Page 34 - 广西植物2024年1期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｊａｎ. ２０２４ꎬ ４４(１): ３０－４２
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２３０４０６９
邓永彪ꎬ 张进ꎬ 蓝伦礼ꎬ 等ꎬ ２０２４. 珍稀濒危植物越南小花金花茶的叶绿体基因组特征分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４４(１):
３０－４２.
ＤＥＮＧ ＹＢꎬ ＺＨＡＮＧ Ｊꎬ ＬＡＮ ＬＬꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｏｆ ｅｎｄａｎｇｅｒｅｄ ａｎｄ ｒａｒｅ ｐｌａｎｔ Ｃａｍｅｌｌｉａ
ｍｉｎｉｍａ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４４(１): ３０－４２.
珍稀濒危植物越南小花金花茶的叶绿体基因组特征分析
邓永彪ꎬ 张 进ꎬ 蓝伦礼ꎬ 赵 博 ∗
( 桂林医学院 药学院ꎬ 广西 桂林 ５４１１９９ )
摘 要: 越南小花金花茶(Ｃａｍｅｌｌｉａ ｍｉｎｉｍａ) 是一种珍稀濒危的金花茶组植物ꎬ目前尚未有其叶绿体基因组
的相关研究ꎮ 该研究利用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２０００ 平台对越南小花金花茶进行了叶绿体基因组序列的测序、组
装、注释和分析ꎮ 结果表明:(１) 越南小花金花茶叶绿体基因组全长 １５６ ９６１ ｂｐꎬ为典型的四分体结构ꎬ共注
释到 １３６ 个基因ꎬ其中包含 ８７ 个蛋白编码基因、４１ 个 ｔＲＮＡ 基因和 ８ 个 ｒＲＮＡ 基因ꎮ (２) 分析鉴定出 ６６ 个
ＳＳＲ 位点和 ３９ 个重复序列ꎮ (３) 密码子偏好使用以 Ａ / Ｕ 结尾的密码子ꎬ综合有效密码数(ＥＮＣ)绘图、ＰＲ２￣
ｐｌｏｔ 和中性分析推测自然选择是影响密码子使用模式的主导因素ꎮ (４) 边界分析显示 ｙｃｆ１ 基因的长度和位
置在不同金花茶组植物间存在差异ꎮ (５) 对已发表的金花茶组植物叶绿体基因组的系统发育分析发现越
南小花金花茶与小花金花茶聚为一支ꎬ亲缘关系最近ꎮ 该研究结果为探索物种进化和提高外源基因表达提
供了重要的参考信息ꎬ同时为后续的金花茶组植物的保护和利用提供了理论基础ꎮ
关键词: 越南小花金花茶ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 特征分析ꎬ 系统发育分析ꎬ 密码子偏好性
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２４)０１￣００３０￣１３
Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｏｆ ｅｎｄａｎｇｅｒｅｄ
ａｎｄ ｒａｒｅ ｐｌａｎｔ Ｃａｍｅｌｌｉａ ｍｉｎｉｍａ
∗
ＤＥＮＧ Ｙｏｎｇｂｉａｏꎬ ＺＨＡＮＧ Ｊｉｎꎬ ＬＡＮ Ｌｕｎｌｉꎬ ＺＨＡＯ Ｂｏ
( Ｐｈａｒｍａｃｙ Ｓｃｈｏｏｌꎬ Ｇｕｉｌｉｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｇｕｉｌｉｎ ５４１１９９ꎬ Ｇｕａｎｇｘｉꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｃａｍｅｌｌｉａ ｍｉｎｉｍａꎬ ａ ｒａｒｅ ａｎｄ ｅｎｄａｎｇｅｒｅｄ ｓｐｅｃｉｅｓ ｏｆ ｓｅｃｔ. Ｃｈｒｙｓａｎｔｈａꎬ ｈａｓ ｎｏｔ ｂｅｅｎ ｐｒｅｖｉｏｕｓｌｙ ｅｘｐｌｏｒｅｄ ｉｎ
ｔｅｒｍｓ ｏｆ ｉｔｓ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ. Ｕｔｉｌｉｚｉｎｇ ｔｈｅ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２０００ ｐｌａｔｆｏｒｍꎬ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ Ｃ.
ｍｉｎｉｍａ ｗａｓ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄꎬ ａｓｓｅｍｂｌｅｄꎬ ａｎｎｏｔａｔｅｄꎬ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｅｄ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｗｅｒｅ ａｓ ｆｏｌｌｏｗｓ: (１) Ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ
ｏｆ Ｃ. ｍｉｎｉｍａ ｗａｓ １５６ ９６１ ｂｐ ｉｎ ｌｅｎｇｔｈꎬ ｅｍｂｏｄｉｅｄ ａ ｔｙｐｉｃａｌ ｔｅｔｒａｄ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎬ ａｎｄ ｃｏｎｔａｉｎｅｄ １３６ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｇｅｎｅｓꎬ
ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ８７ ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓꎬ ４１ ｔＲＮＡ ｇｅｎｅｓꎬ ａｎｄ ８ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅｓ. (２) Ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ６６ ＳＳＲ ｌｏｃｉ ａｎｄ ３９
ｒｅｐｅｔｉｔｉｖｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ. (３) Ｃｏｄｏｎｓ ｐｒｅｆｅｒｅｄ ｔｏ ｕｓｅ ｃｏｄｏｎｓ ｅｎｄｉｎｇ ｉｎ Ａ/ Ｕ. Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｃｏｄｏｎｓ
收稿日期: ２０２３－０８－１２
基金项目: 国家自然科学基金(３２０６００９０)ꎻ 广西科技基地和人才专项(桂科 ＡＤ１９１１００８９)ꎻ 广西自然科学基金(２０２１ＪＪＡ１３０１１９)ꎮ
第一作者: 邓永彪(２０００－)ꎬ硕士研究生ꎬ研究方向为中药资源ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｄｅｎｇｙｏｎｇｂｉａｏ１＠ ｇｍａｉｌ.ｃｏｍꎮ
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通信作者: 赵博ꎬ博士ꎬ教授ꎬ研究方向为药用植物资源学ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)１２２０１７０１７＠ ｇｌｍｃ.ｅｄｕ.ｃｎꎮ
