Page 25 - 《广西植物》2020年第1期

１ 期 王发明等: 探讨植物单染色体测序中的假阳性问题 ２ １

Ａ １－６. 实验 １ 中的 ＰＢＳ、水、空白各 ２ 次ꎻ ７－８. 实验 ３ 中的水各 ２ 次ꎻ ９－１４. 实验 ２ 中的 ＰＢＳ、水、空白各 ２ 次ꎻ １５－１８. 实验 ４
中的水、空白各 ２ 次ꎮ Ｂ １７０２Ａ 试剂 １７ 个循环扩增效果ꎮ １. 阳性样本(５０ ｐｇ 小麦基因组 ＤＮＡ)ꎻ ２－３. 空白对照ꎮ
Ａ １－６. Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＰＢＳꎬ ｗａｔｅｒꎬ ｂｌａｎｋ ｉｎ Ｔｅｓｔ １ꎬ ｅａｃｈ ｒｅｐｅａｔｅｄ ｔｗｉｃｅꎻ ７－８. Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｗａｔｅｒ ｉｎ Ｔｅｓｔ ３ꎬ ｒｅｐｅａｔｅｄ ｔｗｉｃｅꎻ ９－１４. Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ
ｏｆ ｔｈｅ ＰＢＳꎬ ｗａｔｅｒꎬ ａｎｄ ｂｌａｎｋ ｉｎ Ｔｅｓｔ ２ꎬ ｅａｃｈ ｒｅｐｅａｔｅｄ ｔｗｉｃｅꎻ １５－１８. Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｗａｔｅｒ ａｎｄ ｂｌａｎｋ ｉｎ Ｔｅｓｔ ４ꎬ ｅａｃｈ ｒｅｐｅａｔｅｄ ｔｗｉｃｅ. Ｂ Ｄｅｔｅｃｔｅｄ
ｂｙ ＭＡＬＢＡＣ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ ｗｉｔｈ １７ ｃｙｃｌｅｓ. １. Ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｓａｍｐｌｅ (５０ ｐｇ ｗｈｅａｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ＤＮＡ)ꎻ ２－３. Ｔｈｅ ｂｌａｎｋ ｃｏｎｔｒｏｌ.
图 ３ 使用 ＭＡＬＢＡＣ 技术对不同试剂、耗材外源 ＤＮＡ 的检测结果
Ｆｉｇ. ３ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｐｏｓｓｉｂｌｅ ＤＮＡ ｃｏｎｔａｍｉｎａｔｉｏｎ ｉｎ ｒｅａｇｅｎｔｓ ｏｒ ｏｎ ｍａｔｅｒｉａｌｓ ｗｉｔｈ ＭＡＬＢＡＣ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ

１－２. 空白对照扩增产物(ＭＤＡ 扩增产生的假阳性产物)ꎻ ３. 使用 ＭＤＡ 技术扩增的一个细胞的全部染色体(４２ 条)ꎻ ４－５. 使用
ＭＤＡ 技术扩增的单条小麦染色体ꎻ ６－７. 使用 ＭＡＬＢＡＣ 技术扩增的单条小麦染色体ꎮ
１－２. Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｏｆ ｂｌａｎｋ ｃｏｎｔｒｏｌ (ｆａｌｓｅ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｗｉｔｈ ＭＤＡ)ꎻ ３. Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｏｆ ｔｈｅ ｗｈｏｌｅ ４２ ｃｈｒｏ￣
ｍｏｓｏｍｅｓ ｉｎ ａ ｃｅｌｌ ｏｆ ｗｈｅａｔ ｗｉｔｈ ＭＤＡ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅꎻ ４－５. Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｏｆ ａ ｓｉｎｇｌｅ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｏｆ ｗｈｅａｔ ｗｉｔｈ ＭＤＡ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅꎻ ６－７. Ａｍ￣
ｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｐｒｏｄｕｃｔｓ ｏｆ ａ ｓｉｎｇｌｅ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｏｆ ｗｈｅａｔ ｗｉｔｈ ＭＡＬＢＡＣ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ.
图 ４ 使用 ＳＣｏＴ 引物对不同扩增样本进行检测
Ｆｉｇ. ４ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｓａｍｐｌｅｓ ｗｉｔｈ ＳＣｏＴ ｐｒｉｍｅｒｓ

建立单条染色体 ＤＮＡ 文库ꎬ对于构建高密度分子 近些年来ꎬ虽然国内外多家单位尝试使用单
标记连锁图谱和分离重要基因、基因物理作图和 细胞测序的技术进行单染色体测序研究ꎬ但目前
染色体进化等研究具有重要应用价值ꎮ 在高通量 还没有成功的报道ꎬ主要原因是外源污染的假阳
全基因组测序中ꎬ一些物种基因组比较复杂ꎬ由于 性扩增严重ꎮ 本研究在严格防控外源污染的基础
多倍体、杂合程度高或重复序列多等问题而导致 上ꎬ针对单染色体测序过程中出现的假阳性问题

后续数列的组装和拼接困难ꎬ且质量和效率低ꎮ 进行研究ꎬ探讨其可能的污染途径和来源ꎬ并提出
如果能分离出单条染色体ꎬ针对单条染色体进行 个人观点:(一)假阳性现象难以完全避免ꎮ 首先ꎬ

扩增和测序ꎬ则会大大降低物理图谱构建的难度ꎮ 单染色体的分离和体外扩增涉及较多步骤ꎬ 每个步