Page 27 - 《广西植物》2021年第8期

ऐ 期 胡 豪 等 ᧥ 基于联合测序分析技术挖掘红苞凤梨 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 信息 ϟ ԰ ࿗ ϟ

ዛ঎ 红苞凤梨野生型嵌合植株ଫ ଧ঎ 未展叶的全白芽ྉऊۼϟɯଫ ࣷ঎ 未展叶的全绿芽ྉऊ᥈ϟɯଫ ᦵ঎ 全白苗具 ࿗ጲ ጢ 片叶ྉऊۼ԰ɯଫ ጛ঎ 全绿
苗具 ࿗ጲ ጢ 片叶ྉऊ᥈԰ɯଫ Þ঎ 全白苗具 ϟԡጲ ϟ԰ 片叶ྉऊۼሕɯଫ ᤩ঎ 全绿苗具 ϟԡጲ ϟ԰ 片叶ྉऊ᥈ሕɯᤥ 标尺 ᢉ ϟዹቝᤥ
ዛ঎ ዛႥᐹႥᐹ໧ ዞᅳቂᅳ໧ࣩ໧ ׹ᑕʢ঎ ᤇʗᐹዞᡙᓣᐹᡙࣩ໧ औᔽ᤟ʛ᥋ᡷᢃᡱᔀ ዹၤᔽቝᔀʢᔽዹ ᡱ᤟ᑕႿᡷ༁ଫ ଧ঎ ВႿ᥋᤟ᔀᑕ׹ᔀʛ ዹᆍቝᡱ᤟ᔀᡷᔀ औၤᔽᡷᔀ ᤦࣼʛ༁ ྉऊۼϟɯଫ ࣷ঎ ВႿ᥋᤟ᔀᑕ׹ᔀʛ ዹᆍቝᡱ᤟ᔀᡷᔀ ੫ʢᔀᔀႿ ᤦࣼʛ༁
ྉऊ᥈ϟɯଫ ᦵ঎ ऊᆍቝᡱ᤟ᔀᡷᔀ औၤᔽᡷᔀ ᡱ᤟ᑕႿᡷ᤟ᔀᡷ༁ औᔽᡷၤ ࿗ͱ ጢ ᤟ᔀᑕ׹ᔀ༁ ྉऊۼ԰ɯଫ ጛ঎ ऊᆍቝᡱ᤟ᔀᡷᔀ ੫ʢᔀᔀႿ ᡱ᤟ᑕႿᡷ᤟ᔀᡷ༁ औᔽᡷၤ ࿗ͱ ጢ ᤟ᔀᑕ׹ᔀ༁ ྉऊ᥈԰ɯଫ Þ঎ ऊᆍቝᡱ᤟ᔀᡷᔀ औၤᔽᡷᔀ
ᡱ᤟ᑕႿᡷ᤟ᔀᡷ༁ औᔽᡷၤ ϟԡͱϟ԰ ᤟ᔀᑕ׹ᔀ༁ ྉऊۼሕɯଫ ᤩ঎ ऊᆍቝᡱ᤟ᔀᡷᔀ ੫ʢᔀᔀႿ ᡱ᤟ᑕႿᡷ᤟ᔀᡷ༁ औᔽᡷၤ ϟԡͱϟ԰ ᤟ᔀᑕ׹ᔀ༁ ྉ ऊ᥈ሕɯ঎ ାᑕʢ༁ᢉ ϟዹቝ঎
图 ϟজ 用于测序的红苞凤梨全绿苗和全白苗ྉᣮᔽᆍႿ੫ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ԰ԡϟऐɯ
èᔽ੫঎ ϟজ ᧕ᔽ஦஦ᔀʢᔀႿᡷ ʛᔀ׹ᔀ᤟ᆍᡱቝᔀႿᡷ ༁ᡷᑕ੫ᔀ༁ ᆍ஦ ੫ʢᔀᔀႿ ᑕႿʛ ᑕ᤟ᤦᔽႿᆍ ༁ၤᆍᆍᡷ༁ ᆍ஦ ዛႥᐹႥᐹ໧ ዞᅳቂᅳ໧ࣩ໧ ׹ᑕʢ঎ ᤇʗᐹዞᡙᓣᐹᡙࣩ໧ ྉᣮᔽᆍႿ੫ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟऐɯ

表 ϓই ᤀႥዞቴટዛ 测序数据与参考基因组比对结果统计表
