Page 90 - 《广西植物》2023年第10期
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表 ３ 利用内标法测定的海三棱藨草及近缘种植物 ＤＮＡ Ｃ 值及其 ＣＶ 值
Ｔａｂｌｅ ３ ＤＮＡ Ｃ￣ｖａｌｕｅ ａｎｄ ＣＶ ｖａｌｕｅ ｏｆ Ｓｃｉｒｐｕｓ ｍａｒｉｑｕｅｔｅｒ ａｎｄ ｉｔｓ
ｒｅｌａｔｅｄ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｂｙ ｔｈｅ ｉｎｔｅｒｎａｌ ｓｔａｎｄａｒｄ ｍｅｔｈｏｄ
ＤＮＡ Ｃ 值 样品 ＣＶ 值 内标 ＣＶ 值
物种 样本
１Ｃ Ｓａｍｐｌｅ ＣＶ Ｉｎｔｅｒｎａｌ ｓｔａｎｄａｒｄ ＣＶ
Ｓｐｅｃｉｅｓ Ｓａｍｐｌｅ
(ｘ±ｓꎬ Ｍｂｐ)∗ (ｘ±ｓꎬ ％) (ｘ±ｓꎬ ％)
海三棱藨草 ＣＪ１ ２４０.４９±１.８７ｃ ４.０９±０.５３ ５.２９±１.２９
Ｓ. ｍａｒｉｑｕｅｔｅｒ
ＣＪ２ ２３８.３１±４.２１ｃ ６.００±０.８１ ４.８４±０.９６
ＣＪ３ ２４２.５０±３.０１ｃ ５.７５±０.５５ ４.６６±０.９２
ＨＺ１ ２３４.８７±４.５３ｃ ６.３８±０.３０ ６.３０±０.８２
ＨＺ２ ２３５.０７±１.６９ｃ ６.６０±０.１８ ６.００±０.２８
ＨＺ３ ２３８.４４±５.９３ｃ ６.３８±０.１６ ４.９６±０.７６
扁秆藨草 ＳＰ１ ２５１.７７±２.２８ｂ ５.３１±０.６６ ３.８２±０.０６
Ｓ. ｐｌａｎｉｃｕｌｍｉｓ
ＳＰ２ ２６４.１３±０.６３ｂ ５.６４±０.３９ ４.９７±１.０１
ＳＰ３ ２６１.３６±１６.００ｂ ６.９７±０.８２ ３.３３±１.１７
海三棱藨草(♀) ×扁秆藨草 (♂) ＭＰ１ ２５４.０８±１１.３８ｂ ６.６５±０.３７ ４.６３±０.０５
Ｓ. ｍａｒｉｑｕｅｔｅｒ(♀) × Ｓ. ｐｌａｎｉｃｕｌｍｉｓ (♂)
ＭＰ２ ２６３.４４±５.５７ｂ ５.８０±０.３７ ４.６９±０.６４
ＭＰ３ ２５４.２３±１４.０２ｂ ５.６５±０.６１ ４.２７±０.７１
藨草 Ｓ. ｔｒｉｑｕｅｔｅｒ ＳＴ１ ５３７.３３±２２.７５ａ ６.５３±１.０７ ４.６６±１.３８
注: ∗字母(ａꎬ ｂꎬ ｃ)不同的数值表示 ＬＳＤ 检验下存在显著差异(Ｐ<０.０５)ꎮ
Ｎｏｔｅ: ∗Ｔｈｅ ｎｕｍｅｒｉｃａｌ ｖａｌｕｅｓ ｗｉｔｈ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｌｅｔｔｅｒｓ (ａꎬ ｂꎬ ｃ) ｉｎｄｉｃａｔｅ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ (Ｐ<０.０５) ａｃｃｏｒｄｉｎｇ ｔｏ ＬＳＤ ｔｅｓｔ.
析比流式细胞法能获得更全面的信息ꎬ为后续基 ５％ꎬ但也有两个标准品 ＣＶ 值在 ５％ ~ ６.３％之间ꎬ同
因组 Ｄｅ ｎｏｖｏ 技术策略的制定提供重要依据ꎮ 根 时待测品 ＣＶ 值在 ５.３１％ ~ ６.９７％之间ꎮ 通常认为
据基因组 Ｓｕｒｖｅｙ 分析获得的海三棱藨草样本 ＣＪ１ 不可接受 ＣＶ 高于 ５％的测量结果ꎬ 但也存在某些富
的基因组特征ꎬ判断该物种基因组为低重复、高杂 含多酚、基因组很小的样品ꎬ无法实现低于 ５％的 ＣＶ
合的一般复杂基因组ꎬ可能对组装造成一定影响 值(Ｄｏｌｅｚｅｌ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００７)ꎮ 然而ꎬ外标法测得样品
(霍恺森等ꎬ２０１９)ꎻ其 ＧＣ 含量所处范围可以降低 ＤＮＡ 峰的 ＣＶ 值均低于 ５％ꎬ证实仪器校准、取材质
测序和拼接的偏差(Ａｉｒｄ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１)ꎮ 综合以上 量、核裂解液成分等和 ＣＶ 值相关的因素对结果的
指标ꎬ后续可以采用全基因组鸟枪法进行基因组 负面影响较小ꎮ 有研究证实ꎬ标准样品的选择也会
组装(霍恺森等ꎬ２０１９)ꎮ 本研究还首次利用流式 影响 ＣＶ 值(Ｄｏｌｅｚｅｌ ＆ Ｂａｒｔｏｓꎬ ２００５ꎻ方其等ꎬ２０１１)ꎬ
细胞仪测定了海三棱藨草、扁秆藨草、藨草的基因 我们猜测内标法测得 ＤＮＡ 峰的 ＣＶ 值略高于 ５％的
组的 Ｃ 值ꎬ海三棱藨草种内基因组大小存在小范 结果可能是标准品和待测品混合而致ꎮ 需要注意
围波 动ꎬ 但 变 异 程 度 较 低 ( 样 本 间 变 异 系 数 为 的是ꎬ虽然外标法样品 ＤＮＡ 峰的 ＣＶ 值较内标法
１％)ꎬ其中流式细胞术测定的 ＣＪ１ 的 Ｃ 值与前述 低ꎬ但每次重复测量之间结果变化较大ꎬ导致标准
利用 Ｓｕｒｖｅｙ 技术测定的基因组大小值十分接近ꎬ 差偏大ꎬ这可能是因为外标法制备细胞悬液时标准
表明本实验测定的 Ｃ 值较为准确和可靠ꎮ 品和待测品为分开进行ꎬ处理时间、切碎手法可能
本研究同时采用了内标法和外标法来保证检 有所差异ꎬ上机时测量标准品和待测品之间存在时
测流式结果的可靠性ꎬ前者主要用于检测样品 Ｃ 间间隔也会导致峰值偏移ꎬ内标法更适于基因组大
值ꎬ后者主要用于检测藨草属物种内各样本的相对 小测定(Ｖｉｎｄｅｌｏｖ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９８３)ꎬ因此我们优先采用
倍性ꎮ 内标法大多数标准品 ＤＮＡ 峰的 ＣＶ 值小于 内标法的 Ｃ 值测量结果ꎮ
