Page 119 - 《广西植物》2025年第4期

４ 期 李金梅等: 基于 ＳＬＡＦ￣ｓｅｑ 的广西八角种质资源遗传多样性分析 ７ ３ ３

表 １ ５３ 份八角地方居群样本基本信息
Ｔａｂｌｅ １ Ｂａｓｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ５３ Ｉｌｌｉｃｉｕｍ ｖｅｒｕｍ ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ
样本编号 采集地或引种地 分组 经纬度 样本数
Ｓａｍｐｌｅ ｎｕｍｂｅｒ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｒ ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｐｌａｃｅ Ｇｒｏｕｐ Ｌｏｎｇｉｔｕｄｅ ａｎｄ ｌａｔｉｔｕｄｅ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｓａｍｐｌｅｓ
ＱＺＰＢ１－７ ＰＢ ＧＳ １０９°３７′９８″ Ｅ、 ２２°１８′２７″ Ｎ ７

ＦＣＧ１－１０ ＦＣＧ ＧＳ １０２°２８′７４″ Ｅ、 ２１°６８′１０″ Ｎ １０
ＮＮＳＬ１－８ ＳＬ ＧＭ １０８°６０′８４″ Ｅ、 ２３°４３′７１″ Ｎ ８
ＨＣＦＳ１－８ ＦＳ ＧＷ １０７°０３′０４″ Ｅ、 ２４°５３′８０″ Ｎ ８
ＢＳ１－８ ＢＳ ＧＷ １０５°８４′８４″ Ｅ、 ２３°２６′７２″ Ｎ ８
ＧＬ１－６ ＧＬ ＧＮ １１０°２８′１４″ Ｅ、 ２５°０７′７４″ Ｎ ６
ＷＺＴＸ１－６ ＴＸ ＧＥ １１０°８９′５９″ Ｅ、 ２３°６８′２２″ Ｎ ６

ＧＡＴＫ 软件进行局部重比对ꎮ 为确保变异检测结 的测序数据测序质量高ꎬ测序结果可靠ꎬ满足后续
果准确ꎬ使用 ｓａｍｔｏｏｌｓ 和 ＧＡＴＫ 进行检测ꎬ获取一 分析需要ꎮ
致性 ＳＮＰ 位点(完整性>０.８ 和 ＭＡＦ>０.０５)进行后 ２.２ ＳＬＡＦ 标签和 ＳＮＰ 统计

续分析ꎮ 通过生物信息学分析ꎬ从 ９５ 份八角种质资源
１.５ 数据分析 中获得了 ６４３ ６９０ 个 ＳＬＡＦ 标签( 平均测序深度为
通过数据挖掘和 ＳＮＰ 检出后ꎬ将 ＳＮＰｓ 信息用 ９.７１Ｘ)ꎬ其中有 ７４ ４３４ 个为多态性 ＳＬＡＦ 标签ꎬ产
于遗传进化分析ꎮ 使用 ＭＥＧＡ Ｘ 软件和邻接算法 生了 ２ ６９０ ５６４ 个群体 ＳＮＰꎮ 这些 ＳＮＰ 的完整度

(Ｋｉｍｕｒａ ２￣ｐａｒａｍｅｔｅｒ 模型ꎬ１ ０００ 次 ｂｏｏｔｓｔｒａｐ 重复) 最高为 ４７. ６７％ꎬ最 低 为 １４. ３３％ꎬ 平 均 完 整 度 为
构建系统发育树ꎮ 基于最大似然法和 Ｋ 值范围为 ２９.３５％ꎻ杂合率最高为 ７.７８％ꎬ最低为 ２.０６％ꎬ平
１ ~ １０ꎬ使用 Ａｄｍｉｘｔｕｒｅ 软件进行群体结构分析ꎬ并 均杂合率为 ４.４６％( 表 ２)ꎮ 为研究不同八角种质
分析 Ｋ 值 的 交 叉 验 证 误 差 率ꎮ 使 用 聚 类 软 件 间遗传关系ꎬ基于上述群体 ＳＮＰ 结果ꎬ筛选出了
ＥＩＧＥＮＳＯＦＴ 对 ９５ 份 八 角 材 料 进 行 主 成 分 分 析 ２２９ ０１７ 个高质量 ＳＮＰ 标记ꎮ
(ｐｒｉｎｃｉｐａｌ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓꎬＰＣＡ)ꎮ 遗传多样性 ２.３ 主成分分析和系统发育分析
分析根据每个居群的 ＳＮＰ 信息ꎬ利用百迈客生物 为明确广西不同地区八角居群样本以及经过

科技有限公司编写好的 ｐｅｒｌ 脚本进行计算ꎮ 人工筛选的优良种质之间的亲缘进化关系ꎬ本研
究基于筛选出的高度一致性的有效 ＳＮＰ 变异位
２ 结果与分析 点ꎬ对 ９５ 份八角种质进行了主成分分析( ＰＣＡ) 和
系统发育分析ꎮ 如图 １ 所示ꎬＰＣＡ 分析将 ９５ 份八
２.１ 酶切方案评估和测序结果 角种质分为 ２ 个类群( 类群Ⅰ和类群Ⅱ)ꎬＰＣ１ 和
鉴于目前尚无八角的参考基因组ꎬ本研究选 ＰＣ２ 的积累方差贡献率为 ８.４９％ꎮ 类群 Ｉ 中的样

择了与八角亲缘关系较近的鹅掌楸基因组( Ｃｈｅｎ 本材料为桂北、桂西及部分桂中部地区八角居群
ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９)作为参考ꎮ 根据电子酶切预测ꎬ选择 样本ꎬ分布于主成分坐标轴的右侧ꎬ并且这些样本
了限制性内切酶 ＨａｅⅢ和 ＨｉｎＣⅡꎬ并确定酶切片 的分布较为聚拢ꎻ类群Ⅱ中的样本材料为桂南、桂
段的长度为 ３６４ ~ ４６４ ｂｐꎬ以此 作 为 ＳＬＡＦ 标 签ꎮ 东和部分桂中部地区八角居群样本ꎬ以及 ４２ 份经
为了评估测序数据的质量ꎬ将 ９５ 个八角个体的测 过人工筛选的优良种质ꎬ分布于主成分坐标轴的
序数据 ( Ｒｅａｄｓ 数 量、 ＧＣ 含 量 和 Ｑ ) 进 行 统 计ꎮ 左侧ꎮ 相较于类群Ⅰꎬ类群Ⅱ的样本在 ＰＣＡ 分布
３０
统计结果显示ꎬ从 ９５ 份测序样品中共获得 １ ５８８ 空间上表现出较为分离的趋势ꎬ表明该类群八角
Ｍｂ Ｒｅａｄｓ 数据ꎬ测序 Ｑ 范围为 ８８.９７％ ~ ９６.６２％ꎬ 种质来源多样ꎬ遗传多样性较高ꎮ
３０
平均 Ｑ 为 ９２.８８％ꎬＧＣ 范围为 ４３.２２％ ~ ４５.６１％ꎬ 与 ＰＣＡ 分析结果类似ꎬ系统进化树( 图 ２) 分
３０
平均 ＧＣ 含量为 ４４.２９％ꎮ 综上表明ꎬ本研究获得 析将 ９５ 份八角种质分成 ２ 大类群: 类群Ⅰ为来源