Page 55 - 《广西植物》2020年第1期

１ 期 金鑫等: 基于 ５ ９９３ 个核基因的被子植物系统发育关系研究 ５ １

续表 １
物种 数据来源类型 缩写 目 数据来源
Ｓｐｅｃｉｅｓ Ｄａｔａ ｓｏｕｒｃｅ ｔｙｐｅ Ａｂｂｒｅｖｉａｔｉｏｎ Ｏｒｄｅｒ Ｄａｔａ ｓｏｕｒｃｅ

锦葵叶刺核藤 Ｐｙｒｅｎａｃａｎｔｈａ ｍａｌｖｉｆｏｌｉａ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＱＺＺＵ 茶茱萸目 Ｉｃａｃｉｎａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
钩药茶 Ｏｎｃｏｔｈｅｃａ ｂａｌａｎｓａｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＰＶＧＭ 茶茱萸目 Ｉｃａｃｉｎａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
美国蜡梅 Ｃａｌｙｃａｎｔｈｕｓ ｆｌｏｒｉｄｕｓ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＦＡＬＩ 樟目 Ｌａｕｒａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
美檫树 Ｓａｓｓａｆｒａｓ ａｌｂｉｄｕｍ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＡＢＳＳ 樟目 Ｌａｕｒａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
阿福花状旱叶草Ｘｅｒｏｐｈｙｌｌｕｍ ａｓｐｈｏｄｅｌｏｉｄｅｓ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＡＦＬＶ 百合目 Ｌｉｌｉａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
锯齿绿荆棘 Ｓｍｉｌａｘ ｂｏｎａ－ｎｏｘ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＭＷＹＱ 百合目 Ｌｉｌｉａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
刺果番荔枝 Ａｎｎｏｎａ ｍｕｒｉｃａｔａ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＹＺＲＩ 木兰目 Ｍａｇｎｏｌｉａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
肉豆蔻 Ｍｙｒｉｓｔｉｃａ ｆｒａｇｒａｎｓ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＯＢＰＬ 木兰目 Ｍａｇｎｏｌｉａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
黄瑞香 Ｄａｐｈｎｅ ｇｉｒａｌｄｉｉ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＰＵＤＩ 锦葵目 Ｍａｌｖａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
圆叶肋果萍蓬草 Ｎｕｐｈａｒ ａｄｖｅｎａ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＷＴＫＺ 睡莲目 Ｎｙｍｐｈａｅａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
露兜树 Ｘｅｒｏｐｈｙｔａ ｖｉｌｌｏｓａ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＱＯＸＴ 露兜树目 Ｐａｎｄａｎａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
马蹄香 Ｓａｒｕｍａ ｈｅｎｒｙｉ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＱＤＶＷ 胡椒目 Ｐｉｐｅｒａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
墨西哥胡椒 Ｐｉｐｅｒ ａｕｒｉｔｕｍ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＭＵＮＰ 胡椒目 Ｐｉｐｅｒａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
银桦 Ｇｒｅｖｉｌｌｅａ ｒｏｂｕｓｔａ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＧＲＲＷ 山龙眼目 Ｐｒｏｔｅａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
框东坚果 Ｓａｎｔａｌｕｍ ａｃｕｍｉｎａｔｕｍ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＲＳＰＯ 檀香目 Ｓａｎｔａｌａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
昆栏树 Ｔｒｏｃｈｏｄｅｎｄｒｏｎ ａｒａｌｉｏｉｄｅｓ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＳＷＯＨ 昆栏树目 Ｔｒｏｃｈｏｄｅｎｄｒａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
蔓茎刺球果 Ｋｒａｍｅｒｉａ ｌａｎｃｅｏｌａｔａ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＺＨＭＢ 蒺藜目 Ｚｙｇｏｐｈｙｌｌａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ
蒺藜 Ｔｒｉｂｕｌｕｓ ｅｉｃｈｌｅｒｉａｎｕｓ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ＫＶＡＹ 蒺藜目 Ｚｙｇｏｐｈｙｌｌａｌｅｓ ｏｎｅｋｐ

露水草 Ｃｙａｎｏｔｉｓ ａｒａｃｈｎｏｉｄｅａ ＲＮＡ－ＳＥＱ ＴＣＹＴＲ 鸭跖草目 Ｃｏｍｍｅｌｉｎａｌｅｓ ｈｔｔｐｓ:/ / ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ/
ｓｒａ/ ＳＲＰ１４４３９８
无叶莲 Ｐｅｔｒｏｓａｖｉａ ｓａｋｕｒａｉ ＲＮＡ－ＳＥＱ ＴＰＥＴＲ 无叶莲科 Ｐｅｔｒｏｓａｖｉａｃｅａｅ Ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ

