Page 117 - 《广西植物》2025年第7期

７ 期 才让扎西等: 苦豆子叶绿体基因组密码子偏好性分析及系统发育研究 １ ３ ０ ９

紫色条带代表 ９５％最高后验密度区间 (９５％ ＨＰＤ)ꎮ
Ｐｕｒｐｌｅ ｂａｒｓ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ ９５％ ｈｉｇｈ ｐｏｓｔｅｒｉｏｒ ｄｅｎｓｉｔｙ.
图 １１ 基于豆科 １２ 个物种单拷贝直系同源基因系统发育树的分歧时间估计
Ｆｉｇ. １１ Ｄｉｖｅｒｇｅｎｃｅ ｔｉｍｅ ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ ｏｆ １２ Ｆａｂａｃｅａｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ｏｆ ｓｉｎｇｌｅ￣ｃｏｐｙ ｏｒｔｈｏｌｏｇ

Ｇｅｎｅｔｉｃｓꎬ １１４(４): ６０９－６１８.
４ 结论 ＢＥＩＥＲ Ｓꎬ ＴＨＩＥＬ Ｔꎬ ＭＵＮＣＨ Ｔꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７. ＭＩＳＡ￣ｗｅｂ: Ａ
ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ｆｏｒ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ [Ｊ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ
３３(１６): ２５８３－２５８５.
苦豆子叶绿体基因组共编码 １２９ 个基因ꎬ包
ＣＡＰＥＬＬＡ￣ＧＵＴＩÉＲＲＥＺ Ｓꎬ ＳＩＬＬＡ￣ＭＡＲＴÍＮＥＺ ＪＭꎬ ＧＡＢＡＬＤÓＮ
括蛋白编码基因 ８４ 个、ｔＲＮＡ 基因 ３７ 个、ｒＲＮＡ 基
Ｔꎬ ２００９. ｔｒｉｍＡｌ: Ａ ｔｏｏｌ ｆｏｒ ａｕｔｏｍａｔｅｄ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｔｒｉｍｍｉｎｇ ｉｎ
因 ８ 个ꎬ其中 ｙｃｆ２ 基因受正向选择ꎻＳＳＲ 主要分布
ｌａｒｇｅ￣ｓｃａｌｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ [ Ｊ ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ ２５
在 ＩＧＳ 区(６６％)ꎬ以单核苷酸( Ａ / Ｔ) 重复类型为 (１５): １９７２－１９７３.
主(８１.９２％)ꎻ最优密码子有 ２１ 个ꎬ均以 Ａ / Ｕ 结 ＣＡＴＴＯＬＩＣＯ ＲＡꎬ １９８６. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｉｎ ａｌｇａｅ ａｎｄ ｌａｎｄ
尾ꎬ符合双子叶植物偏好性特点ꎬ这种偏好性的形 ｐｌａｎｔｓ [Ｊ]. Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｅｃｏｌｏｇｙ ＆ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ １(３): ６４－６７.
成可能受突变与自然选择的共同作用ꎻ苦豆子与 ＣＨＡＫＲＡＢＯＲＴＹ Ｓꎬ ＹＥＮＧＫＨＯＭ Ｓꎬ ＵＤＤＩＮ Ａꎬ ２０２０.
Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｅｓ ｉｎ Ｏｒｙｚａ
砂生槐和白刺花构成的分支亲缘关系最近ꎻ以叶
ｓｐｅｃｉｅｓ: Ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｅｓ ｉｎ Ｏｒｙｚａ ｓｐｅｃｉｅｓ
绿体 基 因 组 为 参 考 估 计 出 的 苦 豆 子 分 化 时 间
[Ｊ]. Ｐｌａｎｔａꎬ ２５２(４): ６７.
(８.０５ Ｍｙａ) 小于以单拷贝直系同源基因为参考 ＣＨＥＮ ＳＦꎬ ＺＨＯＵ ＹＱꎬ ＣＨＥＮ ＹＲꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８. Ｆａｓｔｐ: Ａｎ ｕｌｔｒａ￣
(１８.２８ Ｍｙａ)ꎮ 本研究结果可为今后苦参属植物 ｆａｓｔ ａｌｌ￣ｉｎ￣ｏｎｅ ＦＡＳＴＱ ｐｒｅｐｒｏｃｅｓｓｏｒ [Ｊ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ ３４
的分子标记开发及苦豆子系统发育、遗传多样性、 (１７): ｉ８８４－ｉ８９０.
ＣＲＯＮＮ ＲＣꎬ ＳＭＡＬＬ ＲＬꎬ ＨＡＳＥＬＫＯＲＮ Ｔꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００２.
种质资源筛选与利用等提供重要的基础数据ꎮ
Ｒａｐｉｄ ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｃｏｔｔｏｎ ｇｅｎｕｓ ( Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ:
Ｍａｌｖａｃｅａｅ) ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｉｘｔｅｅｎ ｎｕｃｌｅａｒ ａｎｄ
参考文献: ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｅｓ [Ｊ]. Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｏｔａｎｙꎬ ８９(４):
７０７－７２５.
ＡＬＬＥＮＤＥＲ ＣＪꎬ ＡＬＬＡＩＮＧＵＩＬＬＡＵＭＥ Ｊꎬ ＬＹＮＮ Ｊꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ＤＡＮＩＥＬＬ Ｈꎬ ＬＩＮ ＣＳꎬ ＹＵ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
２００７. Ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓ ｒｅｖｅａｌ ｕｎｅｖｅｎ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｇｅｎｏｍｅｓ: Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｇｅｎｅｔｉｃ
ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ Ｂｒａｓｓｉｃａ ｏｌｅｒａｃｅａ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ [Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ １７(１): １－２９.
Ｌ. ａｎｄ (ｎ＝ ９) ｗｉｌｄ ｒｅｌａｔｉｖｅｓ [Ｊ]. Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｅｄ ＤＥＢＲＡＹ Ｋꎬ ＭＡＲＩＥ￣ＭＡＧＤＥＬＡＩＮＥ Ｊꎬ ＲＵＴＴＩＮＫ Ｔꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