Page 67 - 《广西植物》2021年第4期
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࿗ 期 郑威等᧥ 龙眼 ᦵᤀۗɔ 基因在根和叶中的表达及其生物信息学分析 ጢ ࿗ ँ
ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ Ⴟᡱ༁ᑕ᥋ᡱʢᑕᤦᔽ ᔽᤦዹᡱ ʢ ᣰ ዹ੫ᔽ᥋ᤦᔽႿ ᣰ Ⴟᡱ༁ᑕ ᡸ
ᑕࣼᡷᆍቝᑕᡷᡱᥳ ᡱᑕ੫ᔀ ᢉ Ⴟᡱ༁ᑕᡸ༁ᆍᡱቝᑕၤᡷቝɯ 进行二级结构 জ 结果与分析
预测ଫ 运用 ऊᨃ᧧ᓂ୩ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ ዹၤ ᔀቝᤦႿᔀᡷ ᆍʢ੫ ᣰ
༁ᆍᡷऔᑕʢᔀ ᣰ ऊᨃ᧧ᓂ୩ᡸᆍʢቝ ၤᡷቝɯ 进行卷曲螺旋分析ଫ运 ԣॹϓ ᦵᤀۗɔ 一级结构和理化性质分析
用 ୩ۼ᧧୩୩᥋ᥘᨃ᧕ጶᓂ ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ ༁औᔽ༁༁ቝᆍʛᔀ 应用 ጶ۪ዶ୩ᢃ ۪ʢᆍᡷ۪ᑕʢᑕቝ 分析 ᧕۪୩ɟ 的氨基酸
ᔀᡱᑕ༁ᢃᆍʢ੫ ᣰ ɯ 进行三级结构 建 模ଫ 运用 ᥘᆍ۪ʢᆍᤦᔽᡷᢃ 组成及理化性质ᤥ 结果表明ᖔ᧕۪୩ɟ 蛋白由 ࿗ԡ 个
ྉၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ ቝᆍᡱʢᆍᤦᔽᡷᢃᤦᔽᆍዹၤᔀቝʛࣼҴᔀ ᔀʛࣼɯ 进行拉氏构 氨基酸组成ྉ 图 ɯᖔ其中 ᓂᔀࣼ 占比最大为 ϟԡᠮᖔ
象图 分 析ଫ 运用 ሕ᧕ᓂᔽ੫ᑕႿʛ୩ᔽᡷᔀ ྉ ၤᡷᡷᡱ᧥ ᣰ ᣰ औऔऔ ༁ᤦ੫ ̀ᔽ༁ 占比最小为 ԡጢᠮଫ᧕۪୩ɟ 蛋白质的总原子数
ᤦᔽᆍᔽዹᑕዹࣼҴ ᣰ ጲ ሕʛᔽ੫ᑕႿʛ༁ᔽᡷᔀ ᣰ ɯ预测配体结合位点ଫ运 为ᤃ ᎮϟᎮᖔ相对分子量为࿗Ꭾ ጢँሕᎮԡᖔ࿗ԡ 个氨基酸中
用 ୩ఋ᧧શ᥈ྉ ၤᡷᡷᡱ༁᧥ ᣰ ᣰ ༁ᡷʢᔽႿ੫᥋ʛᤦ ᆍʢ੫ ᣰ ɯ 构建候选蛋白 有 ጢ 个是负电荷氨基酸残基ྉዶ༁ᡱշ᥈ࣼɯᖔᤃԡ 个是
