Page 90 - 《广西植物》2022年第10期
P. 90

１ ７ ０ ８                               广  西  植  物                                          ４２ 卷
   ９)ꎬ揭示了两组单倍型ꎬ 在此研究中称为浙东组                           异 揭 示 了 ６ 个 天 台 鹅 耳 枥 分 布 区 中 的 １２ 个
   ＴＨＳ 居群和浙西组 ＪＳＴ 居群ꎬ由 ９５ 个突变步骤隔                     ｃｐＤＮＡ 单倍型(Ｎ )ꎬ这些单倍型中的 ２５％是在单
                                                                     ｈ
   开ꎮ 根据多态位点分析 ＪＳＴ 居群和 ＴＨＳ 居群可变                      个植株中发现的ꎬ几乎没有观察到居群之间的共
   位点和插入ꎬ在 ｒｐｓ１６－ｔｒｎＱ 序列有 ３ 个核苷酸取代ꎬ                  享单倍型ꎮ 谱系间的分化可以通过对单倍型多样
   分别为Ｔ→Ｃ(位置 ２７５)、Ａ→Ｇ(位置 ２９９) 和 Ｔ→Ｇ                  性指数(Ｈ )与核苷酸多样性指数(Ｐ )进行分析ꎬ其
                                                                                      ｉ
                                                              ｄ
   (位置 １２５４)区分了浙东组 ＴＨＳ 居群(Ｔ、Ａ 和 Ｔ)和                  数值越大ꎬ说明其遗传多样性越高( 周文漪ꎬ２０１４ꎻ
   浙西组 ＪＳＴ 居群(Ｃ、Ｇ 和 Ｇ)ꎮ 从网络图推测可能的                    Ｎｉｋｕｌｉｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０)ꎮ 其中ꎬＰＧＳ 亚群、ＰＱＪ 亚群和
   种群历史ꎬ除来自 ＴＨＳ 居群和 ＪＳＴ 居群单倍型之间                      ＹＨＳ 亚群由单一植株组成ꎬ仅有私有单倍型ꎮ ＪＳＴ
   碱基突变为 ９５ 个较远外ꎬ居群组单倍型之间演化关                         居群 Ｐ 为 ０.０００ ０１ꎬＴＨＳ 居群 Ｐ 为０.０００ ０２ꎬＰＤＳ 居
                                                                                  ｉ
                                                           ｉ
   系呈现星状中心辐射ꎮ ＴＨＳ 居群的单倍型演化出                          群 Ｐ 为 ０.０００ ０３ꎬ所有居群核苷酸多样性的变异均
                                                         ｉ
   ＰＤＳ 亚群、ＰＱＪ 亚群和 ＰＧＳ 亚群ꎬ居群组单倍型之                     较低(Ｐ <０.００５)ꎮ 从单倍型多样性指数看ꎬＪＳＴ 居
                                                            ｉ
   间差异仅 ２~６ 个碱基突变ꎬＴＨＳ 居群与 ＰＤＳ 亚群单                    群 Ｈ 为 ０.６ꎬＴＨＳ 居群 Ｈ 为 ０.５１１ꎬ ＪＳＴ 居群和 ＴＨＳ
                                                                           ｄ
                                                         ｄ
   倍型之间的替代链接提示可能存在同源性ꎻＪＳＴ 居                          居群单倍型多样性相对较低ꎬ其中 ＰＤＳ 亚群 Ｈ 为
                                                                                                ｄ
   群的单倍型演化出 ＱＹＨ 亚型ꎬ２ 个单倍型之间少量                        １ꎬ由于 ＰＤＳ 居群仅有 ３ 株个体ꎬ单倍型多样性偏高
   差异(１~２ 个碱基突变)ꎬ显示出天台鹅耳枥居群在                         (表 ４)ꎮ
   历史上遇到瓶颈后曾发生局部扩张ꎮ                                      天 台 鹅 耳 枥 ６ 个 居 群 的 分 子 变 异 分 析
   ２.６.２ 系统进化树构建  ｃｐＤＮＡ 包含丰富的系统                      (ＡＭＯＶＡ)结果表明ꎬ居群间的遗传分化固定指数
