Page 111 - 《广西植物》2025年第4期

４ 期 行冰楠等: 不同来源广藿香叶绿体基因组研究 ７ ２ ５

２.６ 多样性位点分析 相似度高ꎮ 编码区的可变位点多于非编码区ꎬＬＳＣ
利用 ＤｎａＳＰ ｖ６.１２.０３ 软件计算 ２０ 个广藿香叶 区、ＳＳＣ 区的变异比 ＩＲ 区域的分歧更大ꎮ 核酸多
绿体基因组的核酸多样性水平ꎮ 共调查了１５２ ７６５ 样性大于 ０.００２ 的位点位于 ｔｒｎＭ￣ＣＡＵ－ａｔｐＢ 间隔
个位点ꎬ其中总共包括 ７６０ 个多样性位点ꎮ Ｐ 值 区、ｙｃｆ４、ｒｐｌ３２、ｒｐｌ３２ － ｔｒｎＬ￣ＵＡＣ 间隔区( 图 ６)ꎬ或
ｉ
范围为 ０ ~ ０.００２ ８３ꎬ平均值为 ０.０００ ３９５ ９４７ꎬ序列 可用于广藿香栽培类型的鉴定ꎮ

图 ５ 广藿香叶绿体基因组共线性图
Ｆｉｇ. ５ Ｃｏｌｌｉｎｅａｒ ｄｉａｇｒａｍ ｏｆ Ｐｏｇｏｓｔｅｍｏｎ ｃａｂｌｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ

窗口长度为 ６００ ｂｐꎬ步长为 ２００ ｂｐꎮ
Ｔｈｅ ｗｉｎｄｏｗ ｌｅｎｇｔｈ ｉｓ ６００ ｂｐꎬ ｔｈｅ ｓｔｅｐ ｓｉｚｅ ｉｓ ２００ ｂｐ.
图 ６ ２０ 个完整广藿香叶绿体基因组的滑动窗口分析
Ｆｉｇ. ６ Ｓｌｉｄｉｎｇ ｗｉｎｄｏｗ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ２０ ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ｐｏｇｏｓｔｅｍｏｎ ｃａｂｌｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ

２.７ 同义密码子相对使用度分析 ２.８ 遗传距离分析
广藿香叶绿体基因组密码子 ＲＳＣＵ 值的统计 使用 ＭＥＧＡ Ｘ 计算 ２０ 个广藿香叶绿体基因组
结果显示ꎬ共有 ６４ 种密码子编码 ２０ 个氨基酸( 终 的遗传距离ꎬ平均遗传距离为 ０.０００ ２４４ １４２ꎬ仅 ＧＳＹ＿
止子不编码氨基酸)ꎬ以 ＲＳＣＵ 大于 １.０ 为标准ꎬ获 ＭＬＸＹ 与其 他 叶 绿 体 基 因 组 的 成 对 遗 传 距 离 为
得偏好性较强的密码子有 ３３ 个ꎬ其中以 Ａ / Ｕ 结尾 ０.００３ ９７５ꎬ大于平均遗传距离ꎬ其余均为 ０(表 ４)ꎮ
的密码子占大多数( 图 ７)ꎬ表明广藿香叶绿体基 ２.９ 系统发育分析
因组主要偏好第三位碱基为 Ａ 或 Ｕ 的密码子ꎬ然 使用 Ｉｑｔｒｅｅ ｖ２.２.０.３ꎬ以唇形科植物荆芥的叶
而这些密码子的 ＲＳＣＵ 均小于 ２.０ꎬ说明基因组中 绿体基因组为外类群建立 ＭＬ 树ꎮ Ｐ７、ＹＦ２、ＧＺＹ、
不存在极强偏好性的密码子ꎮ ＺＱＸＹ、 ＺＱＺＣ、ＹＣ、ＳＸ、ＧＳＹ＿ＧＹ、ＧＳＹ＿ＹＣ、Ｐ１、Ｐ３、