Page 74 - 《广西植物）》2021年第1期

Ꭾ ԡ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ϟ 卷
科和千屈菜科是姐妹群ᖔ而使君子科系统位置未 字母排序ᖔ连接ᖔ采用 ऊ᧧۪኏ጶ୩ ୩ዹᔽᔀႿዹᔀ ᥈ᑕᡷᔀऔᑕᢃ 在
定ᤥ ୩ᢃᡷ༁ቝᑕ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ྉ԰ԡԡ࿗ɯ基于 ʗᤇዞᒦ 和 Ⴅʐ၊Þ 序列ᖔ进 线工具 ᥘዶèèఋ ׹ Ꭾ঎ሕँ࿗ 软件对序列进行比对ᤥ 比
一步扩大采样范围ᖔ研究了桃金娘目内科之间的 对结果在 ᥘጶ᥈ዶ Ꭾ঎ԡ 软件ྉ᣽ࣼቝᑕʢ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟᤃɯ中进
系统发育关系ᖔ结论表明使君子科可能是该目的 行部分人工校正ᤥ
基部类群ᖔ与目内其他科为姐妹群关系ྉ 支持率不 ϓॹᇺ 系统发育分析

高ɯᖔ桃金娘科可能是野牡丹科շ ᥘᔀቝᔀዹᢃ᤟ᑕዹᔀᑕᔀ 的 基于所获得的矩阵分别采用最大似然法
姐妹群ᖔ柳叶菜科和千屈菜科为姐妹群关系获较 ྉቝᑕ଴ᔽቝࣼቝ ᤟ᔽҴᔀ᤟ᔽၤᆍᆍʛᖔ ᥘᓂɯ及贝叶斯推断ྉା᧧ɯ进行
高支持率ᤥ ୩ᆍ᤟ᡷᔽ༁ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ྉ԰ԡϟϟɯ 基于 ϟᎮ 个基因的数 系 统发育分析ᤥ 运用软件 ኏ᑕ଴ᥘᓂ ׹ᔀʢ঎ ऐ঎԰঎ऐ
据结果表明ᖔ桃金娘目和牻牛儿苗目为姐妹群ᖔ获 ྉ ୩ᡷᑕቝᑕᡷᑕҴᔽ༁ᖔ ԰ԡϟ࿗ ɯ 进行 ኏ᑕ଴ᥘᓂ 分析ᖔ 选择

中等支持率支持ᤥ ᥈ఋ኏᥈ዶᥘᥘዶ 模型ᖔ 采用快速靴 代 值 ྉʢᑕᡱᔽʛ
桃金娘目的近缘类群未定ᖔ目下科之间的关 ᤦᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱɯ分析ᖔ重复ϟ ԡԡԡ次ྉ ାᆍᆍᡷ༁ᡷʢᑕᡱᖔ ା୩ɯᤥ 运
系尚需进一步研究ᤥ 已有的分子系统学研究表明 用 ᥘʢାᑕᢃᔀ༁ ׹ ሕ঎԰঎ጢྉ኏ᆍႿीࣼᔽ༁ᡷ ᪲ ̀ࣼᔀ᤟༁ᔀႿᤦᔀዹҴᖔ԰ԡԡሕɯ
在该类群中ᖔ基于单个基因或几个基因的联合分 进行贝叶斯推断分析ᖔ选择 ᥈ఋ኏ շ᥈ዶᥘᥘዶ 模型ᤥ

析ᖔ均不能得到稳定的系统发育树ᤥ 本研究利用 ା᧧ 分析的参数设置如 下᧥ 采用 ᥘऊᥘऊ ྉ ᥘᑕʢҴᆍ׹
公共数据库中已公开发表的桃金娘目 ᤃ 个主要科 ዹၤᑕᔽႿ ቝᆍႿᡷᔀ ዹᑕʢ᤟ᆍɯ算法ᖔ运行 ϟ ԡԡԡ ԡԡԡ 代ᖔ每ϟ ԡԡԡ
及其近缘类群的叶绿体基因组数据ᖔ通过系统发 代取 样一次ᖔ 开始的 ԰ጢᠮ 样品作为老化样 本
育树重建ᖔ获得高支持率且高分辨率的桃金娘目 ྉାࣼʢႿ᥋ᔽႿ ༁ᑕቝᡱ᤟ᔀ༁ɯ舍弃ᖔ以剩余样本构建主要规则
的系统发育框架ᖔ确定了桃金娘目与牻牛儿苗目 一致 树ᖔ 并 计 算 各分支的后验概率 ྉ ᡱᆍ༁ᡷᔀʢᔽᆍʢ
的姐妹群关系ᖔ并进一步确认了使君子科是柳叶 ᡱʢᆍᤦᑕᤦᔽ᤟ᔽᡷᢃᖔ ۪۪ɯᤥ
菜科和千屈菜科的姐妹群ᤥ 此外ᖔ我们对桃金娘
科和野牡丹科的蛋白质编码基因的序列变异程度 ԰জ 结果与分析
进行了统计分析ᖔ为后续相关科的系统发育研究

