Page 179 - 《广西植物》2022年第8期

ϟ ࿗ ԰ ऐ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗԰ 卷
密码子的第三位碱基 ᥈ऊྉ用 ᥈ऊ 表示ɯ 和 ጶશऊ 利 σ኏୩ऊВᤠԡ঎ԡऐ 的密码子确定为高表达的优越密
ሕ༁
用 ኏ 语言作 ጶશऊ᥋ᡱ᤟ᆍᡷ 分析ᖔ标准曲线方程为 ጶશऊ ᢉ 码子ྉ林涛等ᖔ԰ԡԡ԰ɯᤥ 若一密码子既符合高表达
԰ ԰ 优越密码子的条件ᖔ又符合高频密码子的条件ᖔ则
԰շ᥈ऊ շѸ԰ँ ᣰ Џ᥈ऊ շྉϟͱ᥈ऊ ɯ ૒ୗྉ罗洪等ᖔ԰ԡϟጢɯᤥ
ሕ༁ ሕ༁ ሕ༁
并利 用标准方程求出 ጶશऊ 期望 ᖔ 根据 ጶશऊ 比值 ᢉ 将该密码子确定为最优密码子ྉ刘慧等ᖔ԰ԡϟᎮɯᤥ
ྉጶશऊ ͱጶશऊ ɯᣰ ጶશऊ ᖔ根据数据分析 ጢԡ 个基
实际 期望 期望
因中 ጶશऊ 的期望值与实际值的相差程度ᤥ ԰জ 结果与分析
ϟ঎԰঎ሕ 最优密码子的确定জ 以 ጶશऊ 为基准ᖔ从两端
各选 ϟԡᠮ的基因ᖔ即两端各选 ጢ 条 ऊ᧕୩ᖔ以 ጶશऊ 值 ԣॹϓ 偏性
较小的 ጢ 条 ऊ᧕୩ 确定为高基因表达库ᖔጶશऊ 数值 ԰঎ϟ঎ϟ ኏୩ऊВ 分析জ 通过软件 ऊᆍʛᆍႿ ۼ ϟ঎࿗঎԰ 分析了
较大的 ጢ 条 ऊ᧕୩ 确定为低基因表达库ᖔ将从两端 紫九牛叶绿体基因组 ጢԡ 条 ऊ᧕୩ 中的各同义密码子
筛选出来的两个高低基因库的基因序列分别整合 的相对频率ᖔ结果如表 ϟ 所示ᤥ 各同义密码子中
到两个 ஦ᑕ༁ᡷᑕ 文件中ᖔ通过软件 ऊᆍʛᆍႿ ۼ ϟ঎࿗঎԰ 来分 ኏୩ऊВᢦϟ 的有 ԰ँ 个ᖔ其中以 ዶᣰ В 结尾的有 ԰ऐ 个ᖔ说
析其 ኏୩ऊВ 值ᖔ以得到高低基因库的σ኏୩ऊВᖔ将 明了紫九牛叶绿体基因偏好以 ዶᣰ В 结尾ᤥ

