Page 176 - 《广西植物》2026年第3期
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５ ５ ２ 广 西 植 物 ４６ 卷
分类鉴定ꎬ从 ＮＣＢＩ 数据库中下载了 ６ 个花椒主要 基因组中发现了 １８ 个含有 ２ 个及以上外显子的基
栽培种及 ４ 种花椒属植物的叶绿体基因组序列ꎬ 因ꎬ其中含有 ２ 个外显子的基因有 １５ 个ꎬ含有 ３ 个
以飞龙掌血( Ｔｏｄｄａｌｉａ ａｓｉａｔｉｃａ) 为外类群ꎬ多序列 外显子的基因有 ３ 个ꎻ叶绿体基因组共有 １８ 个基
比对后ꎬ剪切各自对应的高变区序列ꎬ通过 ＲＡｘＭＬ 因具有 ２ 个拷贝ꎬ其中 ｒｐｓ１９ 和 ｙｃｆ１ 基因在花椒叶
８. ２. １２ 软 件 ( Ｓｔａｍａｔａｋｉｓꎬ ２０１４ ) 下 的 ＨＰＣ２ ｏｎ 绿体基因组中为双拷贝ꎬ但在竹叶花椒中均变成
ＸＳＥＤＥ 模 型ꎬ 利 用 最 大 似 然 法 ( ｍａｘｉｍｕｍ 了单拷贝ꎮ 值得注意的是ꎬｒｐｓ１２ 基因在花椒叶绿
ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄꎬ ＭＬ)构建系统发育树ꎮ 体基因组中含有 ３ 个外显子ꎬ而在竹叶花椒叶绿
体基因组中只含有 ２ 个外显子ꎮ 另外ꎬ在竹叶花
２ 结果与分析 椒叶绿体基因组中找到了 ２ 个特有的蛋白质编码
基因 ｉｎｆＡ 和 ｐｓｂＣꎬ而 ｒｐｌ２２ 基因因缺失 ２ 个位点共
２.１ 叶绿体基因组结构特征 １６２ 个碱基导致在竹叶花椒叶绿体基因组未能注
花椒和竹叶花椒的全长叶绿体基因组信息见 释成功ꎬ因此该基因为花椒叶绿体基因组特有ꎮ
表 １ꎮ 从叶绿体基因组总长度来看ꎬ竹叶花椒叶绿 ２.２ 重复序列与 ＳＳＲ 分析
体基因组的总长仅比花椒多出 １７８ ｂｐꎻ从编码基 通过全长叶绿体基因组序列检测ꎬ分别从花
椒和竹叶花椒中检测出 ４８ 个分散重复序列ꎬ其中
因数来看ꎬ竹叶花椒比花椒少 １ 条 ＣＤＳꎬ而 ｒＲＮＡ
和 ｔＲＮＡ 数量相同ꎬ分别为 ８ 个和 ３７ 个ꎻ两者的叶 花椒叶绿体基因组中有 ３ 个互补重复、１７ 个正向
绿体基因组 ＧＣ 含量也相同ꎬ为 ３８.５％ꎮ 花椒和竹 重复、２１ 个回文重复和 ７ 个反向重复ꎻ竹叶花椒中
有 １ 个互补重复、２０ 个正向重复、１９ 个回文重复
叶花椒叶绿体基因组环形图谱见图 １ꎮ
和 ８ 个反向重复ꎮ 从重复序列类型来看ꎬ花椒叶
表 １ 花椒和竹叶花椒叶绿体基因组基本信息 绿体基因组中回文重复类型最为丰富ꎬ约占重复
Ｔａｂｌｅ １ Ｂａｓｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ Ｚａｎｔｈｏｘｙｌｕｍ ｂｕｎｇｅａｎｕｍ 序列总数的 ４３.７％ꎻ而竹叶花椒则是正向重复最
ａｎｄ Ｚ. ａｒｍａｔｕｍ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅａｓ 为丰富ꎬ占 ４１.７％ꎮ 同时ꎬ对花椒和竹叶花椒叶绿
基因组基本信息 花椒 竹叶花椒 体基因组中的串联重复序列进行了检测ꎬ分别有
Ｇｅｎｏｍｉｃ ｂａｓｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｚ. ｂｕｎｇｅａｎｕｍ Ｚ. ａｒｍａｔｕｍ
