Page 56 - 《广西植物》2020年第1期
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５ ２ 广 西 植 物 ４０ 卷
表 ２ 串联法建树分区模型检测
Ｔａｂｌｅ ２ ＡＩＣｃ ｓｃｏｒｅｓ ｆｏｒ ｅａｃｈ ｏｆ ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｔｒｉｘ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ
分区策略 分区数目
数据 数据大小 对数似然值 赤池信息值
Ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ
Ｍａｔｒｉｘ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｄａｔａ Ｌｏｇ－ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ ＡＩＣｃ
ｓｔｒａｔｅｇｙ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｓ
ｎｔ(≥５０ ｓａｍｐｌｅｓ) ２６ ５６３ ０４７ ＯｎｅＰａｒｔ １ －３４３ ５９１ １０４.０００ ０００ ６８７ １８２ ５７８.００３ ０００
ＣｏｄｏｎＰａｒｔ ３ －３４３ ５８５ ４９６.０００ ０００ ６８７ １７１ ４０６.００３ ０００
ＧｅｎｅＰａｒｔ ５ ９２９ －３４２ ７７８ ２８３.４３０ １７５ ６８５ ６８７ ６７３.６１９ ０００
ＣｏｄｏｎＧｅｎｅＰａｒｔ ３×５ ９２９ －３４１ ７７０ ４４３.４７４ ２４３ ６８３ ９３５ ２０６.１６６ ０００
ｎｔ(≥７０ ｓａｍｐｌｅｓ) １６ ５４０ ３７４ ＯｎｅＰａｒｔ １ －２２２ ８４９ ７１２.０００ ０００ ４４５ ６９９ ７９４.００４ ０００
ＣｏｄｏｎＰａｒｔ ３ －２２２ ８４６ ０００.０００ ０００ ４４５ ６９２ ４１４.００５ ０００
ＧｅｎｅＰａｒｔ ３ ３８４ －２２２ ４０６ ３３３.７１４ ８４３ ４４４ ８８７ ６３２.９３２ ０００
ＣｏｄｏｎＧｅｎｅＰａｒｔ ３×３ ３８４ －２２１ ７５８ ８８３.６１９ ６２８ ４４３ ７４２ ９３５.５２８ ０００
ｎｔ(≥８０ ｓａｍｐｌｅｓ) ９ ３４０ ７８８ ＯｎｅＰａｒｔ １ －１２９ ９６２ ４７２.０００ ０００ ２５９ ９２５ ３１４.００７ ０００
ＣｏｄｏｎＰａｒｔ ３ －１２９ ９６０ ５００.０００ ０００ ２５９ ９２１ ４１４.００９ ０００
ＧｅｎｅＰａｒｔ １ ７９１ －１２９ ７３９ １２２.１６６ ９９２ ２５９ ５１８ ０７９.０９７ ０００
ＣｏｄｏｎＧｅｎｅＰａｒｔ ３×１ ７９１ －１２９ ３５４ ３８８.１４３ ４３２ ２５８ ８２８ ０７３.２７４ ０００
ｎｔ(≥８５ ｓａｍｐｌｅｓ) ４ ０６９ ８４８ ＯｎｅＰａｒｔ １ －５７ ６０７ ３６０.０００ ０００ １１５ ２１５ ０９０.０１７ ０００
ＣｏｄｏｎＰａｒｔ ３ －５７ ６０６ ９６４.０００ ０００ １１５ ２１４ ３４２.０２１ ０００
ＧｅｎｅＰａｒｔ ７４２ －５７ ５１２ ３５８.０７０ ３１３ １１５ ０４１ ４２２.３６３ ０００
ＣｏｄｏｎＧｅｎｅＰａｒｔ ３×７４２ －５７ ３２９ ７０３.８０１ ３９２ １１４ ７０９ ０２６.２５２ ０００
ｎｔ(≥８９ ｓａｍｐｌｅｓ) ２３１ ３０９ ＯｎｅＰａｒｔ １ －３ ３１１ ７０１.２５０ ０００ ６ ６２３ ７７２.７９７ ７６０
ＣｏｄｏｎＰａｒｔ ３ －３ ３１１ ５０５.９３７ ５００ ６ ６２３ ４２６.２４７ ６２０
ＧｅｎｅＰａｒｔ ４２ －３ ３０４ ８６３.７６５ ６２５ ６ ６１１ ００３.０４３ ８７０
ＣｏｄｏｎＧｅｎｅＰａｒｔ ３×４２ －３ ２９０ ９１７.２１９ ２３８ ６ ５８４ ９７５.６３７ ０１０
ＡＡ(≥５０ ｓａｍｐｌｅｓ) ３ ３３２ ６３８ ＯｎｅＰａｒｔ １ －１３５ ７３９ ９４７.２０５ ８２６ ２７１ ５０８ ９１５.６１２ ５６７
ＧｅｎｅＰａｒｔ ５ ９２９ －１３５ ２４８ ９８６.８４１ ３０８ ２７０ ５２６ ８７６.４８２ ０００
ＡＡ(≥７０ ｓａｍｐｌｅｓ) ２ ０２９ ０１４ ＯｎｅＰａｒｔ １ －８３ ８７８ ０５１.０７７ ３１８ １６７ ７５９ ８４４.５８８ ９６５
ＧｅｎｅＰａｒｔ ３ ３８４ －８３ ５７４ ６７１.１６７ ４８０ １６７ １６９ ５９６.９３８ ０００
ＡＡ(≥８０ ｓａｍｐｌｅｓ) １ １６５ ７６５ ＯｎｅＰａｒｔ １ －４７ ２１４ ５００.０００ ０００ ９４ ４２９ ３５４.０５４ １００
ＧｅｎｅＰａｒｔ １ ７９１ －４７ ０４３ ７２８.８３２ ５２０ ９４ ０９７ １１３.４９７ ２００
ＡＡ(≥８５ ｓａｍｐｌｅｓ) ５１９ １５８ ＯｎｅＰａｒｔ １ －１９ ９２５ ２２４.０００ ０００ ３９ ８５０ ８０２.１２１ ４００
ＧｅｎｅＰａｒｔ ７４２ －１９ ８５１ ８３２.９１２ ８４２ ３９ ７０７ ９７７.６６５ ８００
ＡＡ(≥８９ ｓａｍｐｌｅｓ) ３０ １４８ ＯｎｅＰａｒｔ １ －９７９ ６４３.６２５ ０００ １ ９５９ ６８１.８２８ ３４０
ＧｅｎｅＰａｒｔ ４２ －９７３ ５６６.５８８ ８６７ １ ９４８ ０５９.２１５ １２０
注: 黑体为最优模型(即赤池信息值最低)ꎮ
Ｎｏｔｅ: Ｂｏｌｄ ｉｓ ｔｈｅ ｂｅｓｔ ｐａｒｔｉｔｉｏｎ (ＡＩＣｃ ｖａｌｕｅ ｉｓ ｔｈｅ ｌｏｗｅｓｔ).
１.５ 分化时间估计 ７４２ 个基因的 ＣＤＳ 序列串联法获得的拓扑结构)ꎬ
我们使用 ＰＡＭＬ ｖ４.９ 软件包 (Ｙａｎｇꎬ ２００７)的 输入序列为 ７４２ 个基因的 ＣＤＳ 序列ꎮ 我们先对每
ＭＣＭＣＴＲＥＥ 程序进行分化时间估计ꎬ输入拓扑结 个基因都分别估计分化时间ꎬ再综合 ７４２ 个基因
构为综合 ２０ 棵进化树的最佳拓扑结构( 即使用 的分析结果(即每个节点取所有基因的平均值) 获
