Page 25 - 《广西植物》2021年第8期

ऐ 期 胡 豪 等 ᧥ 基于联合测序分析技术挖掘红苞凤梨 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 信息 ϟ ԰ ሕ ँ
԰ԡϟ԰ɯᤥ 但是ᖔ第三代测序技术也存在一定的缺 ᧧༁ᆍ᤟ᑕᡷᔽᆍႿ Ҵᔽᡷ 多糖多酚植物 ኏શዶ 提取试剂盒分离总
点ᖔ测序错误率普遍偏高ᖔ测序产生的错误率可高 ኏શዶᖔ操作方法参考使用说明ᤥ 高质量的 ኏શዶ 是
达 ϟጢᠮྉ᣽ᆍʢᔀႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟᎮɯᤥ 因此ᖔ采取二代测序 实验成功的基础ᖔ为保证测序的准确性ᖔ对样品
和三代测序联合分析已成为当下基因组研究的主 ኏શዶ 进行了检测ᖔ 分别采用荧光定量仪 ྉ ͐ࣼᤦᔽᡷ
要方法ᤥ 一般有两种联合手段ᖔ可以选择以三代 ԰঎ԡɯܦ微量分光光 度 计 ྉ શᑕႿᆍʛʢᆍᡱɯܦ生物分析仪

测序为主ᖔ进行组装ᖔ再通过二代测序得到的高质 ྉዶ੫᤟ᔽᔀႿᡷ ԰ϟԡԡɯܦ电泳方法检测 ኏શዶ 样品的纯度ܦ
量短片段对三代的数据进行碱基纠错和矫正ଫ也 浓度ܦ完整性和是否有基因组 ᧕શዶ 污染等ᖔ达到
可以选择以二代测序为主ᖔ用三代测序得到的长 质控要求的 ኏શዶ 样品用于后续试验ᤥ
片段 ኏ᔀᑕʛ༁ 进行辅助组装ྉ 马建超ᖔ԰ԡϟऐɯᤥ 最为 ϟ঎԰঎԰ ᧧᤟᤟ࣼቝᔽႿᑕ ̀ᔽ༁ᔀी԰ጢԡԡ ዹ᧕શዶ 文库构建及上机测
通常的手段是利用短的但准确度高的二代数据去 序জ 利用 ᔀᡱᔽዹᔀႿᡷʢᔀ ኏ᔽᤦᆍ᥋Իᔀʢᆍఋᥘ 试剂盒去除样品
辅助校正长的但准确度较低的三代数据ᖔ并在此 中的 ʢ኏શዶᤥ 以 ʢ኏શዶ᥋ʛᔀᡱ᤟ᔀᡷᔀʛ ኏શዶ 为模板ᖔ用六
基础上进行混合组装ᤥ 经验证ᖔ通过这种混合组 碱基随机引物ྉ ʢᑕႿʛᆍቝ ၤᔀ଴ᑕቝᔀʢ༁ɯ 合成 ዹ᧕શዶ 第一
装校正方法得到的数据准确性可达 ँँᠮྉ 马东娜 条链和第二条链ᤥዹ᧕શዶ 纯化后进行末端修复ܦ加

等ᖔ԰ԡϟऐɯᤥ 因此ᖔ这种ᥥ԰ շ ሕɼ 的联合模式已被广 ዶ 尾并连接测序接头ᖔ然后用 ዶᥘ۪ࣼʢᔀ ᣮ۪ ᤦᔀᑕʛ༁ 进
泛认可并应用于动物ܦ植物和微生物的基因组研 行片段大小选择ᤥ 降解含 В 链ᖔ通过 ۪ऊ኏ 富集得
究ྉ᣽ᆍʢᔀႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟ԰ଫ ̀ᑕዹҴ᤟ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟ࿗ଫ 徐伟南 到 ዹ᧕શዶ 文库ᤥ 文库构建后ᖔ经 ͐ࣼᤦᔽᡷ ԰঎ ԡ 定量ᖔ
等ᖔ԰ԡϟऐɯᤥ ዶ੫ᔽ᤟ᔀႿᡷ ԰ϟԡԡ 检测文库的 ᔽႿ༁ᔀʢᡷ ༁ᔽझᔀ 质量ଫ 釆用
本研究以红苞凤梨为材料ᖔ利用二代和三代 ۪͐ऊ኏ 对文库的浓度ྉ文库有效浓度ᢦ԰Ⴟቝᆍ᤟ኼᓂ ɯ
᥋ϟ
测序数据混合组装校正方法ᖔ鉴定红苞凤梨叶片 进行 准确定量ᖔ 完成库检ᤥ 库捡完成后ᖔ 采用
中存在的 ᤟Ⴟዹ኏શዶᖔ分析在全绿和全白突变叶片生 ᧧᤟᤟ࣼቝᔽႿᑕ ̀ᔽ༁ᔀी԰ጢԡԡ 平台对文库进行测序ᤥ
长发育过程中差异表达的 ᤟Ⴟዹ኏શዶᖔ通过靶基因的 ϓॹᇺ 数据质量监控
功能注释和富集分析ᖔ揭示 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 在红苞凤梨叶 测序所得 ኏ᔀᑕʛ༁ 的过滤与修剪是保证分析数
片细胞失绿白化及生长发育过程中的作用ᤥ 本研 据可靠性的关键ᖔ结合前期 ୩ᥘ኏ఋ 测序结果ྉᥘᑕ ᔀᡷ

