Page 114 - 《广西植物》2025年第7期
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１ ３ ０ ６ 广 西 植 物 ４５ 卷
续表 ４
氨基酸 密码子 高表达基因数目 高表达基因 ＲＳＣＵ 低表达基因数目 低表达基因 ＲＳＣＵ
ΔＲＳＣＵ
Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ Ｃｏｄｏｎ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＨＥＧｓ ＲＳＣＵ ｏｆ ＨＥＧ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＬＥＧｓ ＲＳＣＵ ｏｆ ＬＥＧ
苯丙氨酸 ＵＵＣ １１ ０.５８ ８５ ０.９３ －０.３５
Ｐｈｅ ＵＵＵ∗ ２７ １.４２ ９８ １.０７ ０.３５
脯氨酸 ＣＣＡ １０ ０.９５ ２９ ０.９９ －０.０４
Ｐｒｏ ＣＣＣ∗ １３ １.２４ ２４ ０.８２ ０.４２
ＣＣＧ ６ ０.５７ ２１ ０.７２ －０.１５
ＣＣＵ １３ １.２４ ４３ １.４７ －０.２３
丝氨酸 ＡＧＣ １ ０.１２ １７ ０.３７ －０.２５
Ｓｅｒ ＡＧＵ∗ １３ １.６２ ４５ ０.９７ ０.６５
ＵＣＡ ９ １.１２ ６１ １.３２ －０.２０
ＵＣＣ ５ ０.６３ ４８ １.０４ －０.４１
ＵＣＧ ６ ０.７５ ３３ ０.７１ ０.０４
ＵＣＵ∗ １４ １.７５ ７３ １.５８ ０.１７
苏氨酸 ＡＣＡ １２ １.１４ ３９ １.３４ －０.２０
Ｔｈｒ ＡＣＣ ８ ０.７６ １９ ０.６６ ０.１０
ＡＣＧ ３ ０.２９ １８ ０.６２ －０.３３
ＡＣＵ∗ １９ １.８１ ４０ １.３８ ０.４３
色氨酸 ＵＧＧ １１ １.００ ５５ １.００ —
Ｔｒｐ
酪氨酸 ＵＡＣ ２ ０.１９ ２３ ０.３８ －０.１９
Ｔｙｒ ＵＡＵ∗ １９ １.８１ ９７ １.６２ ０.１９
缬氨酸 ＧＵＡ∗ １８ １.４１ ３５ １.１９ ０.２２
Ｖａｌ ＧＵＣ ４ ０.３１ １６ ０.５４ －０.２３
ＧＵＧ ５ ０.３９ ２１ ０.７１ －０.３２
ＧＵＵ∗ ２４ １.８８ ４６ １.５６ ０.３２
注: — 表示该值不存在ꎻ ∗表示最优密码子ꎻ ＨＥＧ. 高表达基因ꎻ ＬＥＧ. 低表达基因ꎮ
Ｎｏｔｅ: — ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｖａｌｕｅ ｄｏｅｓ ｅｘｉｓｔꎻ ∗ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈｅ ｏｐｔｉｍａｌ ｃｏｄｏｎꎻ ＨＥＧ. Ｈｉｇｈ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｇｅｎｅꎻ ＬＥＧ. Ｌｏｗ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｇｅｎｅ.
ＧＧＡ、 ＧＧＵ、 ＣＡＵ、 ＡＵＵ、 ＵＵＡ、 ＡＡＡ、 ＵＵＵ、 ＣＣＣ、 密码子偏好性的形成可能是突变和自然选择共
ＡＧＵ、ＵＣＵ、 ＡＣＵ、 ＵＡＵ、 ＧＵＡ 和 ＧＵＵꎬ 均 以 Ａ / Ｕ 同作用的结果ꎬ这与杨祥燕等(２０２２) 的研究结果
结尾ꎬ说明苦豆子的密码子使用偏好性倾向于密 相同ꎮ
码子第三位碱基 Ａ 和 Ｕꎬ具有较强的 Ａ / Ｕ 碱基偏 王博等(２０１２) 研究认为ꎬ不同物种相同基因
好性ꎬ这不但与豆科其他物种的密码子偏好性相 间碱基的同义或非同义替换率( Ｋｓ 和 Ｋａ) 能够反
似( 杨国锋等ꎬ２０１５ꎻ田春育等ꎬ２０２１) ꎬ而且也符 映物种进化过程中基因是否受选择压力ꎮ 本研究
合双子叶植物密码子偏好性使用以 Ａ / Ｕ 结尾的 发现ꎬｙｃｆ２ 基因的 Ｋａ / Ｋｓ 值为 １.３７( 大于 １)ꎬ表明
特点( 李子菲等ꎬ２０２３) ꎮ 此外ꎬ中性绘图分析还 其受到正向选择压力ꎬ这在前人报道的多种植物
表明苦豆子叶绿体基因组密码子偏好性受到突 类群中同样存在(王博等ꎬ２０１２ꎻＷｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０)ꎮ
变的影响ꎬ而 ＥＮＣ￣ｐｌｏｔ 和 ＰＲ２￣ｐｌｏｔ 分析发现苦豆 例如ꎬＷｕ 等(２０２０) 对虎耳草科( Ｓａｘｉｆｒａｇａｃｅａｅ) 金
子叶绿体基因组密码子偏好性主要受到自然选 腰属 ( Ｃｈｒｙｓｏｓｐｌｅｎｉｕｍ) ６ 个 物 种 叶 绿 体 基 因 组
择的影响ꎮ 因此ꎬ我们认为苦豆子叶绿体基因组 Ｋａ / Ｋｓ分析结果显示ꎬｙｃｆ２ 处于正选择状态ꎻ另有