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ϟজ ୩ᡷᑕᡷᔽ༁ᡷᔽዹᑕ᤟ ᡷᑕᤦ᤟ᔀ ᆍ஦ ʢᔀ༁ࣼ᤟ᡷ༁ ዹᆍቝᡱᑕʢᔽႿ੫ ᤟Ⴟዹ኏શዶ ༁ᔀीࣼᔀႿዹᔽႿ੫ ʛᑕᡷᑕ औᔽᡷၤ ʢᔀ஦ᔀʢᔀႿዹᔀ ੫ᔀႿᆍቝᔀ༁

ᥘᑕᡱᡱᔀʛ ВႿᔽी ᥘᑕᡱᡱᔀʛ ᥘࣼ᤟ᡷᔽᡱ᤟ᔀ ᥘᑕᡱᡱᔀʛ ኏ᔀᑕʛ༁ ᥘᑕᡱ ኏ᔀᑕʛ༁ ᥘᑕᡱ
ାᥘ᣽᥋᧧᧕ ఋᆍᡷᑕ᤟ ኏ᔀᑕʛ༁
኏ᔀᑕʛ༁ ኏ᔀᑕʛ༁ ኏ᔀᑕʛ༁ ᡷᆍ ጸ շᆥ ᡷᆍ ጸ ͱᆥ
ऊ᥈ϟ ᎮँԡᎮᤃጢ԰԰ ጢጢϟऐँጢऐԡ ࿗ँጢϟ԰ᤃሕԡ ጢᤃᎮᤃँጢԡ ԰ᤃ԰԰ϟँँ԰ ԰ᤃϟϟ࿗࿗ँ࿗
ྉᤃँ঎Ꭾँᠮɯ ྉᤃ԰঎ᤃϟᠮɯ ྉᎮ঎ϟऐᠮɯ ྉሕሕ঎ϟᤃᠮɯ ྉሕሕ঎ԡ԰ᠮɯ
ऊ᥈԰ ጢऐ԰ϟϟँᤃᤃ ࿗ሕ԰ϟ԰ԡሕऐ ሕऐँᤃँᎮϟሕ ࿗԰࿗԰ሕ԰ጢ ԰ԡጢ԰ऐሕᤃᤃ ԰ԡ࿗ԡᤃᤃሕԡ
ྉᎮ࿗঎԰ሕᠮɯ ྉᤃᤃ঎ँ࿗ᠮɯ ྉᎮ঎԰ँᠮɯ ྉሕጢ঎԰ᤃᠮɯ ྉሕጢ঎ԡᤃᠮɯ
ऊ᥈ሕ ጢँँ࿗ԡᤃ԰࿗ ࿗ᎮԡँँँᎮऐ ࿗԰Ꭾ԰࿗ँ԰ጢ ࿗ሕᎮጢԡጢሕ ԰԰࿗ԡϟᤃ԰԰ ԰԰ሕϟᤃऐጢԡ
ྉᎮऐ঎ጢऐᠮɯ ྉᎮϟ঎԰ऐᠮɯ ྉᎮ঎ሕԡᠮɯ ྉሕᎮ঎ሕᎮᠮɯ ྉሕᎮ঎԰ሕᠮɯ
ऊۼϟ ऐँ԰ԡጢጢ԰ԡ ᤃԡ࿗԰࿗Ꭾ԰ϟ ጢ࿗ሕԡሕ࿗ሕሕ ᤃϟ԰ϟ԰ऐऐ ԰ऐᤃԡ԰ሕጢሕ ԰ऐጢᎮϟऐԡᎮ
ྉᤃᎮ঎Ꭾ࿗ᠮɯ ྉᤃԡ঎ऐᎮᠮɯ ྉᤃ঎ऐᤃᠮɯ ྉሕ԰঎ԡᤃᠮɯ ྉሕ԰঎ԡሕᠮɯ
ऊۼ԰ Ꭾሕሕ԰ጢሕँԡ ጢ࿗ϟँሕԡᎮ԰ ࿗Ꭾँऐऐ࿗ऐᤃ ᤃ԰ԡ࿗ጢऐᤃ ԰ጢ࿗Ꭾँᤃऐሕ ԰ጢሕऐሕሕጢ࿗
ྉᎮሕ঎ँϟᠮɯ ྉᤃጢ঎࿗ጢᠮɯ ྉऐ঎࿗ᤃᠮɯ ྉሕ࿗঎Ꭾጢᠮɯ ྉሕ࿗঎ᤃ԰ᠮɯ
ऊۼሕ ऐ԰ԡ԰ϟϟሕऐ ጢँᤃሕϟᎮԡԡ ጢሕऐ԰ጢጢँऐ ጢऐԡᤃϟԡ԰ ԰ऐ԰ऐ࿗࿗԰ሕ ԰ऐሕऐϟँ࿗ԡ
ྉᎮ԰঎Ꭾԡᠮɯ ྉᤃጢ঎ᤃ԰ᠮɯ ྉᎮ঎ԡऐᠮɯ ྉሕ࿗঎࿗ऐᠮɯ ྉሕ࿗঎ᤃԡᠮɯ
জ 注᧥ ௴ᅳᡙᐹᤀ ቴᓣᐹʐ໧঎ ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 数目ᖔ按单端计ଫ ᤹ᐹᡓᡓᓣʐ ቴᓣᐹʐ໧঎ 比对到参考基因组上的 ኏ᔀᑕʛ༁ 数目及在 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 中占的百分