１８ 个 和 １９ 个ꎬ 并 且 大 多 数 分 布 在 大 单 拷 贝 区
全长基因组大小 １５８ ４０１ １５８ ５７９ (ｌａｒｇｅ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙ ｒｅｇｉｏｎꎬ ＬＳＣ ) 和 反 向 重 复 区
Ｆｕｌｌ￣ｌｅｎｇｔｈ ｇｅｎｏｍｅ ｓｉｚｅ (ｂｐ)
(ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔ ｒｅｇｉｏｎꎬＩＲ)(图 ２:Ａ)ꎮ
大单拷贝区长度 ８５ ８９８ ８５ ７８０
Ｌｅｎｇｔｈ ｏｆ ＬＳＣ (ｂｐ) 在花椒叶绿体基因组中共筛选出 ９５ 个 ＳＳＲｓ
反向重复区长度 ２７ ４４６ ２７ ５９８ 位点ꎬ其中单核苷酸重复 ７５ 个( Ａ / Ｔ 重复基序 ７３
Ｌｅｎｇｔｈ ｏｆ ＩＲ (ｂｐ)
个ꎬＣ / Ｇ 重复基序 ２ 个)ꎬ 二核苷酸重复 ５ 个( 均
小单拷贝区长度 １７ ６１１ １７ ６０３
Ｌｅｎｇｔｈ ｏｆ ｓｍａｌｌ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙ 是 ＡＴ / ＡＴ 重复基序)ꎬ三核苷酸重复 ８ 个( ＡＡＧ /
ｒｅｇｉｏｎ (ＳＳＣ) (ｂｐ)
ＣＴＴ 重复基序 ３ 个ꎬＡＡＴ / ＡＴＴ 重复基序 ５ 个)ꎬ四
叶绿体基因组 ＧＣ 含量 ３８.５ ３８.５
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ (％) 核 苷 酸 重 复 ７ 个 ( ＡＡＡＣ / ＧＴＴＴ、 ＡＡＣＴ / ＡＧＴＴ、
基因组总基因数 １３２ １３１ ＡＣＡＴ / ＡＴＧＴ 和 ＡＧＡＴ / ＡＴＣＴ 重 复 基 序 各 １ 个ꎬ
ＡＡＡＴ / ＡＴＴＴ 重复基序 ３ 个)ꎬ未检测到五核苷酸
Ｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｇｅｎｅｓ
蛋白编码基因数 ８７ ８６ 及以上重复类型ꎻ在竹叶花椒叶绿体基因组中筛
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ＣＤＳ
选出 ９８ 个 ＳＳＲｓ 位点ꎬ相比花椒多出 ２ 个 Ａ / Ｔ 基
ｒＲＮＡ 数量 ８ ８
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｒＲＮＡ 序的单核苷酸重复和 １ 个 ＡＴ / ＡＴ 基序的二核苷酸
ｔＲＮＡ 数量 ３７ ３７ 重复ꎬ同样未发现五核苷酸及以上重复类型(图 ２:
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｔＲＮＡ
Ｂ)ꎮ 这说明 ２ 种花椒属植物 ＳＳＲ 类型中以 Ａ / Ｔ
基序的单核苷酸重复最为丰富ꎮ
花椒属植物叶绿体基因组编码基因主要由自 ２.３ 密码子使用偏好性分析
我复制相关基因、光合作用相关基因、其他基因和 ２.３.１ 密码子组成分析 花椒和竹叶花椒叶绿体
ｙｃｆ 类基因组成(表 ２)ꎮ 在 ２ 种花椒属植物叶绿体 基因组密码子第 １ 至第 ３ 位上的 ＧＣ 含量均存在
