Page 115 - 《广西植物》2025年第7期

７ 期 才让扎西等: 苦豆子叶绿体基因组密码子偏好性分析及系统发育研究 １ ３ ０ ７

图 ７ 苦参属 ３ 个物种叶绿体基因组蛋白编码基因选择压力分析
Ｆｉｇ. ７ Ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ｐｒｅｓｓｕｒｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｔｈｒｅｅ Ｓｏｐｈｏｒａ ｓｐｅｃｉｅｓ

☆表示 ２ 种建树方法的支持率均为 １００％ꎮ 下同ꎮ
☆ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｓｕｐｐｏｒｔ ｒａｔｅ ｏｆ ｔｈｅ ｔｗｏ ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｓ １００％. Ｔｈｅ ｓａｍｅ ｂｅｌｏｗ.
图 ８ 基于豆科 １２ 个物种叶绿体基因组构建的系统发育树(ＭＬ ＆ ＢＩ)
Ｆｉｇ. ８ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ｏｆ １２ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ Ｆａｂａｃｅａｅ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ (ＭＬ ＆ ＢＩ)

研究表明ꎬｙｃｆ２ 是被子植物报道最多且对序列变异 为一个具有高支持率的分支ꎬ与砂生槐和白刺花

和物种进化有重 要 作 用 的 基 因 ( Ｄｒｅｓｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ 构成的分支亲缘关系较近( Ｐｒöｓｃｈｏｌｄ ＆ Ｌｅｌｉａｅｒｔꎬ
２０００ꎻ Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０)ꎮ 因此ꎬ我们推测苦豆 ２００７ꎻ Ｌｅｌｉａｅｒｔ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２)ꎮ 本研究基于分歧时
子之所以能够生长于荒漠与半荒漠环境中ꎬ并具 间分析ꎬ以叶绿体基因组为参考估计出的苦豆子
有较强的耐旱、耐寒及耐盐碱等优良特性ꎬ可能与 分化时间(８.０５ Ｍｙａ) 远小于以单拷贝直系同源基
其 ｙｃｆ２ 受到强烈的正向选择有关ꎮ 本研究结果显 因为参考(１８.２８ Ｍｙａ)ꎬ认为这是因细胞器基因组
示ꎬ基于叶绿体基因组序列和单拷贝直系同源基 变异发生的概率小于核基因组而导致进化速率较
因序列分别构建的系统发育树具有大致相同的拓 低ꎬ这与 Ｇａｕｔ(１９９８)的研究结果相同ꎻ但以单拷贝
扑结 构ꎬ 并 且 支 持 率 高 达 １００％ ( ＭＬＢＰ ＝ １００ꎬ 直系同源基因为参考估计出的豆科分化时间略小
ＢＰＰ ＝ １)ꎮ 然而ꎬ在前者的系统发育树中ꎬ苦豆子 于以叶绿体基因组为参考ꎬ这可能因豆科包含的
与白 刺 花 形 成 一 个 互 为 姊 妹 类 群 的 稳 定 分 支 物种丰富、化石记录相对匮乏而导致ꎬ在后续研究
(１００％)ꎻ在后者的系统发育树中ꎬ苦豆子单独聚 中需结合更可靠的校准点来获得更准确的估计