比ଫ ІႥᔠफ ᤹ᐹᡓᡓᓣʐ ቴᓣᐹʐ໧঎ 比对到参考基因组唯一位置的 ኏ᔀᑕʛ༁ 数目及在 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 中占的百分比ଫ ࣩ᤹ᤀᡙᔠᡓᤀᓣ ᤹ᐹᡓᡓᓣʐ ቴᓣᐹʐ໧঎ 比对
到参考基因组多个位置的数目及在 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 中占的百分比ଫ ቴᓣᐹʐ໧ ᤹ᐹᡓ ᡙᅳ ጸ ժᆥ঎ 比对到参考基因组正链的 ኏ᔀᑕʛ༁ 数目及在
ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 中占的百分比ଫ ቴᓣᐹʐ໧ ᤹ᐹᡓ ᡙᅳ ጸ ͦᆥ঎ 比对到参考基因组负链的 ኏ᔀᑕʛ༁ 数目及在 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 中占的百分比ᤥ
জશᆍᡷᔀ᧥ ௴ᅳᡙᐹᤀ ቴᓣᐹʐ໧঎ શࣼቝᤦᔀʢ ᆍ஦ ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ᖔ ዹᑕ᤟ዹࣼ᤟ᑕᡷᔀʛ ᆍႿ ᑕ ༁ᔽႿ੫᤟ᔀ ᔀႿʛଫ ᤹ᐹᡓᡓᓣʐ ቴᓣᐹʐ໧঎ ᡷၤᔀ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ᆍ஦ ኏ᔀᑕʛ༁ ዹᆍቝᡱᑕʢᔀʛ ᡷᆍ ᡷၤᔀ ʢᔀ஦ᔀʢᔀႿዹᔀ
੫ᔀႿᆍቝᔀ ᑕႿʛ ᡷၤᔀ ᡱᔀʢዹᔀႿᡷᑕ੫ᔀ ᆍ஦ ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ଫ ІႥᔠफ ᤹ᐹᡓᡓᓣʐ ቴᓣᐹʐ໧঎ ఋၤᔀ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ᆍ஦ ኏ᔀᑕʛ༁ ዹᆍቝᡱᑕʢᔀʛ ᡷᆍ ᡷၤᔀ ࣼႿᔽीࣼᔀ ᤟ᆍዹᑕᡷᔽᆍႿ ᔽႿ ᡷၤᔀ ʢᔀ஦ᔀʢᔀႿዹᔀ
੫ᔀႿᆍቝᔀ ᑕႿʛ ᡷၤᔀ ᡱᔀʢዹᔀႿᡷᑕ੫ᔀ ᆍ஦ ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ଫ ࣩ᤹ᤀᡙᔠᡓᤀᓣ ᤹ᐹᡓᡓᓣʐ ቴᓣᐹʐ໧঎ ఋၤᔀ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ᆍ஦ ኏ᔀᑕʛ༁ ዹᆍቝᡱᑕʢᔀʛ ᡷᆍ ቝࣼ᤟ᡷᔽᡱ᤟ᔀ ᤟ᆍዹᑕᡷᔽᆍႿ༁ ᔽႿ ᡷၤᔀ ʢᔀ஦ᔀʢᔀႿዹᔀ
