Page 157 - 《广西植物》2023年第9期
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９ 期 杨娜等: ＥＭＳ 诱导红阳猕猴桃耐寒突变体的筛选及转录组分析 １ ７ ０ ５
表 ２ ＥＭＳ 诱变耐寒处理统计
Ｔａｂｌｅ ２ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｃｏｌｄ￣ｔｏｌｅｒａｎｔ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ
ｍｕｔａｇｅｎｉｚｅｄ ｂｙ ＥＭＳ
序号 新生芽数(个)
Ｎｕｍｂｅｒ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｎｅｗ ｓｈｏｏｔｓ (ｐｃｓ)
１ ２
２ ２
３ １
４ ０
５ ０
６ ０
表 ３ 样品测序数据质量评估
Ｔａｂｌｅ ３ Ｑｕａｌｉｔｙ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｓａｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ
过滤后
样品名称 碱基数目
原始数据 Ｑ ２０ Ｑ ３０ ＧＣ
Ｓａｍｐｌｅ Ｃｌｅａｎ
Ｒａｗ ｒｅａｄｓ (％) (％) (％)
ｎａｍｅ ｂａｓｅｓ
(Ｇ)
５６ ８４５ １２２ ８.３３ ９９.１４ ９４.４０ ４６.３９
Ａ １
图中横坐标为 ｌｏｇ２(ＦｏｌｄＣｈａｎｇｅ) 值(基因在处理组和对照
５１ ８８２ ９２０ ７.６２ ９８.２７ ９４.６５ ４６.０５
Ａ ２
组中的表达倍数变化)ꎻ 纵坐标为－ｌｏｇ１０(Ｐ ｖａｌｕｅ)(基因在
５２ １４０ ６７２ ７.７２ ９８.２１ ９４.４９ ４６.３４
处理组和对照组中的表达差异的显著性水平)ꎻ 红色圆点
Ａ ３
４３ ０７７ ８６６ ６.２６ ９８.１８ ９４.５２ ４６.１０ 表示上调基因ꎻ 绿色圆点表示下调基因ꎻ 灰色圆点表示无
Ｂ １
显著性差异基因ꎮ
４４ ４８９ ４１４ ６.２８ ９８.３１ ９４.８０ ４６.４７
Ｂ ２
Ｔｈｅ ａｂｓｃｉｓｓａ ｉｓ ｔｈｅ ｌｏｇ２ (ＦｏｌｄＣｈａｎｇｅ) ｖａｌｕｅ (ｔｈｅ ｃｈａｎｇｅ ｏｆ ｇｅｎｅ
４７ ７６５ ５３８ ７.０６ ９８.２３ ９４.５７ ４６.３０
Ｂ ３
ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｉｎ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｇｒｏｕｐ ａｎｄ ｔｈｅ ｃｏｎｔｒｏｌ
注: Ｑ ２０ . 测序碱基质量值≥２０ 水平的碱基数目及占 Ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓ ｇｒｏｕｐ)ꎻ ｔｈｅ ｏｒｄｉｎａｔｅ ｉｓ － ｌｏｇ１０( Ｐ ｖａｌｕｅ) ( ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｌｅｖｅｌ ｏｆ
的百分比ꎻ Ｑ ３０ . 测序碱基质量值≥３０ 水平的碱基数目及占 Ｃｌｅａｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ｉｎ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｇｒｏｕｐ ａｎｄ ｔｈｅ
ｒｅａｄｓ 的百分比ꎻ ＧＣ. 过滤后 ＧＣ 碱基所占的比例ꎮ ｃｏｎｔｒｏｌ ｇｒｏｕｐ)ꎻ ｔｈｅ ｒｅｄ ｄｏｔｓ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ ｕｐ￣ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｇｅｎｅｓꎻ ｔｈｅ
Ｎｏｔｅ: Ｑ ２０ . Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｂａｓｅｓ ｗｉｔｈ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂａｓｅ ｑｕａｌｉｔｙ ｖａｌｕｅ≥２０ ｇｒｅｅｎ ｄｏｔｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ ｄｏｗｎ￣ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｇｅｎｅｓꎻ ｔｈｅ ｇｒａｙ ｄｏｔｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ
ｌｅｖｅｌ ａｎｄ ｔｈｅ ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ ｏｆ Ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓꎻ Ｑ ３０ . Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｂａｓｅｓ ｗｉｔｈ
ｇｅｎｅｓ ｗｉｔｈ ｎｏ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ.
ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂａｓｅ ｑｕａｌｉｔｙ ｖａｌｕｅ≥３０ ｌｅｖｅｌ ａｎｄ ｔｈｅ ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ ｏｆ Ｃｌｅａｎ
图 ４ 差异基因表达结果
ｒｅａｄｓꎻ ＧＣ. Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ ｏｆ ＧＣ ｂａｓｅｓ ａｆｔｅｒ ｆｉｌｔｅｒｉｎｇ.
Ｆｉｇ. ４ Ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ
Ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓ 中 Ｇ 与 Ｃ 各项碱基之间的百分比均在
４６％ ~ ４７％之间ꎻ６ 个样品均未检测到未知碱基ꎮ 胞组成 ３ 个方面ꎮ ＧＯ 功能富集以显著性值<０.０５
综合分析证明测序质量良好ꎬ符合建库要求ꎬ可进 作为显著性富集的阈值ꎬ结果见图 ５ꎮ 从 ＧＯ 富集
行下一步分析ꎮ 的数据分析统计结果可知ꎬ生物学过程部分富集
２.２.２ 差异表达基因的筛选 同一生物在不同环 １２７ 个功能分类ꎬ分子功能部分为 １０４ 个功能分
境条件下其基因表达存在显著差异ꎮ 由图 ４ 可 类ꎬ细胞组成部分共富集 １９ 个功能分类ꎬ３ 个方面
知ꎬ结果共筛选出 ２９４ 条差异表达基因ꎬ其中上调 的差异表达基因分别为 １０４ 条、１３５ 条、２５ 条ꎬ共
差异表达基因为 ２５４ 条ꎬ占比为 ８６.４％ꎬ下调差异 ２６４ 条ꎮ 其中生物学过程部分富集功能分类最多ꎬ
表达基因为 ４０ 条ꎬ仅占比 １３.６５％ꎮ 由此可见ꎬ低 位于前五的富集差异表达基因序列条目为多细胞
温胁迫 １２ ｈ 内有大量的冷胁迫响应基因被成功激 类生物发育、发展过程、解剖学结构的发展、胞吐
活ꎬ而一部分基因则受到抑制ꎮ 作用、细胞分泌作用ꎻ其次是分子功能部分ꎬ位于
２.２.３ ＧＯ 功能分析 对红阳猕猴桃处理组与对照 前五的富集差异表达基因序列条目为活性血红素
组进行 ＧＯ 功能性的分类以及丰富性的分析ꎮ ＧＯ 酶的结合机理作用示例、四吡咯酶的结合机理作
功能分析主要划分为生物学过程、分子功能和细 用、 转移氧化酶活性作用、 氧化酶的还原酶活性、
