Page 68 - 《广西植物》2024年第2期

２ ７ ０ 广 西 植 物 ４４ 卷
表 １ 该文所用的引物和序列
Ｔａｂｌｅ １ Ｐｒｉｍｅｒｓ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｕｓｅｄ ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ
引物 Ｐｒｉｍｅｒ 序列 (５′－３′) Ｓｅｑｕｅｎｃｅ (５′－３′) 用途 Ｕｓａｇｅ
Ｆ: ＡＴＧＧＴＴＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＡＣＧＧＡＣＡＧＧ 基因克隆
ＧＳＴＦ１２
Ｒ: ＴＣＡＡＧＣＴＡＡＴＣＣＡＡＡＡＣＣＡＧＣＣ Ｇｅｎｅ ｃｌｏｎｅ
Ｆ: ＴＴＴＧＡＡＡＴＣＡＧＴＧＴＧＡＡＴＣＡＧＣＴＴＣ 启动子克隆
ＧＳＴＦ１２ｐｒｏ
Ｒ: ＴＧＡＧＡＡＧＡＡＧＴＧＡＧＡＧＴＡＧＡＴＧＴＧＴ Ｐｒｏｍｏｔｅｒ ｃｌｏｎｅ
Ｆ: ＣＴＣＡＡＡＧＴＧＡＡＧＣＴＣＧＧＧＧＴ 荧光定量 ＰＣＲ
ｑ￣ＧＳＴＦ１２
Ｒ: ＣＧＴＡＡＣＣＴＣＴＴＣＣＣＡＣＣＡＣＣ Ｒｅａｌ￣ｔｉｍｅ ＰＣＲ
Ｆ: ＣＡＴＣＣＴＣＣＧＴＣＴＣＧＡＣＣＴＴＧ 荧光定量 ＰＣＲ 内参基因
Ａｃｔｉｎ２
Ｒ: ＡＧＴＣＣＡＣＡＧＣＧＡＣＡＡＡＧＧＡＧ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ｇｅｎｅ ｏｆ ｒｅａｌ￣ｔｉｍｅ ＰＣＲ

表 ２ 该文所用的软件及网址
Ｔａｂｌｅ ２ Ｓｏｆｔｗａｒｅ ａｎｄ ｗｅｂｓｉｔｅｓ ｕｓｅｄ ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ

软件 Ｓｏｆｔｗａｒｅ 网址 Ｗｅｂｓｉｔｅ 用途 Ｕｓａｇｅ
理化特性分析
ＥｘＰＡＳＹ ＰｒｏｔＳｃａｌｅ ｈｔｔｐｓ: / / ｗｅｂ.ｅｘｐａｓｙ.ｏｒｇ /
Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｈｙｓｉｃｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ
亚细胞定位
Ｐｌａｎｔ￣ＰＬｏｃ ｓｅｒｖｅｒ ｗｗｗ.ｃｓｂｉｏ.ｓｊｔｕ.ｅｄｕ.ｃｎ / ｂｉｏｉｎｆ/ ｐｌａｎｔ/
Ｓｕｂ￣ｃｅｌｌｕｌａｒ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ
跨膜结构分析
ＴＭＨＭＭ Ｓｅｒｖｅｒ ２.０ ｈｔｔｐｓ: / / ｓｅｖｉｃｅｓ.ｈｅａｌｔｈｔｅｃｈ.ｄｔｕ.ｄｋ / ｓｅｒｖｉｃｅｓ/ ＴＭＨＭＭ￣２.０ /
Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ
磷酸化位点分析
ＮｅｔＰｈｏｓ ３.１ ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ.ｃｂｓ.ｄｔｕｄｋ / ｓｅｒｖｉｃｅｓ/ ＮｅｔＰｈｏｓ/
Ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ ｓｉｔｅ ａｎａｌｙｓｉｓ
蛋白质信号肽预测
ＳｉｇｎａｌＰ ５.０ ｈｔｔｐｓ: / / ｓｅｖｉｃｅｓ.ｈｅａｌｔｈｔｅｃｈ.ｄｔｕ.ｄｋ / ｓｅｒｖｉｃｅｓ/ ＳｉｇｎａｌＰ￣５.０ /
Ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｉｇｎａｌ ｐｅｐｔｉｄｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ
蛋白质三级结构
ＳＷＩＳＳ￣ＭＯＤＥＬ ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ.ｓｗｉｓｓｍｏｄｅ.ｅｘｐａｓｙ.ｏｒｇ /
Ｔｈｒｅｅ￣ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ
保守基序分析
ＭＥＭＥ ｈｔｔｐ: / / ｍｅｍｅ￣ｓｕｉｔｅ.ｏｒｇ / ｍｅｍｅ /
Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｍｏｔｉｆ ａｎａｌｙｓｉｓ
保守结构域分析
ＳＭＡＲＴ ｈｔｔｐ: / / ｓｍａｒｔ.ｅｍｂｌ￣ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ.ｄｅ /
Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｄｏｍａｉｎｓ ａｎａｌｙｓｉｓ
蛋白互作分析
ＳＴＲＩＮＧ ｈｔｔｐｓ: / / ｓｔｒｉｎｇ￣ｄｂ.ｏｒｇ /
Ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ
顺式作用元件分析
Ｐｌａｎｔｃａｒｅ ｈｔｔｐ: / / ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ.ｐｓｂ.ｕｇｅｎｔ.ｂｅ / ｗｅｂｔｏｏｌｓ/ ｐｌａｎｔｃａｒｅ / ｈｔｍｌ/
Ｃｉｓ￣ａｃｔｉｎｇ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｅｌｅｍｅｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓ
顺式作用元件可视化
ＴＢｔｏｏｌｓ Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０
Ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｉｓ￣ａｃｔｉｎｇ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｅｌｅｍｅｎｔｓ

