Page 57 - 《广西植物》2020年第4期

４ 期 李冰怡等: 地黄核苷二磷酸激酶基因的克隆及生物信息学分析 ４ ９ ５

图 ２ ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ基因的 ｃＤＮＡ 序列及其编码的氨基酸序列
Ｆｉｇ. ２ ｃＤＮＡ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ＲｇＮＤＰＫⅠｇｅｎｅ

的预测结果显示ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ基因编码蛋白的保守 亚细胞结构定位结果表明ꎬ地黄ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ定位
结构域为核苷二磷酸激酶结构域ꎬ且与 ＮＤＰＫⅠ的 于细胞质ꎬ且可信度为 ２(图 ４)ꎮ
保守结构域高度相似ꎬ表明该目的基因编码蛋白 ２.３ 地黄ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ编码蛋白的结构预测

是核苷二磷酸激酶超家族成员ꎬ且属于 ＮＤＰＫⅠ 二级结构预测结果表明ꎬ 地黄ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ主
类ꎬ推测其功能与核苷三磷酸盐( ＮＴＰｓ) 的合成有 要由 α 螺旋、无规卷曲、延伸链和 β 折叠构成ꎬ其
关ꎮ 因此ꎬ本研究将克隆到的地黄核苷二磷酸激 中 α 螺旋占 ４９.３２％、无规卷曲占 ２３.６６％、延伸链
酶基因命名为ＲｇＮＤＰＫ Ⅰꎬ并把ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ基因数 占 １８.２４％、β 折叠占 ８.７８％(图 ５:Ａ)ꎮ 由此可知ꎬ
据提交至 ＧｅｎＢａｎｋ 数据库ꎬ其 ＧｅｎＢａｎｋ 数据库登 该蛋白中 α 螺旋比例最高ꎮ ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ的三级结

陆号为 ＭＫ２４８７３３ꎮ 构(图 ５:Ｂ)与二级结构预测结果一致ꎬ推测地黄
２.２ 地黄ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ编码蛋白的理化性质 ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ可能为 α 螺旋型蛋白ꎮ
地黄ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ基因编码蛋白的相对分子质 ２.４ 地黄ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ编码蛋白的同源序列分析

量为 １６ ３９５.８２ꎬ等电点为 ６.３０ꎮ 在ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ的 利用 ｂｌａｓｔｐ 程序对地黄 ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ基因编码
氨基酸种类组成中ꎬ甘氨酸(Ｇｌｙ)和异亮氨酸( Ｉｌｅ) 的 氨 基 酸 序 列 进 行 同 源 性 分 析ꎬ 结 果 表 明
的含量最多ꎮ ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ与芝麻、紫花风铃的核苷二磷酸激酶
蛋白疏水性预测结果表明地黄ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ属 的相 似 性 最 高ꎬ 分 别 为 ９７％ 和 ９６％ ( 表 １ )ꎮ
于亲水蛋白(图 ３)ꎬ且不存在跨膜区ꎮ 另外ꎬ蛋白 ＲｇＮＤＰＫ Ⅰ与紫花风铃(ＰＩＮ１８３５７.１)、芝麻(ＸＰ＿