Page 113 - 《广西植物》2025年第7期
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７ 期 才让扎西等: 苦豆子叶绿体基因组密码子偏好性分析及系统发育研究 １ ３ ０ ５
表 ４ 苦豆子叶绿体基因组最优密码子分析
Ｔａｂｌｅ ４ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｏｐｔｉｍａｌ ｃｏｄｏｎ ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｓｏｐｈｏｒａ ａｌｏｐｅｃｕｒｏｉｄｅｓ
氨基酸 密码子 高表达基因数目 高表达基因 ＲＳＣＵ 低表达基因数目 低表达基因 ＲＳＣＵ
ΔＲＳＣＵ
Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ Ｃｏｄｏｎ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＨＥＧｓ ＲＳＣＵ ｏｆ ＨＥＧ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＬＥＧｓ ＲＳＣＵ ｏｆ ＬＥＧ
丙氨酸 ＧＣＡ∗ １３ １.３０ ３０ １.１５ ０.１５
Ａｌａ ＧＣＣ ４ ０.４０ ２１ ０.８１ －０.４１
ＧＣＧ ５ ０.５０ ９ ０.３５ ０.１５
ＧＣＵ∗ １８ １.８０ ４４ １.６９ ０.１１
精氨酸 ＡＧＡ １４ １.６２ ６１ １.７９ －０.１７
Ａｒｇ ＡＧＧ ６ ０.６９ ３５ １.０３ －０.３４
ＣＧＡ∗ １８ ２.０８ ４５ １.３２ ０.７６
ＣＧＣ ２ ０.２３ １８ ０.５３ －０.３０
ＣＧＧ ２ ０.２３ ２１ ０.６２ －０.３９
ＣＧＵ∗ １０ １.１５ ２４ ０.７１ ０.４４
天冬酰胺 ＡＡＣ １０ ０.６７ ４５ ０.５１ ０.１６
Ａｓｎ ＡＡＵ ２０ １.３３ １３２ １.４９ －０.１６
天冬氨酸 ＧＡＣ ６ ０.６３ ３１ ０.４１ ０.２２
Ａｓｐ ＧＡＵ １３ １.３７ １２２ １.５９ －０.２２
半胱氨酸 ＵＧＣ — — １２ ０.５９ －０.５９
Ｃｙｓ ＵＧＵ∗ ５ ２.００ ２９ １.４１ ０.５９
谷氨酰胺 ＣＡＡ∗ １９ １.６５ ７６ １.３８ ０.２７
Ｇｌｎ ＣＡＧ ４ ０.３５ ３４ ０.６２ －０.２７
谷氨酸 ＧＡＡ∗ ２８ １.６５ １０６ １.２３ ０.４２
Ｇｌｕ ＧＡＧ ６ ０.３５ ６６ ０.７７ －０.４２
甘氨酸 ＧＧＡ∗ ２１ １.７１ ６１ １.６３ ０.０８
Ｇｌｙ ＧＧＣ ４ ０.３３ １２ ０.３２ ０.０１
ＧＧＧ ６ ０.４９ ３９ １.０４ －０.５５
ＧＧＵ∗ １８ １.４７ ３８ １.０１ ０.４６
组氨酸 ＣＡＣ １ ０.１７ １５ ０.４０ －０.２３
Ｈｉｓ ＣＡＵ∗ １１ １.８３ ６０ １.６０ ０.２３
异亮氨酸 ＡＵＡ ２１ ０.９３ ９２ １.０９ －０.１６
Ｉｌｅ ＡＵＣ １１ ０.４９ ６０ ０.７１ －０.２２
ＡＵＵ∗ ３６ １.５９ １０１ １.２０ ０.３９
亮氨酸 ＣＵＡ １０ ０.６３ ４５ ０.８７ －０.２４
Ｌｅｕ ＣＵＣ ２ ０.１３ ３１ ０.６０ －０.４７
ＣＵＧ １ ０.０６ ２５ ０.４９ －０.４３
ＣＵＵ ２０ １.２６ ７８ １.５１ －０.２５
ＵＵＡ∗ ４５ ２.８４ ５５ １.０７ １.７７
ＵＵＧ １７ １.０７ ７５ １.４６ －０.３９
赖氨酸 ＡＡＡ∗ ３８ １.６５ １２６ １.３６ ０.２９
Ｌｙｓ ＡＡＧ ８ ０.３５ ５９ ０.６４ －０.２９
甲硫氨酸 ＡＵＧ １７ １.００ ５８ １.００ —
Ｍｅｔ
