Page 157 - 《广西植物》2025年第8期
P. 157
8 期 杨龙姣等: 二穗短柄草 BdFKF1 基因调控烟草开花的转录组学分析 1 5 2 3
表 3 转录组数据质控与比对统计
Table 3 Transcriptome data quality control and comparison statistics
样品 Reads 数 高质量序列 Reads 数 总比对率 唯一比对率 碱基识别正确率
Sample Reads number Clean_Reads number Total_mapped (%) Uniquely_mapped (%) Q30 (%)
FKF1_1 38 646 086 36 339 668 95.95 96.82 93.70
FKF1_2 44 249 346 41 569 778 95.86 96.92 93.79
FKF1_3 45 227 638 42 600 358 96.28 96.87 93.68
SR1_1 45 840 284 43 111 238 96.43 97.02 94.15
SR1_2 39 273 338 36 961 722 96.31 96.76 94.14
SR1_3 44 908 696 42 239 876 96.32 96.81 93.68
注:FKF1_1、FKF1_2、FKF1_3. 转基因烟草的 3 个重复ꎻ SR1_1、SR1_2、SR1_3. 野生型烟草的 3 个重复ꎮ
Note: FKF1_1ꎬ FKF1_2ꎬ FKF1_3. Three replicates of transgenic tobaccoꎻ SR1_1ꎬ SR1_2ꎬ SR1_3. Three replicates of wild ̄type
tobacco.
图 3 SR1 vs FKF1 差异表达基因火山图分析
Fig. 3 SR1vs FKF1 volcano map analysis of differentially expressed genes
基因会影响烟草开花时间ꎮ
2.5 RT ̄qPCR 数据验证 3 讨论与结论
为验证转录组测序数据可靠性ꎬ随机挑选出 6
个基因进行 RT ̄qPCR 验证ꎮ 验证结果如图 10 所 烟草开花时间由多个基因相互协调调控ꎬ其
示ꎬ其中选取的 6 个基因的表达量上调或下调趋 基因调控网络十分复杂ꎮ Cheng 等(2022) 对野生
势与转 录 组 测 序 数 据 一 致ꎬ 说 明 测 序 结 果 是 可 型和转 GhSAMDC1 基因 2 种体系烟草进行转录组
靠的ꎮ 分析ꎬ 共发现 938 个差异表达基因(上调基因 569

