Page 83 - 《广西植物》2020年第7期
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７ 期 周丽霞等: 油棕 ＷＲＫＹ 转录因子的全基因组鉴定与分析 ９ ７ ９
ｔｏｏｌｓ/ ｐｒｏｔｐａｒａｍ.ｈｔｍｌ)分析 ＥｇＷＲＫＹ 蛋白的基本性
１ 材料与方法 质ꎬ预测结果如表 ２ 所示ꎮ ９５ 个 ＷＲＫＹ 蛋白中ꎬ
５６ 个蛋白的理论等电点( ｐＩ) 小于 ７ꎬ３９ 个蛋白的
１.１ ＥｇＷＲＫＹ 序列获取与鉴定 ｐＩ 大于 ７ꎬｐＩ 最小值为 ４.７４( ＥｇＷＲＫＹ７３)ꎬ最大值
油棕全基因组序列从 ＮＣＢＩ 下载获得ꎬ拟南芥 为 １０.１８ ( ＥｇＷＲＫＹ８４ )ꎬ 平 均 ｐＩ 为 ７.１５ꎻ
ＷＲＫＹ 基因序列从 Ｔｈｅ Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｒｅ￣ ＥｇＷＲＫＹ２５ 和 ＥｇＷＲＫＹ５６ 蛋白质的不稳 定 系 数
ｓｏｕｒｃｅ(ＴＡＩＲ)数据库中下载获得( ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ.ａｒａ￣ 小于 ４０ꎬ为稳定蛋白ꎬ其余 ９３ 个 ＥｇＷＲＫＹ 蛋白的
ｂｉｄｏｐｓｉｓ.ｏｒｇ)ꎬ以拟南芥 ＷＲＫＹ 序列为探针ꎬ阈值 不稳定系数大于 ４０ꎬ为不稳定蛋白ꎬ该结果表明
设定为 ｅ ꎬ在油棕基因组数据库中进行同源序列 ＥｇＷＲＫＹ 转录因子家族大多为不稳定蛋白ꎮ 利用
￣１０
比对分析得到油棕 ＷＲＫＹ 基因序列ꎬ将得到的油 ＮｅｔＰｈｏｓ ３. １ Ｓｅｒｖｅｒ 在 线 软 件 ( ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ. ｃｂｓ.
棕 ＷＲＫＹ 基因序列在美国麻省理工学院在线基因 ｄｔｕ.ｄｋ / ｓｅｒｖｉｃｅｓ/ ＮｅｔＰｈｏｓ/ ) 预 测 氨 基 酸 序 列 磷 酸
扫描服务器(Ｔｈｅ ＧＥＮＳＣＡＮ Ｗｅｂ Ｓｅｒｖｅｒ ａｔ ＭＩＴ) 搜 化ꎻ利用 ＤｉｃｔｙＯＧｌｙｃ １. １ Ｓｅｒｖｅｒ 在线软件( ｈｔｔｐ: / /
索以获得 ＷＲＫＹ 蛋白序列ꎬ通过 ＮＣＢＩ 在线工具 ｗｗｗ.ｃｂｓ.ｄｔｕ.ｄｋ / ｓｅｒｖｉｃｅｓ/ ＤｉｃｔｙＯＧｌｙｃ / ) 预测氨基酸
ＣＤＤ( ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ. ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / ｃｄｄ) 和 ＰＦＡＭ 序列的 Ｏ￣糖基化修饰情况ꎬ发现平均磷酸化位点
数据库(ｈｔｔｐ: / / ｐｆａｍ.ｘｆａｍ.ｏｒｇ / )进行蛋白结构域分 有 ３７.８ 个ꎬＯ￣糖基化位点有 １.６ 个ꎻ利用 ＰｒｏｔＳｃａｌｅ
析ꎬ剔除无 ＷＲＫＹ 保守结构域的蛋白序列ꎮ 在线软件( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｅｂ.ｅｘｐａｓｙ.ｏｒｇ / ｐｒｏｔｓｃａｌｅ / ) 分析
１.２ 方法 蛋白质的亲 / 疏水性ꎬ从 ＥｇＷＲＫＹ 蛋白的脂肪系数
１. ２. １ ＥｇＷＲＫＹ 蛋 白 理 化 性 质 分 析 利 用 来看ꎬ该 ９５ 个 ＥｇＷＲＫＹ 蛋白的脂肪系数均小于
ＰｒｏｔＰａｒａｍ 分析 ＥｇＷＲＫＹ 蛋 白 的 理 化 性 质ꎬ 利 用 １００ꎬ该结果表明其均为亲水性蛋白ꎻ利用 ＳｉｇｎａｌＰ
ＮｅｔＰｈｏｓ ３.１ Ｓｅｒｖｅｒ 和 ＤｉｃｔｙＯＧｌｙｃ １.１ Ｓｅｒｖｅｒ 预测氨 ５.０ 在线软件( ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ.ｃｂｓ.ｄｔｕ.ｄｋ / ｓｅｒｖｉｃｅｓ/ Ｓｉｇ￣
基酸 序 列 磷 酸 化 及 Ｏ￣糖 基 化 修 饰 情 况ꎬ 利 用 ｎａｌＰ / )预测蛋白的信号肽ꎬ发现 ５ 个 ＥｇＷＲＫＹ 蛋
ＰｒｏｔＳｃａｌｅ 分析蛋白质的亲 / 疏水性ꎬ利用 ＳｉｇｎａｌＰ 和 白 存 在 信 号 肽 ( ＥｇＷＲＫＹ２９、 ＥｇＷＲＫＹ３８、
ＰｒｏｔＣｏｍｐ 预测蛋白的信号肽和亚细胞定位预测ꎬ ＥｇＷＲＫＹ４５、ＥｇＷＲＫＹ６３ 及 ＥｇＷＲＫＹ８７)ꎬ 为 分 泌
应用 ＳＯＰＭＡ 预测蛋白的二级结构ꎮ 蛋白ꎻ 利 用 ＰｒｏｔＣｏｍｐ ９. ０ ( ｈｔｔｐ: / / ｌｉｎｕｘ１. ｓｏｆｔｂｅｒｒｙ.
