Page 177 - 《广西植物》2025年第3期

３ 期 蒋凯等: 叶绿体序列和核微卫星显示同域分布润楠属物种杂交严重 ５ ５ ７

物种间分支在系统进化树上的支持率仍不高ꎮ 这 物气 候 因 子 数 据ꎮ 使 用 ＥＮＭｔｏｏｌｓ ｖ １. ３ 软 件
些研究结果显示ꎬ润楠属种间关系不明晰ꎬ其属下 (Ｗａｒｒｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０)排除高度相关的生物气候变
物种系统进化关系复杂ꎬ还需要深入探讨这一现 量(ｒ>０.７)ꎬ最终保留了 ４ 个气候变量( Ｂｉｏ１、Ｂｉｏ３、

象产生的原因ꎮ Ｂｉｏ１６ 和 Ｂｉｏ１９)ꎮ 我们进行 ２０ 次独立的模型交叉
造成润楠属系统进化关系复杂、物种难以界 验证ꎬ其中 ７５％的数据用于训练ꎬ剩余 ２５％用于测
定的原因:可能是该属起源较晚ꎬ物种间尚未形成 试ꎮ 采用特征曲线下 面 积 ( ａｒｅａ ｕｎｄｅｒ ｔｈｅ ｃｕｒｖｅꎬ
明显的系统进化关系ꎻ也可能是因这个属种间杂 ＡＵＣ)评估模型性能(Ｅｌｉｔｈ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１)ꎮ
交非常严重而导致种间形态特征相似、遗传关系 １.３ ＤＮＡ 提取和 ＰＣＲ 扩增

不稳(Ｒｏｈｗｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９)ꎮ 因此ꎬ本研究使用 ７２ 称取硅胶干燥的叶片样品约 ３５ ｍｇꎬ使用天根
个叶绿体 ＤＮＡ 序列片段和 １０ 对基于红楠基因组 植物基因 组 提 取 试 剂 盒 [ ＤＰ３０５ꎬ 天 根 生 化 科 技
开发出的核微卫星位点分析同域分布的润楠属物 (北京)有限公司] 提取基因组总 ＤＮＡꎮ 润楠属植
种ꎬ以期了解这些物种间的进化关系ꎬ初步分析不 物多糖多酚含量较高ꎬ采用氯仿抽提 ２ 次以去除
同标记在润楠属分类中的适用性ꎬ并探讨造成润 杂质和提高 ＤＮＡ 质量ꎮ 于 ４ ℃ 冰箱静置 １ ｄ 降解
楠属种间系统分类困难的可能原因ꎮ ＲＮＡꎬ吸取 ３ μＬ ＤＮＡ 原液ꎬ用 ０.８％琼脂糖凝胶电
泳进行质量检测ꎮ 根据红楠叶绿体基因组的长单
１ 材料与方法 拷贝区序列ꎬ设计了 ７２ 对引物ꎬ用于润楠属 １２ 个
物 种 的 叶 绿 体 ＤＮＡ 扩 增 和 测 序ꎮ 使 用
１.１ 研究地点和样品采集 Ｍａｓｔｅｒｃｙｃｌｅｒ ｎｅｘｕｓ ＰＣＲ 扩 增 仪 ( Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆꎬ
我们主要以同域分布的润楠属物种作为研究 Ｈａｍｂｕｒｇꎬ Ｇｅｒｍａｎｙ)进行 ＰＣＲ 扩增ꎮ 将扩增条带
对象ꎬ从分布于广西壮族自治区、广东省和湖南省 清晰且长度与设计的目标片段大小相同的 ＰＣＲ 扩
的润楠属植物中选取了 １２ 个分布区重叠的物种 增产物ꎬ送生工生物工程( 上海) 股份有限公司进
用于本研究ꎮ 不同物种之间的地理位置距离 ５ ~ 行双向测序ꎮ
４５０ ｋｍ 不等(图 １)ꎮ 这 １２ 个物种分别是华润楠、 根据发表的红楠微卫星引物( Ｋａｎｅｋｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ
基 脉 润 楠 ( Ｍ. ｄｅｃｕｒｓｉｎｅｒｖｉｓ )、 建 润 楠 ( Ｍ. ２０１２)ꎬ随机选取 １８ 对微卫星引物序列ꎬ交由生工
ｏｒｅｏｐｈｉｌａ)、 狭 叶 润 楠 ( Ｍ. ｒｅｈｄｅｒｉ )、 琼 桂 润 楠 生物工程(上海)股份有限公司合成ꎮ 每对引物使
(Ｍ. ｆｏｏｎｃｈｅｗｉｉ)、短序润楠( Ｍ. ｂｒｅｖｉｆｌｏｒａ)、粗壮润 用 ２ 个不同红楠种群个体的基因组 ＤＮＡ 进行温度
楠(Ｍ. ｒｏｂｕｓｔａ)、薄叶润楠(Ｍ. ｌｅｐｔｏｐｈｙｌｌａ)、黄绒润 梯度 扩 增ꎬ 以 优 化 最 适 退 火 温 度ꎮ ＰＣＲ 产 物 经
楠、黔桂 润 楠 ( Ｍ. ｃｈｉｅｎｋｗｅｉｅｎｓｉｓ)、 红 楠 和 刨 花 润 １.５％琼脂糖凝胶电泳ꎬ在 Ｇｅｌ Ｄｏｃ２０００ＴＭ 凝胶成
楠ꎮ 它们分属于润楠属 ５ 个组ꎬ即毛花组 ６ 个物 像系统( Ｂｉｏ￣ＲＡＤꎬ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａꎬ ＵＳＡ) 上拍照记录ꎮ
种、光花组 ３ 个物种、大果组 １ 个物种、绒毛组和 通过温度梯度的方法ꎬ我们从 １８ 对引物中共筛选
滇黔桂组各 １ 个物种ꎮ 每个物种至少采集 １ 份植 出 １０ 对条带清晰且稳定性好的引物用于后续研
物标本ꎬ样品用硅胶干燥处理ꎬ并保存于上海辰山 究(Ｊｉａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１)ꎮ 使用这 １０ 对引物对润楠