提供数据参考ᤥ ԣॹϓ 基因组大小
由表 ԰ 和图 ϟ 可知ᖔ桃金娘目叶绿体全基因组
ϟজ 材料与方法 大小在 ϟጢ԰ ԡ࿗ँ ጲ ϟᎮϟ ሕϟጢ ᤦᡱ 之间ᖔ平均值为 ϟጢँ

Ҵᤦᖔ蛋白质编码基因数目在 Ꭾ࿗ ጲ ँԡ 之间ᖔ平均值为
ϓॹϓ 数据收集 ऐጢᤥ 牻牛儿苗目叶绿体全基因组大小在 ϟϟᤃ ँሕጢ ጲ

从 ᥈ᔀႿାᑕႿҴ 数据库下载已发表的桃金娘目 ᤃ ԰࿗԰ ጢᎮጢ ᤦᡱ 之间ᖔ基因组大小平均值为 ϟᎮԡ Ҵᤦᖔ蛋
科 ࿗࿗ 属 ँᎮ 种和牻牛儿苗目 ԰ 科 ጢ 属 ԰ጢ 种的叶绿 白质编码基因数目在 Ꭾጢ ጲ ϟሕ԰ 之间ᖔ平均值为 ँᎮᤥ
体全基因组序列及蛋白质编码基因ྉ 表 ϟɯᤥ 选择 ԣॹԣ 矩阵分析

锦葵目ྉ ᥘᑕ᤟׹ᑕ᤟ᔀ༁ ɯ ሕ 种ܦ十字花目ྉ ାʢᑕ༁༁ᔽዹᑕ᤟ᔀ༁ɯ ԰ 为了验证叶绿体基因组在不同分类单元系统
种ܦ 十齿花目 ྉ̀ࣼᔀʢᡷᔀᑕ᤟ᔀ༁ ɯ ϟ 种ܦ 无患子目 发育分析中的应用性ᖔ我们构建了两套矩阵ᖔ即基
ྉ୩ᑕᡱᔽႿʛᑕ᤟ᔀ༁ɯ ጢ 种ᖔ作为外类群 ྉ 表 ϟɯᤥ 用 ጶ଴ዹᔀ᤟ 于叶绿体全基因组序列形成的矩阵和基于蛋白质
统计每个叶绿体基因组的大小及蛋白质编码基因 编码基因形成的矩阵ᤥ 经序列比对及人工校正我
数目ᤥ 们一共获得 ᤃ 个矩阵᧥ྉϟɯ由叶绿体全基因组序列
ϓॹԣ 构建矩阵 构成的 ሕ 个矩阵ᖔ即桃金娘目ܦ牻牛儿苗目及外类
全基因组序列使用 ऊ᧧۪኏ጶ୩ ୩ዹᔽᔀႿዹᔀ ᥈ᑕᡷᔀऔᑕᢃ 群构成的包括 ϟሕँ 条序列的矩阵ྉ矩阵 ϟɯܦ由桃金
ྉᥘᔽ᤟᤟ᔀʢ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟԡ ɯ 在线工具 ᥘዶèèఋ ׹ Ꭾ঎ ሕँ࿗ 娘目构成的包括 ϟԡሕ 条序列的矩阵ྉ矩阵 ሕɯܦ由牻
ྉ᣽ᑕᡷᆍၤ ᪲ ୩ᡷᑕႿʛ᤟ᔀᢃᖔ԰ԡϟሕɯ软件对序列进行比对ᖔ参 牛儿苗目构成的包括 ԰ጢ 条序列的矩阵ྉ 矩阵 ጢɯଫ
数设置为默认值ᤥ 每个物种的蛋白质编码基因按 ྉ԰ɯ由蛋白质编码基因构成的 ሕ 个矩阵ᖔ即相应的