿０２６６９０.１)、
猴桃叶片全基因组 ＤＮＡꎬ按照 Ｉｌｌｕｍｉｎａ 标准流程制 美味( ＮＣ＿０２６６９１.１)、革叶( ＯＭ９４９９０３. １)、葛枣
备测序文库ꎬ文库质检合格后利用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ 高通量 (ＮＣ ＿ ０３１１８６. １ )、 京 梨 ( ＯＭ９４９８８６. １ )、 条 叶
测序平台进行双末端测序ꎻ利用 Ｆａｓｔｐ 软件对原始 ( ＯＭ９４９９３２.１ )、 阔 叶 ( ＯＭ９４９８８７.１ ) 和 毛 花
测序数据进行质控过滤ꎬ获得高质量测序数据( Ｌｉ (ＯＭ９４９８９３. １) 猕 猴 桃ꎬ 以 及 外 类 群 绵 毛 藤 山 柳
ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９)ꎮ (Ｃｌｅｍａｔｏｖｌｅｔｈｒａ ａｃａｎｄｅｎｓ ｓｕｂｓｐ. ｈｅｍｓｌｅｙｉ ＫＸ３４５２９９.１)
１.３ 序列组装和注释 的叶绿体基因组序列与 ９ 种猕猴桃属植物( 共 ２２
利用 ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ 软件进行叶绿体基因组初 个样 本) 构 建 系 统 发 育 树ꎮ 用 ＭＡＦＦＴ ( ｈｔｔｐｓ: / /
步组装ꎮ 以中华猕猴桃( ＮＣ＿０２６６９０.１) 的叶绿体 ｍａｆｆｔ.ｃｂｒｃ.ｊｐ / ａｌｉｇｎｍｅｎｔ/ ｓｅｒｖｅｒ / )进行多重序列比较
基因组序列作为参考ꎬ通过 ＣＰＳｔｏｏｌｓ 工具对所得 (Ｏｌｉｖｅｉｒａ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２)ꎬ使用 ＩＱｔｒｅｅ２ 建树ꎬ使用在
的数 据 进 行 校 正 ( Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４ )ꎬ 采 用 线工 具 ｉＴＯＬ ( ｈｔｔｐｓ: / / ｉｔｏｌ. ｅｍｂｌ. ｄｅ) 美 化 系 统 发
ＣＰＧＡＶＡＳ２ 注释叶绿体基因组ꎮ 使用在线细胞器 育树ꎮ

基 因 组 绘 图 软 件 ( ｈｔｔｐｓ: / / ｉｒｓｃｏｐｅ. ｓｈｉｎｙａｐｐｓ. ｉｏ /
Ｃｈｌｏｒｏｐｌｏｔ/ )绘制 ９ 种猕猴桃属植物叶绿体基因组 ２ 结果与分析
物理图谱ꎮ
１.４ 简单重复序列分析 ２.１ 叶绿体基因组结构与特征
利 用 ＭＩＳＡ 在 线 软 件 ( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｅｂｂｌａｓｔ. ｉｐｋ￣ 葛枣、中华、美味、革叶、京梨、黄毛、条叶、阔