Page 33 - 《广西植物》2026年第4期
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４ 期 张晟等: 贵州九种猕猴桃属植物叶绿体基因组特征及比较分析 ５ ９ １
这 ９ 种 猕 猴 桃 叶 绿 体 基 因 组 的 总 体 ＧＣ 含 量 为 (２７ 个) 的数量在 ２０ 个以上ꎬ为优势重复单元ꎬ
３７.２１％ ~ ３７.３３％ꎬ其中条叶、京梨与黄毛猕猴桃的 同时表明猕猴桃属植物叶绿体 ＳＳＲ 具有明显的
ＧＣ 含量 相 对 较 高ꎻ ＬＳＣ 区 ＧＣ 含 量 为 ３５. ４５％ ~ Ａ / Ｔ 碱基偏好性ꎮ 此外ꎬ不同物种中也存在特有
３５. ５６％ꎬ ＩＲ 区 为 ４３. ０５％ ~ ４３. ４３％ꎬ ＳＳＣ 区 为 的 ＳＳＲ 类型ꎬ如 ＡＧＧ / ＣＣＴ 仅出现于中华和美味
３１.０９％ ~ ３１.１７％( 表 ２)ꎮ 整体而言ꎬ这些物种间 猕猴 桃 中ꎬ ＡＡＧ / ＣＴＴ 仅 存 在 于 毛 花 猕 猴 桃 中ꎬ
叶绿体基因组长度差异较小ꎬ结构相对保守ꎮ ＡＡＴＴ / ＡＡＴＴ 为 葛 枣 猕 猴 桃 特 有ꎬ 而 ＡＡＴＡＴ /
基因注释结果(表 ２) 显示ꎬ葛枣、中华、美味、 ＡＴＡＴＴ 则仅出现于条叶猕猴桃中( 图 ３:Ｂ) ꎮ
革叶、京梨、阔叶和毛花猕猴桃均注释到 １３０ 个基 ２.４ 叶绿体基因组比较分析
因ꎬ其中蛋白质编码基因 ８３ 个、ｔＲＮＡ 基因 ３９ 个、 以已报 道 的 中 华 猕 猴 桃 ( ＧｅｎＢａｎｋ ＩＤ: ＮＣ ＿
ｒＲＮＡ 基因 ８ 个ꎬ而黄毛和条叶猕猴桃因缺失 ｒｐｓ１９ ０２６６９０.１)注释序列作为参考序列ꎬ运用在线工具
基因 而 仅 注 释 到 １２９ 个 基 因ꎮ 在 ＩＲ 区ꎬ ｎｄｈＢ、 ｍＶＩＳＴＡ 分析得到 ９ 种猕猴桃属植物的叶绿体基
ｒｐｓ１２、ｒｐｓ７、ｙｃｆ１５、ｙｃｆ２ ５ 个蛋白质编码基因ꎬ８ 个 因组比对结果( 图 ４)ꎮ 结果显示ꎬ相较于 ＩＲ 区ꎬ９
ｔＲＮＡ 基因以及 ４ 个 ｒＲＮＡ 基因均出现 １ 次重复ꎮ 种猕猴桃属植物在 ＬＳＣ 区和 ＳＳＣ 区表现出更高的
此外ꎬａｔｐＦ、ｎｄｈＡ、ｎｄｈＢ 等 １５ 个基因各含有 １ 个内 序列差异性ꎬ非编码区的差异较编码区更显著ꎬ如
含子ꎬ ｒｐｓ１２、 ｙｃｆ３ 和 ｙｃｆ１ 则 各 含 有 ２ 个 内 含 子 ｒｐｓ１６－ｔｒｎＱ￣ＵＵＧ、ｎｄｈＣ －ｔｒｎＶ￣ＵＡＣ、ｒｂｃＬ －ａｃｃＤ、ｒｐｓ１２ －
(表 ３)ꎮ ｐｓｂＢ、ｒｐｓ７－ｔｒｎＶ￣ＧＡＣꎮ 同时ꎬ在差异较大的区域内ꎬ
２.２ 叶绿体基因组密码子偏好性分析 每个物种具有不同特征ꎮ 总体而言ꎬ美味猕猴桃、
９ 种猕猴桃属植物的叶绿体基因组共包含 ６１ 葛枣猕猴桃、毛花猕猴桃、中华猕猴桃和阔叶猕猴
个密码子( 终止密码子除外)ꎬ编码 ２０ 种氨基酸 桃的序列同源性更高ꎮ
(图 ２)ꎮ 其中ꎬ亮氨酸( Ｌｅｕ) 的密码子数量最多 对 ９ 种猕猴桃属植物叶绿体基因组边界进行
(ＣＵＡ、ＣＵＣ、ＣＵＧ、ＣＵＵ、ＵＵＡ、ＵＵＧꎬ共 ６ 种)ꎬ而甲 的比较分析表明ꎬ其边界区域的基因组成相对保