究结果为红苞凤梨 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 表观遗传调控机理研 ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟऐɯ 进行混合组装校正后ᖔ删除 ኏ᑕऔ ኏ᔀᑕʛ༁
究提供数据基础ᤥ 中包含 ᑕʛᑕᡱᡷᔀʢܦᡱ᤟ᆍᢃ᥋શ 的 ኏ᔀᑕʛ༁ 和低质量的 ኏ᔀᑕʛ༁
以获 得 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ᤥ 以 菠 萝基因组 ྉዶዹᆍቝᆍ༁ࣼ༁ᡸ
ϟজ 材料与方法 ሕ԰ϟᡸ׹ሕၤᡷᡷᡱ༁᧥ᣰ ᣰ ᡱၤᢃᡷᆍझᆍቝᔀ঎ᢼ੫ᔽ঎ʛᆍᔀ঎੫ᆍ׹ᣰ ᡱझᣰ ᡱᆍʢᡷᑕ᤟঎ၤᡷቝ᤟ᖛཊ
ᔽႿ஦ᆍᥳ ᑕ᤟ᔽᑕ༁ᢉ ᨃʢ੫ᡸዶዹᆍቝᆍ༁ࣼ༁ᡸᔀʢɯ为参考基因组ᖔ利用
ϓॹϓ 试验材料 ఋᆍᡱ̀ᑕᡷ ׹԰঎ԡ঎ँྉ᣽ᔽቝ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟሕɯ 软件对 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁
本研究以金边红苞凤梨茎段为外植体ᖔ通过 进行比对ᤥ 采用 ୩ዹʢᔽᡱᡷࣼʢᔀྉᤦᔀᡷᑕ԰ɯ ྉᓂᑕႿ੫ቝᔀᑕʛ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ
组织培养获得的全白和全绿植株为试验材料ᤥ 选 ԰ԡԡँɯ和 ऊࣼ஦஦ᔽᔽႿҴ༁ྉ׹԰঎ϟ঎ϟɯ软件对每个样品比对上的

取长势均一的未展叶期ܦ࿗ ጲ ጢ 叶期和 ϟԡ ጲ ϟ԰ 叶期 ኏ᔀᑕʛ༁ 进行装配获得转录本ᤥ
三个发育时期的全绿及全白植株各 ϟԡ 株的叶片 ϓॹ྽ 转录本表达水平和编码潜能分析
作为样本提取 ኏શዶྉ图 ϟɯᤥ 样本取下后立即转入 使用 ऊࣼ஦஦᤟ᔽႿҴ༁ 软件的 ऊࣼ஦஦ʛᔽ஦஦ 组件ᖔ对转录本
液氮速冻ᖔ后储存于 ͱ ऐԡ ቩ 用于提取 ኏શዶ 进行 表达水平进行分析ᤥ 根据 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 编码的特点进
̀ᔽ༁ᔀी԰ጢԡԡ 二代转录组测序ᤥ 行基本筛选᧥选择长度ᤠ԰ԡԡ ᤦᡱᖔጶ଴ᆍႿ 个数ᤠ԰ 及
ϓॹԣ 红苞凤梨 ቴટዛ 提取及二代 ᧇᤀᤀࣩቂᔠႥᐹ ̵ᔠ໧ᓣफԣጇԔԔ è۪᣽ᥘᤠԡ঎ϟ 的转录本ᤥ
测序文库构建 因 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 不编码蛋白ᖔ因此ᖔ通过对基本筛
ϟ঎԰঎ϟ 红苞凤梨 ኏શዶ 提取及检测জ 取ͱऐԡ ቩ 冻存 选得到的转录本进行编码潜能筛选ᖔ判断其是否

的红 苞 凤 梨 样 品ᖔ 采用 ᓂዶା᥈ጶશጶఋᥘ ᡱ᤟ᑕႿᡷ ኏શዶ 具有编码潜能ᖔ 从 而 可以判定该转录本是否为