Page 81 - 《广西植物》2025年第7期

７ 期 何斌等: 刺梨全长转录组测序分析及黄酮类化合物生物合成相关基因挖掘 １ ２ ７ ３

图 １ 生物信息学分析流程
Ｆｉｇ. １ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｗｏｒｋｆｌｏｗ

默认保留氨基酸长度大于 １００ 的转录本ꎮ 为提高 能预测软件进行编码潜能预测ꎬ将 ３ 个软件都预
ＣＤＳ 预测的灵敏度ꎬ将预测得到的蛋白序列分别 测为 Ｎｏｎ￣ｃｏｄｉｎｇ 的作为潜在的 ＬｎｃＲＮＡꎮ 统计各
与 Ｕｎｉｐｒｏｔ 蛋白数据库、ＰＦＡＭ 蛋白质结构域数据 软件预测为 Ｎｏｎ￣ｃｏｄｉｎｇ 的 Ｕｎｉｇｅｎｅ 条数绘制成韦

库进行比对注释ꎻ使用 ＴｒａｎｓＤｅｃｏｄｅｒ.Ｐｒｅｄｉｃｔ 程序ꎬ 恩图ꎬ直观地展示各个方法预测出的 ＬｎｃＲＮＡ 共有
结合蛋白数据库的比对结果ꎬ对预测得到的所有 和特有的数目ꎮ
编码框进行取舍ꎬ保留和已知蛋白库有同源性的 简单重复序列(ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓꎬ ＳＳＲｓ)

编码框和可信度得分最高的蛋白编码框ꎮ 是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序
长 链 非 编 码 ＲＮＡ ( ｌｏｎｇ ｎｏｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ＲＮＡꎬ 列ꎮ 与其他分子标记技术相比ꎬＳＳＲ 是基因组内
ＬｎｃＲＮＡ)是长度大于 ２００ ｂｐ 的非编码 ＲＮＡꎮ 本 广泛分布的高多态性标记ꎬ拥有可重复性和共显
研究对 ７ 大数据库都没有注释到的转录本ꎬ根据 性等优点ꎬ广泛应用于遗传连锁图谱的构建、遗传
ＬｎｃＲＮＡ 的 不 编 码 蛋 白 的 功 能 特 点ꎬ 使 用 ＣＮＣＩ 多样性研究、系统发育关系研究、品种鉴定和分子
(ｖ２ ) ( Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１３ ) ( 参 数: ｍ ｐｌ )、 ＣＰＣ２ 标记 辅 助 育 种 等 领 域ꎮ 本 文 分 析 中 采 用 ＭＩＳＡ
(ｂｅｔａ) ( Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７) ( 默 认 参 数) 和 ＰＬＥＫ (ｖ１.０)(Ｔｈｉｅｌ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００３)对 Ｕｎｉｇｅｎｅ 进行 ＳＳＲ 检
(ｖ１.２)(Ｂｕｃｈｆｉｎｋ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５) (默认参数) 编码潜 测(默认参数)ꎮ