１.２.２ ＥｇＷＲＫＹ 的进化树、外显子及内含子分析 ｃｏｍ / ｂｅｒｒｙ. ｐｈｔｍｌ? ｔｏｐｉｃ ＝ ｐｒｏｔｃｏｍｐｐｌ＆ｇｒｏｕｐ ＝
应用 ＭＥＧＡ ６.０６ 软件构建 ＥｇＷＲＫＹ 进化树ꎬ执行 ｐｒｏｇｒａｍｓ＆ｓｕｂｇｒｏｕｐ ＝ ｐｒｏｌｏｃ) 在线软件预测蛋白亚
参数为 Ｎｅｉｇｈｂｏｒ￣ＪｏｉｎｉｎｇꎬＢｏｏｔｓｔｒａｐ 重复 １ ０００ 次ꎮ 细胞定位ꎬ结果表明 ９５ 个 ＥｇＷＲＫＹ 蛋白中有 ８４
个定位在细胞核中ꎬ占总蛋白的 ８８.３％ꎬ１１ 个在细
２ 结果与分析 胞质中ꎬ推测可能参与细胞质基因的转录调控ꎻ应
用 ＳＯＰＭＡ 在 线 软 件 ( ｈｔｔｐｓ: / / ｎｐｓａ￣ｐｒａｂｉ. ｉｂｃｐ. ｆｒ /
２.１ ＥｇＷＲＫＹ 转录因子家族成员基本信息 ｃｇｉ￣ｂｉｎ / ｎｐ ｓａ＿ａｕｔｏｍａｔ.ｐｌ? ｐａｇｅ ＝ ｎｐｓａ＿ｓｏｐｍａ.ｈｔｍｌ)
基于油棕全基因组数据及拟南芥 ＷＲＫＹ 基因 预测蛋白的二级结构ꎬ发现所有 ＥｇＷＲＫＹ 蛋白的
序列ꎬ通过 ＢＬＡＳＴ 搜索同源序列和 ＷＲＫＹ 蛋白保 二级结构均有 ４ 种ꎬ即 α￣螺旋、β￣转角、无规卷曲
守结构域鉴定ꎬ共挖掘 ９５ 个油棕 ＷＲＫＹ 转录因子 及延伸链ꎬ其中 ６０ 个 ＥｇＷＲＫＹ 蛋白以 α￣螺旋为主
成员ꎮ 由表 １ 可知ꎬ该 ９５ 个蛋白质所含氨基酸大 要结构ꎬ无规卷曲为次要结构ꎬ３５ 个以无规卷曲为
小为 １１６ ~ １ ３０３ ｂｐꎬ其中蛋白氨基酸数目小于 ３００ 主要结构ꎬα￣螺旋为次要结构ꎬβ￣转角及延伸链所
ａａ 的基因序列占 ３５.８％ꎬ介于 ３００ ~ ７００ ａａ 的基因 占比例较少ꎮ
序列占 ５７.９％ꎬ大于 ７００ ａａ 的基因序列占 ６.３％ꎮ ２.３ ＥｇＷＲＫＹ 的进化树分析
２.２ ＥｇＷＲＫＹ 蛋白理化性质分析 利用 ＭＥＧＡ ６.０６ 对油棕 ９５ 个 ＷＲＫＹ 转录因
利用 ＰｒｏｔＰａｒａｍ 在线软件( ｈｔｔｐ: / / ｅｘｐａｓｙ. ｏｒｇ / 子蛋白的保守结构域进行系统进化树分析ꎬ 结果如