੫ᔀႿᆍቝᔀ ᑕႿʛ ᡷၤᔀ ᡱᔀʢዹᔀႿᡷᑕ੫ᔀ ᆍ஦ ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ଫ ቴᓣᐹʐ໧ ᤹ᐹᡓ ᡙᅳ ጸ ժᆥ঎ ఋၤᔀ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ᆍ஦ ኏ᔀᑕʛ༁ ዹᆍቝᡱᑕʢᔀʛ ᡷᆍ ᡷၤᔀ ᡱᆍ༁ᔽᡷᔽ׹ᔀ ༁ᡷʢᑕႿʛ ᔽႿ ᡷၤᔀ ʢᔀ஦ᔀʢᔀႿዹᔀ
੫ᔀႿᆍቝᔀ ᑕႿʛ ᡷၤᔀ ᡱᔀʢዹᔀႿᡷᑕ੫ᔀ ᆍ஦ ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ଫ ቴᓣᐹʐ໧ ᤹ᐹᡓ ᡙᅳ ጸ ͦᆥ঎ ఋၤᔀ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ᆍ஦ ኏ᔀᑕʛ༁ ዹᆍቝᡱᑕʢᔀʛ ᡷᆍ ᡷၤᔀ Ⴟᔀ੫ᑕᡷᔽ׹ᔀ ༁ᡷʢᑕႿʛ ᔽႿ ᡷၤᔀ ʢᔀ஦ᔀʢᔀႿዹᔀ
੫ᔀႿᆍቝᔀ ᑕႿʛ ᡷၤᔀ ᡱᔀʢዹᔀႿᡷᑕ੫ᔀ ᆍ஦ ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁঎

ԣॹ྽ 红苞凤梨 ᤀႥዞቴટዛ 的差异表达分析 量差异表达的 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 表达丰度较高ᖔ在全白苗和
以 èᆍ᤟ʛ ऊၤᑕႿ੫ᔀᤠ԰঎ԡ 且 è᧕኏ጐ ԡ঎ԡጢ 作为筛选 全绿苗的发育到 ࿗ጲጢ 叶期时ᖔ多数差异表达的
标准ᖔ共鉴定得到了 ϟᎮϟԡ 个差异表达的 ᤟Ⴟዹ኏શዶᤥ ᤟Ⴟዹ኏શዶ 表达水平下降ᤥ 而全白苗在第三发育时期
对筛选出的差异表达 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 进行了层次聚类分 有部分差异表达 ᤟Ⴟዹ኏શዶ 表达水平显著上调ᤥ 在
析ྉ图 ࿗᧥ዶɯᤥ 在未展叶期ᖔ全绿和全白叶片中ᖔ大 三个发育时期全绿和全白叶片间显著差异表达的