表 ϓই 紫九牛叶绿体基因组中各氨基酸的 ቴ୒ࣷІ 分析
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ϟজ ኏୩ऊВ ᑕႿᑕ᤟ᢃ༁ᔽ༁ ᆍ஦ ᑕቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ༁ ᔽႿ ዹၤ᤟ᆍʢᆍᡱ᤟ᑕ༁ᡷ ੫ᔀႿᆍቝᔀ༁ ᆍ஦ ႬᓣႥᡙᔠᤀᐹ੖ᅳ ᤀᓣᔠᅳዞᐹʗᡓᐹ
氨基酸 密码子 数目 氨基酸 密码子 数目
኏୩ऊВ ኏୩ऊВ
ዶቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ऊᆍʛᆍႿ શࣼቝᤦᔀʢ ዶቝᔽႿᆍ ᑕዹᔽʛ ऊᆍʛᆍႿ શࣼቝᤦᔀʢ
苯丙氨酸 ۪ၤᔀ ВВВ ᤃँ԰ ϟ঎ሕ԰ 酪氨酸 ఋᢃʢ ВዶВ ጢጢጢ ϟ঎ጢऐ
ВВऊ ሕᤃԡ ԡ঎ᤃऐ Вዶऊ ϟ࿗ऐ ԡ঎࿗԰
亮氨酸 ᓂᔀࣼ ВВዶ ᤃ԰࿗ ϟ঎ऐँ 组氨酸 ̀ᔽ༁ ऊዶВ ሕ࿗Ꭾ ϟ঎࿗ᤃ
ВВ᥈ ࿗԰ऐ ϟ঎԰ँ ऊዶऊ ϟ԰ऐ ԡ঎ጢ࿗
ऊВВ ࿗԰ᤃ ϟ঎԰ँ 谷氨酰胺 ᥈᤟Ⴟ ऊዶዶ ጢϟሕ ϟ঎ጢ࿗
ऊВऊ ϟϟԡ ԡ঎ሕሕ ऊዶ᥈ ϟጢጢ ԡ঎࿗ᤃ
ऊВዶ ԰ᤃ԰ ԡ঎Ꭾँ 天冬酰胺 ዶ༁Ⴟ ዶዶВ ᤃ࿗ԡ ϟ঎ጢԡ
ऊВ᥈ ϟሕጢ ԡ঎࿗ϟ ዶዶऊ ԰ϟ԰ ԡ঎ጢԡ
异亮氨酸 ᧧᤟ᔀ ዶВВ Ꭾऐጢ ϟ঎࿗Ꭾ 赖氨酸 ᓂᢃ༁ ዶዶዶ ᤃᎮ࿗ ϟ঎ጢሕ
ዶВऊ ሕϟሕ ԡ঎ጢँ ዶዶ᥈ ԰ԡऐ ԡ঎࿗Ꭾ
ዶВዶ ጢԡϟ ԡ঎ँ࿗ 天冬氨酸 ዶ༁ᡱ ᥈ዶВ ᤃϟጢ ϟ঎ᤃϟ
缬氨酸 ჆ᑕ᤟ ᥈ВВ ࿗ԡԡ ϟ঎ጢԡ ᥈ዶऊ ϟ࿗ँ ԡ঎ሕँ
᥈Вऊ ϟԡጢ ԡ঎ሕँ 谷氨酸 ᥈᤟ࣼ ᥈ዶዶ Ꭾ࿗ऐ ϟ঎ጢԡ
᥈Вዶ ࿗ϟ԰ ϟ঎ጢ࿗ ᥈ዶ᥈ ԰࿗ऐ ԡ঎ጢԡ
᥈В᥈ ϟጢԡ ԡ঎ጢᤃ 半胱氨酸 ऊᢃ༁ В᥈В ϟጢᤃ ϟ঎࿗ँ
甘氨酸 ᥈᤟ᢃ ᥈᥈В ࿗Ꭾϟ ϟ঎ሕጢ В᥈ऊ ጢሕ ԡ঎ጢϟ
᥈᥈ऊ ϟጢᎮ ԡ঎࿗ጢ 精氨酸 ዶʢ੫ ऊ᥈В ԰ጢँ ϟ঎ሕᎮ
᥈᥈ዶ ጢԡँ ϟ঎࿗ᤃ ऊ᥈ऊ ँԡ ԡ঎࿗Ꭾ
᥈᥈᥈ ԰ጢऐ ԡ঎Ꭾ࿗ ऊ᥈ዶ ԰ᤃϟ ϟ঎ሕऐ
脯氨酸 ۪ʢᆍ ऊऊВ ሕԡԡ ϟ঎࿗ँ ऊ᥈ऊ ँᤃ ԡ঎ጢϟ
ऊऊऊ ϟᎮሕ ԡ঎ऐᤃ ዶ᥈ዶ ሕϟऐ ϟ঎ᤃऐ
ऊऊዶ ԰ϟ԰ ϟ঎ԡᤃ ዶ᥈᥈ ϟϟሕ ԡ঎ᤃԡ
ऊऊ᥈ ϟϟऐ ԡ঎ጢँ 丝氨酸 ୩ᔀʢ ВऊВ ሕᎮᤃ ϟ঎ᤃሕ
苏氨酸 ఋၤʢ ዶऊВ ሕऐᤃ ϟ঎ᤃ԰ Вऊऊ ԰ϟऐ ԡ঎ँጢ
ዶऊऊ ϟऐጢ ԡ঎Ꭾऐ Вऊዶ ԰ጢጢ ϟ঎ϟϟ
ዶऊዶ ԰Ꭾጢ ϟ঎ϟጢ Вऊ᥈ ϟጢ԰ ԡ঎ᤃᤃ
ዶऊ᥈ ϟԡᎮ ԡ঎࿗ጢ ዶ᥈В ԰ᎮᎮ ϟ঎԰ԡ
丙氨酸 ዶ᤟ᑕ ᥈ऊВ ࿗ँጢ ϟ঎ऐԡ ዶ᥈ऊ ϟԡጢ ԡ঎࿗ᤃ
᥈ऊऊ ϟऐԡ ԡ঎ᤃᤃ
᥈ऊዶ ԰ऐԡ ϟ঎ԡ԰
᥈ऊ᥈ ϟ࿗࿗ ԡ঎ጢ԰
জ 注᧥ 下划线表示高频密码子ᤥ
জ શᆍᡷᔀ᧥ ВႿʛᔀʢ༁ዹᆍʢᔀ༁ ᔽႿʛᔽዹᑕᡷᔀ ၤᔽ੫ၤ ஦ʢᔀीࣼᔀႿዹᢃ ዹᆍʛᆍႿ༁঎

԰঎ϟ঎԰ ᥈ऊ 含量及 ጶશऊ 分析জ 通过在线软件 ऊВ୩۪ 量ᖔ结果如表 ԰ 所示ᤥ 可以看出 ᥈ऊ 平均含量᧥᥈ऊ
ϟ
和 ऊၤᔽᡱ༁ 分析了紫九牛各 ऊ᧕୩ 不同位置的 ᥈ऊ 含 ྉ࿗Ꭾ঎ሕऐᠮɯ ᢦ᥈ऊ ྉሕँ঎ऐϟᠮɯ ᢦ᥈ऊ ྉ԰ँ঎ᤃԡᠮɯᖔ᥈ऊ 含
԰ ሕ ϟ