Page 52 - 《广西植物》2020年第1期
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４ ８ 广 西 植 物 ４０ 卷
图 ２ 被子植物系统演化关系重建总流程
Ｆｉｇ. ２ Ｏｖｅｒａｌｌ ｗｏｒｋｆｌｏｗ ｏｆ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ
其中被子植物共包含 ８７ 科 ５８ 目(表 １)ꎮ (Ｙａｎｇ ＆ Ｓｍｉｔｈꎬ ２０１４) 去除所有剩余的旁系同源
１.２ 基于基因组序列的直系同源基因鉴定 枝ꎬ获得 ｏｎｅ－ｔｏ－ｏｎｅ 同源基因家族( 即每个样品最
我们使用 Ｙａｎｇ ＆ Ｓｍｉｔｈ(２０１４)报道的方法ꎬ对 多一条序列)ꎬ只保留大于 ２０ 个样品的基因家族ꎮ
４３ 个植物基因组的基因集进行同源基因聚类分 １.３ 转录组及外类群数据处理
析ꎮ 首先ꎬ使用软件 ＢＬＡＳＴＮ ｖ２.６.０＋ 对 ４３ 个基因 我们对两个来自两个科( 无叶莲科 Ｐｅｔｒｏｓａｖｉａ
集 ＣＤＳ 序列进行 ａｌｌ－ｂｙ－ａｌｌ ｂｌａｓｔꎬ每条序列取最佳 ｓａｋｕｒａｉ 和鸦跖草科 Ｃｙａｎｏｔｉｓ ａｒａｃｈｎｏｉｄｅａ) 的 ＲＮＡ －
的 １ ０００ 条比对结果ꎬ去掉比对长度小于 １ / ３ 总长 ｓｅｑ 数据从头拼接ꎮ 首先使用 Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ ｖ０.３８ 软
的序列ꎬ修剪未比对上的末端序列ꎮ 然后ꎬ使用 件(Ｂｏｌｇｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１４) 过滤原始 ｒｅａｄｓ 数据( 参数
ＭＣＬ 软 件 ( Ｖａｎꎬ ２０００ ) 进 行 同 源 基 因 聚 类 ＨＥＡＤＣＲＯＰ:１５ ＬＥＡＤＩＮＧ:２０ ＴＲＡＩＬＩＮＧ:２０ ＳＬＩＤ￣
(ｉｎｆｌａｔｉｏｎ ｖａｌｕｅ ＝ １.４)ꎬ去除少于 ２０ 个植物的基因 ＩＮＧＷＩＮＤＯＷ:５:２０ ＭＩＮＬＥＮ:５０ ＡＶＧＱＵＡＬ:２０)ꎬ再
家族ꎬ 剩 余 基 因 家 族 使 用 ＭＡＦＦＴ ｖ７. ３１０ 软 件 使用 Ｔｒｉｎｉｔｙ ｖ２.６.６ 软件(Ｇｒａｂｈｅｒｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１)拼接
(Ｋａｔｏｈ ＆ Ｓｔａｎｄｌｅｙꎬ ２０１３) 进行多序列比对( ｍａｘｉ￣ (ｍｉｎ ｃｏｎｔｉｇ ｌｅｎｇｔｈ ＝ １５０ ｂｐ)ꎬ最后使用 ＴｒａｎｓＤｅｃｏｄｅｒ
ｍｕｍ ｉｔｅｒａｔｉｖｅ ｒｅｆｉｎｅｍｅｎｔ ｃｙｃｌｅｓ ＝ １ ０００ )ꎬ 使 用 ｖ５.５.０(ｈｔｔｐｓ:/ / ｇｉｔｈｕｂ.ｃｏｍ/ ＴｒａｎｓＤｅｃｏｄｅｒ/ ＴｒａｎｓＤｅｃｏｄｅｒ/
ＰＨＹＵＴＩＬＩＴＹ ｖ２.２.６ 软件(Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｄｕｎｎꎬ ２００８)修 ｒｅｌｅａｓｅｓ/ ｔａｇ/ ＴｒａｎｓＤｅｃｏｄｅｒ－ｖ５.５.０ )进行 ＣＤＳ 和蛋白
剪缺 失 率 大 于 ９０％ 的 位 点ꎬ 使 用 软 件 ＲＡＸＭＬ 质序列预测(参考数据库为 Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ 和 Ｐｆａｍ－Ａ)ꎮ
ｖ８.２.１１(Ｓｔａｍａｔａｋｉｓꎬ ２０１４)对修剪后的多序列比对 将得到的这两个物种的基因集、从 ｏｎｅｋｐ 数据库下
数据估算系统进化树( ｍｏｄｅｌ ＝ ＧＴＲＣＡＴ)ꎮ 最后 载得到的 ４３ 种被子植物的基因集和 １ 个裸子植物
修剪掉进化树上的所有旁系同源基因枝ꎬ修剪枝 (Ｇｉｎｋｇｏ ｂｉｌｏｂａ)的基因集ꎬ使用 ＨａＭＳｔＲ ｖ１３.２.６ 软
长大于 ０.６ 的枝、比姐妹枝长十倍的末端枝ꎬ单源 件(Ｅｂｅｒｓｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９)合并到利用基因组数
且全部同样品的枝只保留一个ꎬ修剪枝长比预期 据得到的同源基因家族中ꎬ最终只保留大于 ５０ 个
碱基替换率大 ０.３ 倍的内部枝ꎬ再使用 ＭＯ 方法 样品的基因家族ꎮ
