Page 166 - 《广西植物》2023年第9期
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１ ７ １ ４ 广 西 植 物 ４３ 卷
２.２ 编码区序列、ｌｎｃＲＮＡ 和 ＳＳＲ 分析 Ｐｆａｍ 分别预测到 ３ ０２８、２ ８４８、５ １３２ 和 ６ ４０６ 条
通过编码区序列及对应氨基酸序列的预测ꎬ共 ｌｎｃＲＮＡꎬ２ ０３５ 条为共有序列(图 ３:Ａ)ꎮ 利用 ＭＩＳＡ
获得 ２５ ４０８ 个 开 放 阅 读 框 ＯＲＦ ( ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ 软件筛选 ５００ ｂｐ 以上的转录本ꎬ共获得１４ ８９２个
ｆｒａｍｅ)ꎬ 其 中ꎬ ２０ ２８１ 条 ＯＲＦ 是 完 整 的ꎬ 占 比 ＳＳＲ 位点ꎬ其中单碱基 ＳＳＲ 有 ５ １２４ 个ꎬ数目最多ꎬ
７９.５７％ꎮ ｌｎｃＲＮＡ 预测分析中ꎬＣＰＣ、ＣＮＣＩ、ＣＰＡＴ 和 其平均密度约为每 Ｍｂ ４３.５ 个(图 ３:Ｂ)ꎮ
Ａ. ｌｎｃＲＮＡ 预测维恩图ꎻ Ｂ. ＳＳＲ 密度分布ꎻ ｃ. 混合 ＳＳＲꎻ ｃ . 带有重合碱基的混合 ＳＳＲꎻ ｐ１. 单碱基 ＳＳＲꎻ ｐ２. 双碱基 ＳＳＲꎻ ｐ３. 三
碱基 ＳＳＲꎻ ｐ４. 四碱基 ＳＳＲꎻ ｐ５. 五碱基 ＳＳＲꎻ ｐ６. 六碱基 ＳＳＲꎮ
Ａ. Ｖｅｎｎ ｄｉａｇｒａｍ ｏｆ ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ ｌｎｃＲＮＡꎻ Ｂ. Ｄｅｎｓｉｔｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ＳＳＲꎻ ｃ. Ｃｏｍｐｏｕｎｄ ＳＳＲꎻ ｃ . Ｃｏｍｐｏｕｎｄ ＳＳＲ ｗｉｔｈ ｏｖｅｒｌａｐｐｉｎｇ ｂａｓｅｓꎻ ｐ１. Ｍｏｎｏ￣
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＳＳＲꎻ ｐ２. Ｄｉ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＳＳＲꎻ ｐ３. Ｔｒｉ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＳＳＲꎻ ｐ４. Ｔｅｔｒａ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＳＳＲꎻ ｐ５. Ｐｅｎｔａ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＳＳＲꎻ ｐ６. Ｈｅｘａ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＳＳＲ.
图 ３ 枫香叶片变色期转录本的 ｌｎｃＲＮＡ 预测和 ＳＳＲ 分析
Ｆｉｇ. ３ ｌｎｃＲＮＡ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ａｎｄ ＳＳＲ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ ｉｎ ｌｅａｆ ｄｉｓｃｏｌｏｒａｔｉｏｎ ｓｔａｇｅ ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄａｍｂａｒ ｆｏｒｍｏｓａｎａ
２.３ 转录本功能注释
８ 个数据库的功能注释结果显示( 表 １)ꎬ共注
释 ２４ ８５７ 条序列ꎬ占总转录本的 ９１.１５％ꎮ 在 ＮＲ
注释的物种中ꎬ葡萄( Ｖｉｔｉｓ ｖｉｎｉｆｅｒａ) 占比 最 高ꎬ为
３６.３９％ꎬ其次是可可树(Ｔｈｅｏｂｒｏｍａ ｃａｃａｏꎬ７.０９％)、
莲 ( Ｎｅｌｕｍｂｏ ｎｕｃｉｆｅｒａꎬ ６. ７１％)、 麻 枫 树 ( Ｊａｔｒｏｐｈａ
ｃｕｒｃａｓꎬ３.４１％)等(图 ４)ꎮ
图 ４ ＮＲ 注释同源种分布统计
表 １ 注释转录本的统计情况 Ｆｉｇ. ４ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ＮＲ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ
Ｔａｂｌｅ １ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ
所注释数据库 转录本数量
Ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｄａｔａｂａｓｅ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ
ＧＯ 注释的 １７ ５３５ 个转录本中ꎬ包含生物过程
ＮＲ ２４ ７２６
ＧＯ １７ ５３５ (４９ ３１４)、细胞组分(３６ ００８)、分子功能(２１ ３６６)
ＣＯＧ １０ ８０９ ３ 大类 ５１ 个亚类ꎮ 其中ꎬ生物过程中代谢过程和
ＫＥＧＧ １０ ６６６
细胞过程占比较高ꎬ分别为 ６９.４％和 ５９.１％ꎻ细胞
ＫＯＧ １５ ２８６
组分中细胞区域和细胞占比较高ꎬ分别为 ４７.１％
Ｐｆａｍ ２０ ４５５
和 ４６.８％ꎻ分子功能中催化活性和结合功能占比
Ｓｗｉｓｓ￣Ｐｒｏｔ １７ ９１０
ｅｇｇＮＯＧ ２４ １５８
较高ꎬ分别为 ５３.３％和 ４７.８％(图 ５)ꎮ
合计 Ｔｏｔａｌ ２４ ８５７
ＣＯＧ 注释中ꎬ 一般功能预测(２０.１１％)所占比
