Page 114 - 《广西植物》2025年第4期

７ ２ ８ 广 西 植 物 ４５ 卷
ＬＳＣ 的长度(８３ ５５３ ~ ８３ ５５４ ｂｐ) 也有较大差别ꎮ 准确的变异信息(ＳＮＰ、Ｉｎｄｅｌ、ＣＮＶ、ＰＡＶ 等) ( Ｊｉａ ｅｔ
ＩＲ / ＳＣ 边界仅 ＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 与其他叶绿体基因组存 ａｌ.ꎬ ２０２４)ꎮ 因此ꎬ未来泛基因组将逐渐取代单一
在 ２ ｂｐ 的收缩或扩增ꎮ 本研究发现ꎬｒｐｓ１６ －ｔｒｎＱ￣ 参考基因组ꎬ成为研究动植物进化、选择、基因功
ＵＵＧ 等 ９ 个间区为高变区ꎬ核酸多样性大于 ０.００２ 能和育种的“新标准”ꎮ 本研究为后续泛基因组在
的位点位于 ｔｒｎＭ￣ＣＡＵ－ａｔｐＢ 间隔区、ｙｃｆ４ 等 ４ 个位 广藿香中的应用提供了相关数据基础ꎮ
置ꎬ除 ＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 以外ꎬＰ１ 等和 Ｐ７ 等叶绿体基因
组序列相比对ꎬ仅 ｙｃｆ３－ｔｒｎＳ￣ＧＧＡ 间隔区存在差异
位点ꎮ 这些差异位点可进一步结合核基因、线粒 参考文献:
体基因组进行分析ꎬ获得广藿香物种鉴定有效的
ＢＥＩＥＲ Ｓꎬ ＴＨＩＥＬ Ｔꎬ ＭＵＮＣＨ Ｔꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７. ＭＩＳＡ￣ｗｅｂ: Ａ
分子标记位点ꎮ ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ｆｏｒ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ [Ｊ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ
３.３ 不同来源广藿香叶绿体基因组的亲缘关系 ３３(１６): ２５８３－２５８５.
遗传距离分析与系统发育分析结果表明ꎬ仅 ＢＡＲＲＩＮＧＴＯＮ ＣＬꎬ ＧＡＬＩＮＤＯ Ｇꎬ ＫＯＣＨ ＡＬꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ
２０２３. Ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｒｅｇｕｌａｔｅｓ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ
ＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 与其他来源广藿香的亲缘关系较远ꎬ
[Ｊ]. Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓꎬ ４２(１２): １１３４１３.
回顾前面的结构特征和差异分析ꎬＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 的
ＢＥＩ ＬＸꎬ ＨＥ Ｃꎬ ＬＩＵ ＪＪꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ｇｅｎｏｍｅ￣ｗｉｄｅ
叶绿体基因组序列与其他来源广藿香存在明显差
ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｍａｒｋｅｒｓ ｉｎ
异ꎬ这可能是由于 ＧＳＹ＿ＭＬＸＹ 来源于马来西亚ꎬ与
Ｂａｃｔｒｉａｎ Ｃａｍｅｌ [Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ １１５(６): １１０７２６.
国内广藿香存在地理隔离ꎮ 此外ꎬ其亲缘关系较 ＣＨＥＮ ＹＸꎬ ＣＨＥＮ ＹＳꎬ ＳＨＩ ＣＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８. ＳＯＡＰｎｕｋｅ: Ａ
远可能与其生长环境、遗传背景以及物种演化等 ＭａｐＲｅｄｕｃｅ ａｃｃｅｌｅｒａｔｉｏｎ￣ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｆｏｒ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ
ｑｕａｌｉｔｙ ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ ｐｒｅｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｏｆ ｈｉｇｈ￣ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ
多个因素也有关ꎮ 首先ꎬ广藿香原产于马来西亚ꎬ
并在东南亚国家、西印度群岛和巴拉圭等地广泛 ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ [Ｊ]. Ｇｉｇａｓｃｉｅｎｃｅꎬ ７(１): １－６.
Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｐｏｅｉａ Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎꎬ ２０２０. Ｐｈａｒｍａｃｏｐｏｅｉａ ｏｆ
种植ꎮ 这些地区的气候、土壤等环境因素可能与
ｔｈｅ Ｐｅｏｐｌｅｓ Ｒｅｐｕｂｌｉｃ ｏｆ Ｃｈｉｎａ: Ｐａｒｔ １ [Ｍ]. Ｂｅｉｊｉｎｇ: Ｃｈｉｎａ
国内存在显著差异ꎬ导致广藿香在不同地理环境 Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｎｏｌｏｇｙ Ｐｒｅｓｓ: ４６－４７. [国家药典委
下的遗传变异和适应性演化ꎮ 其次ꎬ广藿香作为 员会ꎬ ２０２０. 中华人民共和国药典: 一部 [Ｍ]. 北京: 中
一种植物ꎬ不同地区的广藿香可能存在着不同的 国医药科技出版社: ４６－４７.]
