Page 34 - 《广西植物》2022年第12期
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2 0 2 4                                广  西  植  物                                         42 卷
                                     表 1  白菜 CesA 基因家族表达分析的 qRT ̄PCR 引物
                    Table 1  qRT ̄PCR primers for expression analysis of CesA gene family in Brassica rapa var. glabra

                       基因编号                                         引物序列 (5′-3′)
                        Gene ID                                    Primer sequence (5′ ̄3′)
                       Bra023952          F : AAAGGTGGAGAAATTGAAGGGA        R : AATAATCACAACCCGGTAAGGT
                       Bra011345          F : GACATGATTCTCAGCCAATTCC        R : CTGATGTAGTTCGCACAGATTG
                       Bra011865          F : ATCGATACTCTAATCGCAACGT        R : ACAACCTGTCCCGACATATATC
                       Bra010691          F : CGCCTCGTCTAGTATTAACTGT        R : CCAACGTATATCGGTCCTTGTA
                       Bra029874          F : TTAGCTGTGGATATGAGGACAC        R : CAGTCTCCCTCCATAACCATAC
                       Bra005845          F : CGGAGCTCTACTTGTTCAAATG        R : GGTATCCACTGTTGATAGCGTA
                       Bra028768          F : CATGTCATTAGCTGTGGTTACG        R : GCATTTTGAACCCAGTCAGAAT
                       Bra033714          F : GCAAGCTCAAGATTCTAGAACG        R : AACCGCTGGGATAGTACAATAG
                       Bra036008          F : CGACAACGGAAGCAATTTTCTA        R : GACATCCCAAATCTCTTCTCGA
                       Bra006036          F : CTTGGCCTGGTAATAATGTTCG        R : TTTGCTGTTGTTGATGTAGTGG
                       Bra037793          F : TAATAGCACAAGAGATCACCCC        R : GAACCCCTGAGACTCGTATAAG
                       Bra024324          F : TTTGTTCTGATTAATGCCGACG        R : TCTCTGCAGATTTTACACGTCT
                       Bra031904          F : ATATGAAGGGTTTGGATGGGTT        R : ATAGGAAACACCATTTAGGCCA
                       Bra004814          F : GAGGACGAGGATGATAATGAGG        R : ATACACTAACCCAACATCCCAG
                       Bra006407          F : CAAGCAAGATCAATCCATACCG        R : AGAGACGGTCTAGATAGGTCTC
                       Bra012578          F : ACAGTCTCCACAATAGACAGTG        R : GGATAGGTATCACAACCGAGAG
                       BraActin 2         F : CGGTGTCATGGTTGGGAGA           R : CGTGCTCGATGGGGTACTTC

                                               表 2  白菜 CesA 基因家族信息
                                Table 2  Information of CesA gene family in Brassica rapa var. glabra

                                           等电点            分子量           起始位置           终止位置         蛋白长度
               基因编号          染色体
                                           Isoelectric  Molecular weight  Start location  End location  Protein length
               Gene ID     Chromosome
                                            point          (kD)          (bp)           (bp)         (aa)
              Bra023952       A03           6.34          122.17       28 621 459     28 626 059     1 083
              Bra011345       A01           6.51          121.85        2 640 630      2 645 508     1 080
              Bra011865       A01           7.04          121.03         150 169       154 808       1 074
              Bra010691       A08           6.98           31.61       16 010 300     16 016 114      287
              Bra029874       A05           8.39          118.03       21 907 336     21 912 132     1 046
              Bra005845       A03           7.67          118.62         899 408       903 741       1 055
              Bra028768       A02           7.43          119.79        2 136 518      2 141 039     1 066
              Bra033714       A06           8.43          119.81       25 466 123     25 470 303     1 052
              Bra036008      scaffold       9.12           20.92         492 903       493 889       1 089
              Bra006036       A03           6.65          121.40        1 703 119      1 708 289     1 076
              Bra037793       A09           7.65          122.18        3 605 709      3 610 867     1 083
              Bra024324       A06           7.24          122.67       14 970 360     14 975 283     1 082
              Bra031904       A02           7.81          121.49       27 187 433     27 192 926     1 079
              Bra004814       A05           4.76           17.76        1 926 040      1 927 962      153
              Bra006407       A03           6.18          116.43        3 382 190      3 386 798     1 034
              Bra012578       A03           6.69          111.40       23 439 101     23 442 994      985


            2.3 白菜 CesA 家族基因的结构和保守结构域分析                        个 CDS 序列ꎬBra033714 含 11 个 CDS 序列ꎬBra010691
                 利用 TBtools 对 16 个白菜 CesA 基因家族成员               含 6 个 CDS 序列ꎬBra004814 含有 5 个 CDS 序列ꎬ
            进行基因结构分析( 图 2)ꎮ 该家族成员大都包含                          Bra036008 含有 4 个 CDS 序列ꎮ 表明部分家族基因
            4~14 个内显子ꎮ 其中 5 个基因含有 14 个 CDS 序                   结构间存在较大差异ꎬ具有丰富的多样性ꎮ

            列ꎬ3 个基因含有 13 个 CDS 序列ꎬ4 个基因含有 12                       利用 MEME / MAST 程序进行蛋白保守结构域
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