１.４ 系统发育进化树构建 (Ｌａｎｆｅａｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９)对串联序列进行分区和进化
我们采用两种方法串联法 ( ｃｏｎｃａｔｅｎａｔｉｏｎ) 和 模型检测ꎬ从而设置较合理的分区和为每个分区
溯祖法( ｃｏａｌｅｓｃｅｎｃｅ)ꎬ并分别使用 ＣＤＳ 序列和氨 选择合理的进化模型ꎮ 对 ＣＤＳ 序列检测下列的四
基酸序列构建进化树ꎮ 无论是 ＣＤＳ 序列还是蛋白 个分区策略( 表 ２):ｎｏ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇꎬ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ ｂｙ

质序 列ꎬ 都 使 用 ＰＲＡＮＫ ｖ. １７０４２７ 软 件 ( ｈｔｔｐ: / / ｅａｃｈ ｃｏｄｏｎ ｐｏｓｉｔｉｏｎ (ｔｈｒｅｅ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｓ)ꎬ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ ｂｙ
ｗａｓａｂｉａｐｐ.ｏｒｇ / ｓｏｆｔｗａｒｅ / ｐｒａｎｋ / ) 进 行 多 序 列 比 对ꎬ ｇｅｎｅ 和 ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ ｂｙ ｅａｃｈ ｃｏｄｏｎ ｐｏｓｉｔｉｏｎ ｗｉｔｈｉｎ
使用 ＰＨＹＵＴＩＬＩＴＹ ｖ２. ２. ６ 软 件 ( Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｄｕｎｎꎬ ｅａｃｈ ｇｅｎｅꎮ 对蛋白质序列检测下列两个分区策略:
２００８)修剪缺失率大于 ７０％ 的位点ꎬ其中 ＣＤＳ 序 ｎｏ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ 和 ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ ｂｙ ｇｅｎｅꎮ 参数设置如
列需去除长度小于 ３００ 个碱基的序列ꎬ蛋白质序 下:ｂｒａｎｃｈ ｌｅｎｇｔｈｓ ＝ ｌｉｎｋｅｄꎻｍｏｄｅｌ＿ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ＝ ａｉｃｃꎻ

列需去除长度小于 １００ 个氨基酸的序列ꎮ ｓｅａｒｃｈ ＝ ｕｓｅｒꎻｍｏｄｅｌｓ ＝ ＧＴＲꎬ ＧＴＲ＋Ｇꎬ ＧＴＲ＋Ｉ＋Ｇ
溯祖法ꎬ先对每个基因使用 ＲＡｘＭＬ ｖ８.２.１１ 软 (ＣＤＳ 序列)或者 ｍｏｄｅｌｓ ＝ ＬＧ＋Ｇꎬ ＬＧ＋Ｉ＋Ｇꎬ ＷＡＧ＋
件( 默 认 参 数) ( Ｓｔａｍａｔａｋｉｓꎬ ２０１４) 画 树ꎬ 再 使 用 Ｇꎬ ＷＡＧ＋Ｉ＋Ｇ(蛋白质序列)ꎮ 再使用 ｉｑｔｒｅｅ ｖ１.５.５
ＡＳＴＲＡＬ ｖ５.５.９ 软件(Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７)处理所有 软 件 画 树 [ １０００ ｕｌｔｒａｆａｓｔ ｂｏｏｔｓｔｒａｐ ｒｅｐｌｉｃａｔｅｓ ( Ｖｏｎ

基因树ꎬ得到共有树ꎬ参数设置“ －ｔ １－－ｇｅｎｅ－ｏｎｌｙ” Ｈａｅｓｅｌｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１３)ꎬ－ｓｐｐ 设置最优分区策略]ꎬ
以获得 ｂｏｏｔｓｔｒａｐ 值和基因支持率ꎬ枝长使用 ｉｑｔｒｅｅ 基因支持率使用 ＡＳＴＲＡＬ ｖ５.５.９ 软件( －ｔ １) 获得ꎮ
ｖ１.５.５ 软件(Ｎｇｕｙｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５)获得ꎮ 最后使用软件 Ｅｖｏｌｖｉｅｗ ｖ２(Ｈｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６) 对获得
串联 法ꎬ 先 使 用 ＰａｒｔｉｔｉｏｎＦｉｎｄｅｒ ｖ２. １. １ 软 件 的所有进化树进行美化ꎮ