遗传变异和基因交流情况ꎬ这些差异可能导致它 ＤＯＢＲＯＧＯＪＳＫＩ Ｊꎬ ＡＤＡＭＩＥＣ Ｍꎬ ＬＵＣＩＳＫＩ Ｒꎬ ２０２０. Ｔｈｅ
们在遗传上的距离较远ꎮ 最后ꎬ在漫长的演化过 ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ: Ａ ｒｅｖｉｅｗ [ Ｊ ]. Ａｃｔａ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉａｅ
Ｐｌａｎｔａｒｕｍꎬ ４２(６): ９８.
程中ꎬ广藿香可能经历了多种自然选择和人工选
ＤＡＲＬＩＮＧ ＡＣＥꎬ ＭＡＵ Ｂꎬ ＢＬＡＴＴＮＥＲ ＦＲꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４.
择的压力ꎬ这些压力可能导致其在不同地区的种
Ｍａｕｖｅ: Ｍｕｌｔｉｐｌｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｏｆ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｇｅｎｏｍｉｃ ｓｅｑｕｅｎｃｅ
群发生分化ꎬ进而形成不同的亚种或变种ꎬ这些亚 ｗｉｔｈ ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔｓ [ Ｊ ]. Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈꎬ １４(７):
种或变种之间的亲缘关系可能较远ꎮ 总而言之ꎬ １３９４－１４０３.
马来西亚广藿香与国内广藿香亲缘关系较远的原 ＤＡＮＡ Ａꎬ ＴＵＬＬＥＲ Ｔꎬ ２０１４. Ｔｈｅ ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｔＲＮＡ ｌｅｖｅｌｓ ｏｎ
因是多方面的ꎬ包括生长环境、遗传背景以及物种 ｄｅｃｏｄｉｎｇ ｔｉｍｅｓ ｏｆ ｍＲＮＡ ｃｏｄｏｎｓ [ Ｊ ]. Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ
演化等多个因素的综合作用ꎮ 国内的广藿香大多 Ｒｅｓｅａｒｃｈꎬ ４２(１４): ９１７１－９１８１.
ＦＲＡＺＥＲ ＫＡꎬ ＰＡＣＨＴＥＲ Ｌꎬ ＰＯＬＩＡＫＯＶ Ａꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４.
为无性繁殖ꎬ这也可能是其遗传物质多样性退化
ＶＩＳＴＡ: Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃｓ
的原因之一ꎮ 这些发现可为区分马来西亚来源的
[Ｊ]. Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈꎬ ３２ ( Ｗｅｂ Ｓｅｒｖｅｒ Ｉｓｓｕｅ):
广藿香与其他来源广藿香提供参考依据ꎮ 除 ＧＳＹ＿ Ｗ２７３－Ｗ２７９.
ＭＬＸＹ 以外ꎬＰ１ 等和 Ｐ７ 等亲缘关系较近ꎬ支持率 ＧＵ Ｙꎬ ＭＥＩ Ｙꎬ ＸＵ ＳＱꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｏｎ
较低ꎬ难以区分ꎬ可能是亲缘关系密切的种或变种 ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ａｎｄ ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｏｆ
Ｐｏａｏｓｔｅｍｏｎ ｃａｂｌｉｎ [Ｊ]. Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｒｏｐｉｃａｌ Ｃｒｏｐｓꎬ
之间在叶绿体特定基因上通常变异较小ꎮ
４３(８): １５９５－１６０３. [顾艳ꎬ 梅瑜ꎬ 徐世强ꎬ 等ꎬ ２０２２. 广
单一依靠叶绿体基因组反映物种完整的遗传
藿香种质资源及栽培技术研究进展 [Ｊ]. 热带作物学报ꎬ
变异情况较为有限( 向坤莉等ꎬ２０２１)ꎮ 对核心基
４３(８): １５９５－１６０３.]
因和非核心基因的泛基因组的进一步研究有助于 ＧＵＯ Ｓꎬ ＬＩＡＯ ＸＪꎬ ＣＨＥＮ ＳＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. Ａ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ
了解完整的物种遗传变异情况ꎬ得到物种更全面 ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｆｏｕｒ Ｐｏｌｙｇｏｎｕｍ