Page 81 - 《广西植物》2020年第7期
P. 81
ｈｔｔｐ:/ / ｗｗｗ.ｇｕｉｈａｉａ－ｊｏｕｒｎａｌ.ｃｏｍ
Ｇｕｉｈａｉａ Ｊｕｌ. ２０２０ꎬ ４０(７): ９７７－９８７
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０１９０７００１
周丽霞ꎬ 曹红星. 油棕 ＷＲＫＹ 转录因子的全基因组鉴定与分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ２０２０ꎬ ４０(７): ９７７－９８７.
ＺＨＯＵ ＬＸꎬ ＣＡＯ ＨＸ. Ｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ ｏｉｌ ｐａｌｍ ＷＲＫＹ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒｓ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ２０２０ꎬ ４０(７): ９７７－９８７.
油棕 ＷＲＫＹ 转录因子的全基因组鉴定与分析
周丽霞ꎬ 曹红星 ∗
( 中国热带农业科学院椰子研究所 / 海南省热带油料作物生物学重点实验室ꎬ 海南 文昌 ５７１３３９ )
摘 要: 该研究从 ＮＣＢＩ 网站下载油棕全基因组序列信息ꎬ从 Ｔｈｅ Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ(ＴＡＩＲ)数
据库中下载得到拟南芥 ＷＲＫＹ 转录因子序列ꎬ并在油棕基因组数据库中进行 ＢＬＡＳＴ 同源序列比对分析ꎬ通
过 ＮＣＢＩ 在线工具 ＣＤＤ 和 ＰＦＡＭ 数据库进行蛋白结构与分析ꎬ剔除无 ＷＲＫＹ 结构域的系列ꎬ利用生物信息
学方法对油棕 ＷＲＫＹ 转录因子进行分析及功能预测ꎮ 结果表明:(１)从油棕基因组数据库中发掘 ＷＲＫＹ 转
录因子 ９５ 个ꎬ该 ＷＲＫＹ 转录因子蛋白质所编码氨基酸大小为 １１６~ １ ３０３ ｂｐꎬ９５ 个均为亲水性蛋白ꎬ总体为
不稳定蛋白(ＥｇＷＲＫＹ２５ 和 ＥｇＷＲＫＹ５６ 除外)ꎬ６０ 个蛋白以 α￣螺旋为主要二级结构元件ꎬ３５ 个以无规卷曲
为主要二级结构元件ꎮ (２)保守结构域系统进化树结果表明ꎬ油棕 ＷＲＫＹ 转录因子家族蛋白主要分为三大
类ꎬ即 Ｉ、Ⅱ和Ⅲ类ꎬ其中 Ｉ 类分为 Ｉ Ｃ、Ｉ Ｎ 亚类ꎬⅡ类分为Ⅱ ａ、Ⅱ ｂ、Ⅱ ｃ 和Ⅱ ｄ 亚类ꎮ (３)内含子和外显子
结构显示ꎬＥｇＷＲＫＹ 基因结构进化高度保守ꎮ 以上结果为油棕 ＷＲＫＹ 转录因子的挖掘、功能分析及分子生
物学研究奠定了基础ꎬ同时为分子育种和遗传改良提供了参考ꎮ
关键词: 油棕ꎬ 基因组ꎬ ＷＲＫＹ 转录因子ꎬ 生物信息学ꎬ 表达分析
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ
文章编号: １０００￣３１４２(２０２０)０７￣０９７７￣１１ 开放科学(资源服务)标识码(ＯＳＩＤ):
Ｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ
ｏｉｌ ｐａｌｍ ＷＲＫＹ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒｓ
∗
ＺＨＯＵ Ｌｉｘｉａꎬ ＣＡＯ Ｈｏｎｇｘｉｎｇ
( Ｃｏｃｏｎｕｔ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅꎬ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｔｒｏｐｉｃａｌ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ/ Ｈａｉｎａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｉａｌ
Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｔｒｏｐｉｃａｌ Ｏｉｌ Ｃｒｏｐｓ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ Ｗｅｎｃｈａｎｇ ５７１３３９ꎬ Ｈａｉｎａｎꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｉｌ ｐａｌｍ ｆｒｏｍ ＮＣＢＩ ｗｅｂｓｉｔｅꎬ ａｎｄ ｔｈｅ ＷＲＫＹ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｆｒｏｍ Ｔｈｅ Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ (ＴＡＩＲ) Ｄａｔａｂａｓｅ ｗｅｒｅ ｄｏｗｎｌｏａｄｅｄꎬ ＢＬＡＳＴ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｓｅｑｕｅｎｃｅ
收稿日期: ２０１９－０８－０２
基金项目: 农业农村部物种品种资源保护费项目(１２５１６３０１５０００１６０００４)ꎻ热带木本油料产业技术创新团队项目(１７ＣＸＴＤ￣１３)ꎻ农
业农村部农 业 国 际 交 流 与 合 作 项 目 ( ＳＹＺ２０１９￣１２)ꎻ 国 家 自 然 科 学 基 金 ( ３１６０１７２３) [ Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ ｂｙ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ Ｆｅｅ ｏｆ Ｓｐｅｃｉｅｓ
Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｉｎ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ ａｎｄ Ｒｕｒａｌ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ(１２５１６３０１５０００１６０００４)ꎻ Ｐｒｏｇｒａｍ ｏｆ Ｔｒｏｐｉｃａｌ Ｗｏｏｄｙ Ｏｉｌ Ｉｎｄｕｓｔｒｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ
Ｔｅａｍ (１７ＣＸＴＤ￣１３)ꎻ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｘｃｈａｎｇｅ ａｎｄ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｏｎ Ｐｒｏｇｒａｍ ｏｆ ｔｈｅ Ｍｉｎｉｓｔｒｙ ｏｆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ ａｎｄ Ｒｕｒａｌ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ
(ＳＹＺ２０１９￣１２)ꎻ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｈｉｎａ (３１６０１７２３)]ꎮ
作者简介: 周丽霞(１９８２－)ꎬ女ꎬ山东聊城人ꎬ助理研究员ꎬ研究方向为热带棕榈作物分子生物学ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｇｌｚｚ＿２００９＠ １６３.ｃｏｍꎮ
∗
通信作者: 曹红星ꎬ博士ꎬ研究员ꎬ研究方向为热带油料作物育种及栽培研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)４１１６８０７５５ ＠ ｑｑ.ｃｏｍꎮ
