Page 177 - 《广西植物》2026年第3期

３ 期 王飞等: 花椒主要栽培种叶绿体基因组比较及密码子使用偏好分析 ５ ５ ３

图 １ 花椒属叶绿体基因组环形图谱
Ｆｉｇ. １ Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｒｉｎｇ ｍａｐ ｏｆ Ｚａｎｔｈｏｘｙｌｕｍ

较大差异ꎬ分布规律呈现 ＧＣ >ＧＣ >ＧＣ ꎬ其中 ＧＣ 显著高于 ＧＣ 和 ＧＣ ꎬ核糖体小/ 大亚基 ｒｐｓ 类和 ｒｐｌ
１ ２ ３ １ ２ ３
含量最 高 ( ４５％ 以 上)ꎬ ＧＣ 含 量 最 低 ( 仅 约 占 类基因的 ＧＣ 含量普遍高于其他基因类型ꎻ从各基
３ ２
３１％)ꎬ并且从密码子第 ３ 位碱基组成来看ꎬＴ 和 因的 ＥＮＣ 值实际取值范围来看ꎬ花椒和竹叶花椒分
３ｓ
Ａ 占比均在 ４０％以上ꎬ说明其密码子偏好 Ｇ / Ｃ 碱 别为 ３７.０４~６１.００ 和 ３７.０８ ~ ６０.８６ꎬ取值均大于 ３５ꎬ
３ｓ
基开头ꎬＡ / Ｔ 碱 基 结 尾ꎻ２ 种 花 椒 属 植 物 密 码 子 这进一步表明其密码子偏好性较弱ꎻ２ 种花椒属植
ＧＣ 分 别 为 ３８. ７９％ 和 ３８. ９５％ꎬ ＥＮＣ 值 分 别 为 物各基因对应的 ＥＮＣ 值相差小ꎬ基因 ｃｅｍＡ 的差值
ａｌｌ
４８.７４ 和 ４８.４３ꎬ表明其密码子整体偏好使用 Ａ / Ｔ 最大仅为 ２.１１ꎬ其次是 ｒｐｓ２ 和 ｒｐｌ１６ 基因ꎬ其差值分
碱 基 且 偏 好 性 较 弱ꎮ 同 时ꎬ 密 码 子 适 应 指 数 别为 １.４８ 和 １.２２ꎬ其余基因的差值均小于 １ꎬ说明花
(ｃｏｄｏｎ ａｄａｐｔａｔｉｏｎ ｉｎｄｅｘꎬＣＡＩ) 和 密 码 子 偏 性 指 数 椒和竹叶花椒的密码子偏好性差异不大ꎮ
(ｃｏｄｏｎ ｂｉａｓ ｉｎｄｅｘꎬＣＢＩ)均接近或小于 ０ꎬ说明其叶 ２.３.２ 密码子中性绘图分析 由图 ４ 可知ꎬ花椒和
绿体基因表达水平较低(表 ３)ꎮ 竹叶花椒线性回归系数分别为 ０.２２７ １ 和 ０.２５１ ４ꎬ
分别计算每条 ＣＤＳ 密码子第 １ 至第 ３ 位上的 并且 ＧＣ 和 ＧＣ 相关性均很弱ꎬ说明自然选择是
１２ ３
ＧＣ 含量和 ＥＮＣ 值ꎬ根据统计数据绘制热图(图 ３)ꎮ 影响密码子使用偏好的主要原因ꎮ 各基因显示点
由图 ３ 可知ꎬ２ 种花椒属植物多数基因密码子 ＧＣ 在图中分布范围集中ꎬ 说明碱基突变对这 ２ 种花
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