硫氨酸( Ｍｅｔ) 与色氨酸( Ｔｒｐ) 均仅对应 １ 个密码 守ꎬ但基因与边界的距离存在种间差异( 图 ５) ꎮ
子ꎮ 除 Ｍｅｔ(ＡＵＧ)和 Ｔｒｐ(ＵＧＧ) 以外ꎬ其余氨基酸 其中ꎬＩＲａ / ＬＳＣ 边 界 最 为 保 守ꎬ 所 有 物 种 的 ｐｓｂＡ
的密码子均表现出一定的使用偏好ꎮ 在 ２９ 个相 基因 均 位 于 此 处 且 与 边 界 的 距 离 恒 为 ２ ｂｐꎮ
对同义密码子使用度大于 １ 的高频密码子中ꎬ仅 １ ｒｐｌ２３ 基 因 位 于 ＬＳＣ 区 内ꎬ 距 离 ＬＳＣ / ＩＲｂ 边 界
个以 Ｇ / Ｃ 结尾ꎮ 整体上ꎬ不同猕猴桃物种间的密 ９９ ~ １１１ ｂｐꎻ ｎｄｈＦ 基 因 位 于 ＳＳＣ 区 内ꎬ 距 离
码子使用偏好高度一致ꎬ均明显倾向于以 Ａ / Ｕ 结 ＩＲｂ / ＳＳＣ边 界 ２１ ~ １３７ ｂｐꎮ ｙｃｆ１ 基 因 在 ＳＳＣ / ＩＲａ
尾的密码子ꎮ 边界的分布模式存在种间差异:在中华、京梨、葛
２.３ 简单重复序列(ＳＳＲ)分析 枣、革叶和美味猕猴桃中ꎬｙｃｆ１ 编码 区 跨 越 该 边
这 ９ 种猕猴桃属植物的叶绿体基因组中共鉴 界ꎬ其 ６ ６３２ ~ ６ ７５３ ｂｐ 位于 ＳＳＣ 区ꎬ另有 ２９１ ~
定出 ４９１ 个 ＳＳＲ 位点ꎬ按重复单元长度可分为单 ４０７ ｂｐ 延伸至 ＩＲａ 区ꎻ而在黄毛、阔叶、条叶和毛
核苷酸( ３１５ 个ꎬ占 ６４. １５％) 、二核苷酸 ( ４３ 个ꎬ 花猕猴桃中ꎬｙｃｆ１ 基因完全位于 ＳＳＣ 区内ꎬ与 边
占 ８.７６％) 、三核苷酸(３８ 个ꎬ占 ７.７４％) 、四核苷 界相距 ３６８ ~ ６１１ ｂｐꎮ
酸 ( ６６ 个ꎬ 占 １３. ４４％) 、 五 核 苷 酸 ( ２７ 个ꎬ 占 ２.５ 叶绿体基因组序列的核苷酸多样性
５.５０％) 和六核苷酸( ２ 个ꎬ占 ０.４１％) ꎮ 其中ꎬ单 通过 ＤｎａＳＰ 计算分析 ９ 种猕猴桃属植物叶绿
核苷酸重复所占比例最高ꎬ其次为四核苷酸重复 体间的核苷酸多样性值( Ｐ )ꎬ得出编码区域的 Ｐ ｉ
ｉ
( 图 ３:Ａ) ꎮ 各物种的 ＳＳＲ 数量分别为葛枣猕猴 值范围为 ０ ~ ０.０５１ １(图 ６)ꎬ高变异的位点主要集
桃 ５３ 个、中华猕猴桃 ５４ 个、美味猕猴桃 ５１ 个、 中在 ＬＳＣ 区ꎬ其次是 ＳＳＣ 区ꎮ 在编码区内ꎬｐｓｂＢ 基
革叶猕猴桃 ５４ 个、京梨猕猴桃 ５１ 个、黄毛猕猴 因的核苷酸多态性指数最高( Ｐ ＝ ０.０５１ １)ꎬ其次
ｉ
桃 ５０ 个、条叶猕猴桃 ５７ 个、阔叶猕猴桃 ５９ 个和 是 ｐｓｂＥ￣ｐｓｂＦ￣ｐｓｂＬꎬ这两个区域的核苷酸多样性值
毛花猕猴桃 ６２ 个ꎮ 在检测到的 ＳＳＲ 类型中ꎬＡ / Ｔ 显著高于其他区域ꎮ 此外ꎬ还有 ６ 个核苷酸多样
的数量最多( ３０１ 个) ꎬＡＴ / ＡＴ( ４３ 个) 、ＡＡＴ / ＡＴＴ 性较高( Ｐ > ０.０１３ ９) 的基因区域ꎬｔｒｎＬ￣ＵＡＡ、ｔｒｎＶ￣
ｉ
(３５ 个 ) 、 ＡＡＡＧ / ＣＴＴＴ ( ３０ 个 ) 和 ＡＡＡＴ / ＡＴＴＴ ＵＡＣ、ｔｒｎＲ￣ＵＣＵ、ｔｒｎＦ￣ＧＡＡ 和 ｐｓｂＭ 位于编码区ꎬｒｐｓ１６－
