Page 78 - 《广西植物》2025年第7期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｊｕｌ. ２０２５ꎬ ４５(７): １２７０－１２８１
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２４１１０３３
何斌ꎬ 张阳丽ꎬ 伍雨函ꎬ 等ꎬ ２０２５. 刺梨全长转录组测序分析及黄酮类化合物生物合成相关基因挖掘 [Ｊ]. 广西植物ꎬ
４５(７): １２７０－１２８１.
ＨＥ Ｂꎬ ＺＨＡＮＧ ＹＬꎬ ＷＵ ＹＨꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２５. Ｆｕｌｌ￣ｌｅｎｇｔｈ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｕｔａｔｉｖｅ ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ
ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ ｆｌａｖｏｎｏｉｄ ｉｎ Ｒｏｓａ ｒｏｘｂｕｒｇｈｉｉ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４５(７): １２７０－１２８１.
刺梨全长转录组测序分析及黄酮类
化合物生物合成相关基因挖掘
何 斌ꎬ 张阳丽ꎬ 伍雨函ꎬ 唐大海ꎬ 杨群英ꎬ 刘林娅ꎬ 黄亚成 ∗
( 六盘水师范学院 生物科学与技术学院ꎬ 贵州 六盘水 ５５３００４ )
摘 要: 刺梨是一种药食两用植物ꎬ在炎症和癌症研究方面显示出巨大的潜力ꎮ 为进一步推动刺梨的研究
和应用ꎬ建立一个完整的刺梨全长转录组数据库非常必要ꎬ这有助于揭示其复杂的分子机制和生物活性物
质的合成途径ꎮ 为深入探究刺梨功能基因信息ꎬ选择三代建库方法ꎬ采用 ＰａｃＢｉｏ Ｓｅｑｕｅｌ Ⅱ测序平台ꎬ利用单
分子实时测序技术(ｓｉｎｇｌｅ ｍｏｌｅｃｕｌｅ ｒｅａｌ￣ｔｉｍｅꎬ ＳＭＲＴ)对刺梨 ６ 种组织混合样品进行全长转录组测序ꎬ使用生
物信息学手段对其进行分析ꎮ 结果表明:(１)共获得 ２５ ００３ 条去冗余后的 ｉｓｏｆｏｒｍｓ 序列ꎬ平均长度为 ２ ４７１
ｂｐꎮ 成功预测到 ２４ ３５７ 个 ＣＤＳ 序列ꎬ平均长度为 １ ７２７ ｂｐꎬ其中大部分 ＣＤＳ 长度为 ３００ ~ ３ ０００ ｂｐꎮ (２)使
用 ＧＯ、ＫＥＧＧ 等 ７ 个数据库进行比对ꎬ共注释 ２４ ８５９ 个基因ꎬ占比达 ９９.４２％ꎻ挖掘出黄酮类化合物生物合
成相关转录本 ９９ 个ꎮ (３)鉴定出 １ ９３０ 个基因分别属于 ８２ 种转录因子家族ꎬ并且有 ５５ 个转录因子可能参
与调控刺梨黄酮类化合物的生物合成ꎮ (４)共 ９５ 个 ＬｎｃＲＮＡꎬ１２ ５８８ 个 ＳＳＲ 位点ꎬ进一步利用 Ｐｒｉｍｅｒ ３ 软件
进行刺梨 ＳＳＲ 的引物设计ꎬ共筛得 １０ ５４５ 对 ＳＳＲ 引物ꎮ 该研究结果丰富了刺梨基因数据库ꎬ为下一步分子
标记开发、生长发育、抗逆、次级代谢产物的生物合成及遗传改良和育种提供了理论基础ꎮ
关键词: 刺梨ꎬ 单分子实时测序技术ꎬ 全长转录组ꎬ 生物信息学分析ꎬ 黄酮类化合物
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２５)０７￣１２７０￣１２
Ｆｕｌｌ￣ｌｅｎｇｔｈ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｕｔａｔｉｖｅ ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ
ｏｆ ｆｌａｖｏｎｏｉｄ ｉｎ Ｒｏｓａ ｒｏｘｂｕｒｇｈｉｉ
ＨＥ Ｂｉｎꎬ ＺＨＡＮＧ Ｙａｎｇｌｉꎬ ＷＵ Ｙｕｈａｎꎬ ＴＡＮＧ Ｄａｈａｉꎬ ＹＡＮＧ Ｑｕｎｙｉｎｇꎬ
∗
ＬＩＵ Ｌｉｎｙａꎬ ＨＵＡＮＧ Ｙａｃｈｅｎｇ
( Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬ Ｌｉｕｐａｎｓｈｕｉ Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｌｉｕｐａｎｓｈｕｉ ５５３００４ꎬ Ｇｕｉｚｈｏｕꎬ Ｃｈｉｎａ )
收稿日期: ２０２５－０１－１４ 接受日期: ２０２５－０４－１４
基金项目: 贵州省高等 学 校 刺 梨 发 酵 技 术 工 程 研 究 中 心 项 目 ( 黔 教 技 [ ２０２２] ００８ 号)ꎻ 六 盘 水 师 范 学 院 科 研 培 育 项 目
(ＬＰＳＳＹ２０２３ＫＪＺＤＰＹ０７)ꎻ 贵州省 科 技 厅 项 目 ( 黔 科 合 基 础 ＭＳ [ ２０２５] ０９９)ꎻ 六 盘 水 师 范 学 院 高 层 次 人 才 科 研 启 动 基 金
(ＬＰＳＳＹＫＹＪＪ２０２２０５)ꎻ 贵州省大学生创新训练项目(Ｓ２０２４１０９７７１６２８)ꎮ
第一作者: 何斌(１９８９—)ꎬ博士ꎬ副教授ꎬ主要从事果树品质改良研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｈｅｂｉｎ＠ ｌｐｓｓｙ.ｅｄｕ.ｃｎꎮ
∗
通信作者: 黄亚成ꎬ博士ꎬ副教授ꎬ主要从事果树品质改良研究ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｈｕａｎｇｙａｃｈｅｎｇ＠ ｌｐｓｓｙ.ｅｄｕ.ｃｎꎮ