植物标本馆中ꎮ 属 １２ 个物种的种群样品进行扩增ꎬ每个种群扩增
１.２ 同域分布润楠属物种的潜在分布区模拟 １１ ~ ２８ 个样品ꎮ 扩增产物送生工生物工程( 上海)
为预测 １２ 个润楠属植物的潜在分布区ꎬ使用 股份有限公司用 Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ＴＭ ３７３０ＸＬ 仪器
ＭａｘＥｎｔ ｖ.３.３.１ 软件(Ｐｈｉｌｌｉｐｓ ＆ Ｄｕｄíｋꎬ ２００８) 中的 (Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒꎬ ｔｈｅ ＵＳＡ) 进行片段扫描ꎬ获得样
最大熵方法来模拟当前的分布ꎮ 从科学引文索引 品 的 原 始 片 段 长 度 数 据ꎮ 随 后ꎬ 我 们 使 用
数据库、中国国家知识基础设施、全球生物多样性 ＧｅｎｅＭａｒｋｅｒ 软件(Ｈｏｌｌａｎｄ ＆ Ｐａｒｓｏｎꎬ ２０１１) 对片段
信息设施和中国虚拟植物标本馆进行搜索ꎬ获得 长度数据进行读取和判定ꎬ确定个体的基因型ꎮ
了 １２ 个润楠属物种的分布记录ꎮ 排除明显超出 １.４ 叶绿体基因组序列数据分析
自然分布范围的记录ꎬ并移除同一个物种中相近 １.４.１ 序列拼接及校正 使用 Ｇｅｎｅｉｏｕｓ Ｒ１１ 软件
(４８ ｋｍ 以 内) 的 记 录 点ꎮ 从 ＷｏｒｌｄＣｌｉｍ 数 据 库 (ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ.ｇｅｎｅｉｏｕｓ.ｃｏｍ) 读取测序获得的原始
(ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ.ｗｏｒｌｄｃｌｉｍ. ｏｒｇ / ) 中提取当前 １９ 个生 序列峰图ꎬ并对序列进行拼接、 手工校正序列存在