Ｆ / Ｒ 为引物ꎬ克隆芥菜 ＢｊＧＳＴＦ１２ 基因ꎮ 经过 ＰＣＲ 片段 与 甘 蓝 型 油 菜 ＢｎＧＳＴＦ１２ ( Ｂ. ｎａｐｕｓꎬ ＸＭ ＿
扩展ꎬ获得目的条带如图 １ 所示ꎮ 测序结果显示ꎬ ０１３７９４３５１)、 白菜(Ｂｒａｓｓｉｃａ ｒａｐａꎬＸＭ＿００９１２７９２２.３)、
芥菜 ＢｊＧＳＴＦ１２ 基因的基因组序列和开放阅读框 拟 南 芥 ＡｔＧＳＴＦ１２ ( Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａꎬ ＮＭ ＿
序列分别为 ８０８、６５１ ｂｐꎮ １２１７２８.４)核苷酸序列的同源性分别为 ９４％、９４％
利用 Ｇｅｎｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｄｉｓｐｌａｙ Ｓｅｒｖｅｒ ２.０ 软件绘制 和 ８８％ꎮ 因此ꎬ将该芥菜基因命名为 ＢｊＧＳＴＦ１２ꎮ
芥菜 ＢｊＧＳＴＦ１２ 基 因 结 构 图ꎮ 由 图 ２ 可 知ꎬ 芥 菜 ２.２ 芥菜 ＢｊＧＳＴＦ１２ 蛋白序列的生物信息学分析
ＢｊＧＳＴＦ１２ 基因序列中包含 ２ 个内含子ꎬ内含子序列 利用 ＰｒｏｔＰａｒａｍ 对芥菜 ＢｊＧＳＴＦ１２ 基因编码氨
分别 在 １４８ ~ ２３２ ｂｐ、 ２８２ ~ ３５３ ｂｐ 之 间ꎮ 芥 菜 基酸序列进行分析发现ꎬ芥菜 ＢｊＧＳＴＦ１２ 基因编码
ＢｊＧＳＴＦ１２ 基因全长 ＣＤＳ 序列为 ６５１ ｂｐꎬ编码 ２１６ 个 ２１６ 个氨基酸ꎬ分子量为 ２４.８０ ｋＤａꎬ原子组成为
氨基酸ꎮ 通过 ＢＬＡＳＴ 在线比对ꎬ芥菜 ＧＳＴＦ１２ 基因 Ｃ １１２１ Ｈ １７６５ Ｎ ２９７ Ｏ ３１３ Ｓ ꎬ主要由亮氨酸( Ｌｅｕꎬ１１.６％)、
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