   发育信息ꎬ已被广泛用于近缘种间和种内水平的                             Ｆ 为 ０.９７０ ９ꎬ谱系间分化较大ꎬ表明在整个遗传
                                                       ｓｔ
   系统发育重建ꎮ 使用 ｃｐＤＮＡ 数据ꎬ解决了与各种                        变异中居群间遗传变异占 ９７.０９％ꎬ居群内遗传变
   系统发育困难群体相关的长期争议ꎮ 为了评估天                            异占 ２.９１％ꎬ居群间的遗传变异大于居群内( 表
   台鹅耳枥系统发生关系ꎬ使用 ２６ 个天台鹅耳枥植                          ５)ꎮ 这种分布格局的主要原因是生境的片段化ꎬ
   株全叶绿体序列进行系统发育分析ꎮ 通过极大似                            地理隔离阻碍了居群间的基因交流( 孙逸ꎬ２０１２ꎻ
   然树(ＲＡｘＭＬ)和贝叶斯推断法( ＭｒＢａｙｅｓ) 生成系                    郑鑫ꎬ２０１５ꎻＮｉｋｕｌｉｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０)ꎮ
   统树ꎬ系统发育分析每个节点数字为极大似然法
   (ＭＬ)支持值(Ｂｏｏｔｓｔｒａｐ ｓｕｐｐｏｒｔꎬＢＳ)(％) 和贝叶斯             ３  讨论与结论
   ( ＢＡ) 后 验 概 率 ( ｐｏｓｔｅｒｉｏｒ ｐｒｏｂａｂｉｌｉｔｙꎬ ＰＰ ) (％)
   (Ｓｔａｍａｔａｋｉｓꎬ ２０１４ꎻＸｉｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８)ꎮ                  完整的 ｃｐＤＮＡ 序列可提供丰富的系统发育信
       在完整 ｃｐＤＮＡ 序列中ꎬ通过系统分析ꎬ６ 个自                     息 来 源ꎬ 天 台 鹅 耳 枥 ｃｐＤＮＡ 的 长 度 平 均 为
   然 居 群 分 为 ＴＨＳ 居 群 和 ＪＳＴ 居 群 ( １００ＢＳ /             １５９ ６１６.２ ｂｐꎬＧＣ 含量相似ꎬ为 ３６.４１％ꎬ说明该物
   １００ＰＰ)ꎮ ＴＨＳ 居 群 包 含 第 一 分 支 ＴＨＳ ＿ １０ 和            种 ｃｐＤＮＡ 的高度保守性质ꎮ 重复分析显示在天台
   ＴＨＳ＿２ ~ ３(６５ＢＳ / ８３ＰＰ)ꎻ第二分支 ＰＱＪ＿１(６１ＢＳ /          鹅耳枥 ｃｐＤＮＡ 中发现 ＬＴＲ 重复序列包括正向重
   ６０ＰＰ)ꎬＰＤＳ＿１(５９ＢＳ / ７３ＰＰ)ꎬＰＧＳ＿１ 和 ＰＤＳ＿２ ~ ３        复平均 ３２ 个、回文重复 ２５ 个、反 转 重 复 ２２ 个ꎬ
   (７０ＢＳ / １００ＰＰ )ꎬ ＴＨＳ ＿ １ 和 ＴＨＳ ＿ ４ ~ ９ ( ７０ＢＳ /   ＳＳＲ 重复序列不同类型 ８７ 个ꎮ 这些重复中的大多
   １００ＰＰ)ꎮ ＪＳＴ 居群包含第一分支 ＪＳＴ＿７ 和 ＪＳＴ＿９ ~              数位于蛋白编码区、非编码区和 ｔＲＮＡ 中ꎮ 在藻类
   １０(８９ＢＳ / １００ＰＰ)ꎻ第二分支 ＪＳＴ＿１ ~ ６、ＪＳＴ＿８ 和           和被子植物基因组中 ＬＴＲ 重复序列很常见ꎬ是促
   ＱＹＨ＿１(８５ＢＳ / １００ＰＰ) ( 图 １０)ꎮ ＬＳＣ、ＳＳＣ 数据集          进 ｃｐＤＮＡ 重排的主要因素之一ꎬ并且许多重排终
   的拓扑结构与物种 ｃｐＤＮＡ 系统树具有一致性ꎬ在                         点都与此类重复序列相关( Ｐｏｍｂｅｒｔ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００５ꎻ
   种内进化枝中仅发生了细微的拓扑差异ꎬ支持形                             Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０)ꎮ 在所有个体中ꎬＳＳＲ 通常由

   成单系的群体ꎮ                                           Ａ / Ｔ 重复组成ꎬ其中单核苷酸由 Ａ / Ｔ 碱基组成ꎬ占
   ２.６.３ 谱系结构分析  利用 ＤｎａＳＰ 计算遗传多样                     ９２％ꎬ大多数蛋白质编码基因都具有高度的密码
   性参数ꎬ通过 ＡＭＯＶＡ 分子方差分析ꎬ评估谱系间                         子偏好性ꎬ在优选的密码子中ꎬ６３.４９％表现出较高
   的分化变异程度ꎬ遗传分化固定指数 Ｆ 分析得到                           的偏好ꎬ叶绿体密码子的第三个 Ａ / Ｔ 偏好较高ꎮ
                                       ｓｔ
   谱系间的分化程度ꎮ 核苷酸取代和插入 / 缺失变                          相关研究表明基因组 ＡＴ 含量与重复序列的动力
   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95