Page 85 - 《广西植物》2022年第10期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｏｃｔ. ２０２２ꎬ ４２(１０): １７０３－１７１６
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２２０２００４
陈模舜ꎬ 杨仲毅. 基于叶绿体基因组 ＳＮＰ 的天台鹅耳枥谱系结构与分化分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ２０２２ꎬ ４２(１０): １７０３－１７１６.
ＣＨＥＮ ＭＳꎬ ＹＡＮＧ ＺＹ. Ｇｅｎｅａｌｏｇｉｃａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｃａｒｐｉｎｕｓ ｔｉｅｎｔａｉｅｎｓｉｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ２０２２ꎬ ４２(１０): １７０３－１７１６.
基于叶绿体基因组 ＳＮＰ 的天台鹅耳枥
谱系结构与分化分析
陈模舜ꎬ 杨仲毅
( 台州学院 生命科学学院ꎬ 浙江省植物进化生态学与保护重点实验室ꎬ 浙江 台州 ３１８０００ )
摘 要: 天台鹅耳枥为中国特有的濒危植物ꎬ仅间断分布于浙江省境内ꎬ种群数量稀少ꎬ已处于极危状态ꎮ 该
文通过对 ６ 个自然居群(包含所有居群的母株)叶绿体基因组(ｃｐＤＮＡ)单核苷酸多态性(ＳＮＰ)研究ꎬ探讨天台
鹅耳枥谱系结构与系统分化ꎬ以评估濒危状况ꎬ并提出相应的保护策略ꎮ 使用 ＴＩＡＮＧＥＮ 试剂盒法提取基因组
ＤＮＡꎬ用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖａＳｅｑ ６０００ 进行高通量测序ꎬ对获得叶绿体全基因组序列ꎬ使用在线程序 ＯＧＤＲＡＷ 制作
ｃｐＤＮＡ 图谱ꎬ用 ＤｎａＳＰ 分析核苷酸多样性ꎬ用 ＰｏｐＡＲＴ 软件进行单倍型网络构建ꎬ使用 ＲＡｘＭＬ 软件构建极大
似然树(ＭＬ ｔｒｅｅ)ꎬ用 ＭｒＢａｙｅｓ 构建 Ｂａｙｅｓ ｔｒｅｅꎮ 结果表明:(１)通过天台鹅耳枥叶绿体全基因组序列分析ꎬ发现
大多数蛋白质编码基因和氨基酸序列显示出明显的密码子偏好ꎬ检测到 ｃｐＬＴＲ 正向重复 ３２ 个、回文重复 ２５
个、反转重复 ２２ 个ꎻＳＳＲ 重复序列不同类型 ８７ 个ꎬ其中大多数富含 Ａ/ Ｔꎬ单核苷酸的数量最多ꎮ (２)在 ｃｐＤＮＡ
中鉴定了 ３１４ 条 ＳＮＰｓꎬ单核苷酸取代显示天台鹅耳枥群体属单系ꎬ分为天台县居群( ＴＨＳ) 和景宁县居群
(ＪＳＴ)ꎬ居群单倍型之间演化关系呈现星状中心辐射ꎮ (３)所有居群核苷酸多样性的变异均较低(Ｐ <０.００５)ꎬ
ｉ
ＪＳＴ 居群和 ＴＨＳ 居群单倍型多样性较低(Ｈ 为 ０.５~０.６)ꎬ显示出天台鹅耳枥在历史上遇到瓶颈后曾发生局部
ｄ
扩张ꎬ居群间呈现较大的遗传分化ꎬ居群内具有较低的遗传变异与居群间较高的分化水平ꎮ 通过对 ｃｐＤＮＡ
ＳＮＰ 的研究ꎬ揭示天台鹅耳枥的遗传多样性和谱系分化ꎬ为濒危植物天台鹅耳枥种质资源保护和遗传拯救提
供理论依据ꎮ
关键词: 天台鹅耳枥ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 单核苷酸多态性ꎬ 谱系结构ꎬ 系统发育
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２２)１０￣１７０３￣１４
Ｇｅｎｅａｌｏｇｉｃａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ
Ｃａｒｐｉｎｕｓ ｔｉｅｎｔａｉｅｎｓｉｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ
ＣＨＥＮ Ｍｏｓｈｕｎꎬ ＹＡＮＧ Ｚｈｏｎｇｙｉ
( Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｔａｉｚｈｏｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｚｈｅｊｉａｎｇ Ｐｒｏｖｉｎｃｉａｌ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ
Ｅｃｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎꎬ Ｔａｉｚｈｏｕ ３１８０００ꎬ Ｚｈｅｊｉａｎｇꎬ Ｃｈｉｎａ )
收稿日期: ２０２２－０４－０９
基金项目: 浙江省基础公益研究计划项目(ＬＹ１９Ｃ０６０００１) [Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ ｂｙ Ｂａｓｉｃ Ｐｕｂｌｉｃ Ｗｅｌｆａｒｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｊｅｃｔ ｏｆ Ｚｈｅｊｉａｎｇ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
(ＬＹ１９Ｃ０６０００１)]ꎮ
第一作者: 陈模舜(１９６２－)ꎬ副教授ꎬ主要从事植物生态学、种群遗传学、濒危植物保护生物学研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｃｍｓｈｏｈ＠ ｔｚｃ.ｅｄｕ.ｃｎꎮ