与相关蛋白的互作网络ᤥ 正电荷氨基酸残基ྉዶʢ੫շᓂᢃ༁ɯᖔ其预测的理论等电
ϟ 龙眼总 શዶ 提取与 ዹ᧕શዶ 合成জ 从ͱऐԡ ቩ 点 ۪᧧ 为 ऐँጢᖔ呈碱性ଫ在波长 ऐԡ Ⴟቝ 下ᖔ假设所有
超低温冰箱中取出龙眼的根和叶ᖔ分别将其研磨 半胱氨酸均来自胱氨酸ᖔ其 ᧕۪୩ɟ 的消光系数为
᥋ϟ
成细粉状ᤥ 取 ϟጢ ቝᓂ 离心管ᖔ将研磨好的细粉放 Ꭾϟ ϟँጢ ቝ ኼዹቝ ᖔ假设无半胱氨酸残基存在ᖔ其消
᥋ϟ
入其中ᖔ加入 Ꭾԡԡ ဂᓂ ऊఋዶା 裂解液ᖔ充分震荡混 光系数为Ꭾԡ ऐԡ ቝ ኼዹቝ ଫ᧕۪୩ɟ 的不稳定系数
᥋ϟ
᥋ϟ
匀ᖔᤃጢ ቩ 水浴 ϟԡ ቝᔽႿᖔ每隔 ቝᔽႿ 摇晃一次ᖔ冰浴 为 ጢሕጢϟᖔ预测该蛋白为不稳定蛋白ଫ脂肪系数为
ቝᔽႿᤥ 将离心管放入低温离心机ᖔ࿗ ቩ ᖔϟ ԡԡԡ ʢኼ ँԡऐϟଫ ᧕۪୩ɟ 的 总 平均亲水性为 ͱ ԡ ᤃԡᖔ 预测
ቝᔽႿ 离心 ቝᔽႿଫ取上清液至新的 ϟጢ ቝᓂ 离心管 ᧕۪୩ɟ 为亲水蛋白ᤥ
᥋ϟ
中ᖔ加入 ሕጢԡ ဂᓂ 水饱和酚和 ሕጢԡ ဂᓂ 氯仿ᖔ抽提一 ԣॹԣ ᦵᤀۗɔ 蛋白的保守结构域分析
次ᖔ࿗ ቩ ᖔϟ ԡԡԡ ʢኼቝᔽႿ 离心 ቝᔽႿᖔ重复一次ଫ加 采用 શऊା᧧ ऊ᧕ ༁ᔀᑕʢዹၤ 分析 ᧕۪୩ɟ 蛋白序列保
᥋ϟ
᥋ϟ
入 Ꭾԡԡ ဂᓂ 氯仿提取一次ᖔϟ ԡԡԡ ʢኼቝᔽႿ ࿗ቩ 离 守结构域ᖔ结果如图 ሕ 所示ᤥ᧕۪୩ɟ 基因编码八氢
心 ቝᔽႿᖔ重复一次ଫ取上清ᖔ加入 ጢԡ ဂᓂ 无水乙 番茄红素合成酶ᖔ具有 ᧧༁ᆍᡱʢᔀႿᆍᔽʛ ାᔽᆍ༁ᢃႿ ऊϟ 超家族
᥋ϟ
醇和 ጢԡ ဂᓂ ऐ ቝᆍኼᓂ ᓂᔽऊᖔ冰上静置 ԡ ቝᔽႿᖔ࿗ 结构ᤥ
ቩ ᖔϟ ԡԡԡ ʢኼቝᔽႿ 离心 ԡ ቝᔽႿଫ弃上清ᖔᎮጢᠮ乙醇 ԣॹᇺ ᦵᤀۗɔ 蛋白的信号肽ܓ跨膜结构域ܓ亚细胞定
᥋ϟ
洗涤两次ᖔ风干 ጢቝᔽႿଫ加入 ሕԡ ဂᓂ ᧕ጶ۪ऊᖔ得到总 位及亲疏水性分析
ᖾ 运用 ୩ᔽ੫Ⴟᑕ۪ ࿗ϟ ୩ᔀʢᔀʢ 对 ᧕۪୩ɟ 蛋白进行信
શዶᤥ 根据 ᑕझᢃቝᔀ 公司 ̀ᔽ୩ዹʢᔽᡱᡷ ᧧᧧ ͐ ୩ᔀᔀዹᡷ ఋ
୩ࣼᡱᔀʢᥘᔽ ᆍʢ ी۪ऊ ྉ շ੫᧕શዶ औᔽᡱᔀʢɯ 产品说明书进 号肽预测ᖔ结果如图 ࿗ 所示ᤥ᧕۪୩ɟ 的最大剪切位
行逆转录ᖔ得到 ዹ᧕શዶᖔͱԡ ቩ 保存于冰箱备用ᤥ 点值ྉऊ᥋༁ዹᆍʢᔀɯ为 ԡ࿗ϟሕᤥ 最大综合剪切位点值ྉɟ᥋
ϟሕ ᦵᤀۗɔ 基因差异表达分析জ 根据 ᦵᤀۗɔ 基因 ༁ዹᆍʢᔀɯ为 ԡ࿗ሕँᖔ两个位点都在第 ϟ 位氨基酸ᤥ 最
序列ᖔ设计 ఋ᥋ी۪ऊ 的上游和下游引物ᤥ 上游引 大信号肽值ྉ୩᥋༁ዹᆍʢᔀɯ在第 ϟሕ 位氨基酸ᖔ为 ԡᤃ࿗Ꭾᖔ
物为 ዶऊఋ᥈ఋ᥈ఋऊऊ᥈ዶఋዶዶ᥈᥈ऊዶ᥈ऊᖔ 下游引物 为 大于阈值 ԡጢᖔ预测 ᧕۪୩ɟ 蛋白含有信号肽ᖔ为分
ዶዶऊ᥈᥈ऊఋఋఋዶ᥈ዶऊዶ᥈᥈ఋ᥈᥈᥈ᤥ 依据 ఋʢᑕႿ༁୩ᡷᑕʢᡷ ఋᆍᡱ 泌性蛋白ᤥ
᥈ʢᔀᔀႿ ी۪ऊ ୩ࣼᡱᔀʢᥘᔽ 试剂盒说明书进行基因定量 采用 ఋᥘ̀ᥘᥘ ୩ᔀʢᔀʢ ԡ 对 ᧕۪୩ɟ 蛋白跨膜
分 析实验ᤥ 反应体系 ྉ ԡ ဂᓂɯ᧥ ఋʢᑕႿ༁୩ᡷᑕʢᡷ ఋᆍᡱ 结构进行分析ྉ 图 ጢɯᖔ结果表明 ᧕۪୩ɟ 不含有跨
᥈ʢᔀᔀႿ ी۪ऊ ୩ࣼᡱᔀʢᥘᔽϟԡ ဂᓂᖔʛʛ̀ ᨃᎮ ဂᓂᖔ上ܦ下游 膜螺旋ྉఋᥘ̀༁ɯᖔ无跨膜区ଫ非跨膜螺旋区ྉጶᡱዶዶɯ
引物 各 ϟဂᓂᖔ 根和叶 ዹ᧕શዶ 模板各 ϟဂᓂᤥ ఋ᥋ 概率为ԡሕጢ ँϟᖔ预测该蛋白为非跨膜蛋白ଫ该蛋
ी۪ऊ 反应条件为预变性 ँጢ ቩ ᖔሕԡ ༁ଫँጢ ቩ 变性 ሕԡ 白质的 શ 末端位于膜内侧的概率为 ԡϟᎮ ሕ࿗ᖔ总
༁ᖔᤃԡ ቩ 退火 ϟԡ ༁ᖔ延伸 ሕԡ ༁ᖔ扩增 ࿗ԡ 个循环ᤥ 采用 体位于膜外ᖔ整条肽链的跨膜结构预测值小于 ϟᖔ
ͱ᪵᪵ ࣷ ᡷ 方法ྉ୩ዹၤቝᔽᡷᡷ੫ᔀႿ ᪲ ᓂᔽᑕҴᖔԡԡऐɯ 计算 ۗɔ 基
推测其不存在跨膜结构域ᤥ 应用 ۪୩ᨃఋ 对 ᧕۪୩ɟ
因相对表达量ᤥ 细胞内定位进行预测ᖔ结果如表 ϟ 所示ᖔ预测 ᧕۪୩ɟ
