Page 60 - 《广西植物》2026年第4期

６ １ ８ 广 西 植 物 ４６ 卷
ＡｃＨＭＧＲ２１ｇꎮ 利用 ＭＥＧＡ７ 软件中的 ＣｌｕｓｔａｌＷ 对 元件进行预测和分析ꎬ再利用 ＴＢｔｏｏｌｓ 对启动子顺
拟南芥、水稻、玉米、烟草( Ｄｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４)、‘ 红 式作用元件进行可视化ꎮ
阳’猕猴桃的 ＨＭＧＲ 氨基酸序列进行多重比对ꎬ通 １.２.７ ＡｖＨＭＧＲｓ 基因在不同组织部位、不同果实发
过邻接法(ｎｅｉｇｈｂｏｒ￣ｊｏｉｎｉｎｇ) 构建系统进化树ꎬ参数 育阶段和盐胁迫下的表达分析 从 ＮＣＢＩ 数据库
使用 默 认 值ꎬ Ｂｏｏｔｓｔｒａｐ 值 设 置 为 １ ０００ꎬ 并 使 用 (ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ.ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ / ) 分别下载对萼猕

ｉＴＯＬ 对进化树进行美化ꎮ 猴桃不同组织部位( ＰＲＪＣＡ０１６２６９)、不同果实发
１.２.３ ＡｖＨＭＧＲｓ 基因结构、蛋白基序和保守结构 育阶段(ＰＲＪＮＡ９８４９３５)和盐胁迫( ＰＲＪＮＡ７２６１５６)

域的分析 通过 ＭＥＭＥ 在线软件( ｈｔｔｐｓ: / / ｍｅｍｅ￣ 条件 下 ＡｖＨＭＧＲｓ 基 因 转 录 组 测 序 数 据ꎬ 通 过
ｓｕｉｔｅ.ｏｒｇ / ｍｅｍｅ / ｔｏｏｌｓ / ｍｅｍｅ) 对 ＡｖＨＭＧＲｓ 蛋白的 ＴＢｔｏｏｌｓ 中的 Ｋａｌｌｉｓｔｏ Ｓｕｐｅｒ ＧＵＩ Ｗｒａｐｐｅｒ 计算基因

保守基序进行分析ꎮ 同时ꎬ利用 ＮＣＢＩ 中的 ＣＤＤ 表达量ꎬ再使用 ＴＢｔｏｏｌｓ 软件对 ＡｖＨＭＧＲｓ 基因表达
( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ. ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / ｃｄｄ / ) 对 量进行 ｌｏｇ 转换后生成基因表达热图ꎮ
２
ＡｖＨＭＧＲｓ 蛋 白 的 保 守 结 构 域 进 行 分 析ꎬ 通 过 １. ２. ８ 总 ＲＮＡ 提 取 和 ＲＴ￣ｑＰＣＲ 分 析 利 用
ＴＢｔｏｏｌｓ 中 的 Ｇｅｎｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｖｉｅｗ ( Ａｄｖａｎｃｅｄ) 对 ＲＮＡｐｒｅｐ Ｐｕｒｅ 植物总 ＲＮＡ 提取试剂盒 [天根生化
ＡｖＨＭＧＲｓ 的蛋白保守基序、保守结构域及基因结 科技(北京) 有限公司] 提取不同淹水处理时间猕
构进行可视化ꎮ 猴桃叶和根的总 ＲＮＡꎬ通过琼脂糖凝胶电泳和分
１.２.４ ＡｖＨＭＧＲｓ 蛋白二级结构和三级结构的分析 光光度计检测 ＲＮＡ 的质量和浓度ꎬ利用 ＦａｓｔＫｉｎｇ
通 过 ＳＯＰＭＡ 在 线 软 件 ( ｈｔｔｐｓ: / / ｎｐｓａ￣ｐｒａｂｉ. ｃＤＮＡ 第一链合成试剂盒 [ 天根生化科技( 北京)
ｉｂｃｐ. ｆｒ / ｃｇｉ￣ｂｉｎ / ｎｐｓａ ＿ ａｕｔｏｍａｔ. ｐｌ? ｐａｇｅ ＝ ｎｐｓａ ＿ 有限公司]进行反转录获得 ｃＤＮＡꎬ通过 ＴＢｔｏｏｌｓ 中
ｓｏｐｍａ.ｈｔｍｌ)对 ＡｖＨＭＧＲｓ 蛋白的二级结构进行预 的 Ｂａｔｃｈ ｑ￣ＰＣＲ Ｐｒｉｍｅｒ Ｄｅｓｉｇｎ 设 计 定 量 引 物 ( 表
测ꎮ 同 时ꎬ 利 用 Ｐｈｙｒｅ２ ( ｈｔｔｐ: / / ｗｗｗ. ｓｂｇ. ｂｉｏ. ｉｃ. １)ꎬ以 对 萼 猕 猴 桃 Ａｖ￣ａｃｔｉｎ 作 为 内 参 基 因ꎬ 采 用
ａｃ. ｕｋ / ｐｈｙｒｅ２ / ｈｔｍｌ/ ｐａｇｅ. ｃｇｉ? ｉｄ ＝ ｉｎｄｅｘ ) 对 ＳｕｐｅｒＲｅａｌ ＰｒｅＭｉｘ Ｐｌｕｓ[天根生化科技( 北京) 有限
－ΔΔＣｔ
ＡｖＨＭＧＲｓ 蛋白的三级结构进行预测分析ꎮ 公司] 进 行 荧 光 定 量 ＰＣＲꎬ 利 用 ２ 方 法 计 算
１.２.５ ＡｖＨＭＧＲｓ 基因染色体定位和共线性分析 ＡｖＨＭＧＲｓ 的表达量ꎮ
根 据 对 萼 猕 猴 桃 基 因 组 ＧＦＦ３ 注 释 文 件 提 取 １.２.９ 数据统计与分析 采用 Ｅｘｃｅｌ ２０２１ 软件进行
ＡｖＨＭＧＲｓ 基 因 的 染 色 体 定 位 信 息ꎬ 利 用 ＭＧ２Ｃ 数据统计ꎬＳＰＳＳ ２６.０ 软件进行单因素方差分析ꎬ
(ｖ２.１)在线工具(ｈｔｔｐ:/ / ｍｇ２ｃ.ｉａｓｋ.ｉｎ / ｍｇ２ｃ＿ｖ２.１ / ) ∗表示差异显著( Ｐ<０.０５)ꎬ∗∗表示差异极显著
对其染色体定位进行可视化ꎮ 通过 ＴＢｔｏｏｌｓ 中 Ｏｎｅ (Ｐ<０.０１)ꎮ 所有数据结果以均值±标准误表示ꎮ
Ｓｔｅｐ ＭＣＳｃａｎＸ￣Ｓｕｐｅｒ Ｆａｓｔ 对 ＡｖＨＭＧＲ 基因的复制事
件进行共线性分析ꎬ并使用 Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｉｒｃｏｓ 进行可 ２ 结果与分析
视化绘图ꎮ 利用 ＴＢｔｏｏｌｓ 计算共线性基因的非同义
替换率( ｎｏｎ￣ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｒａｔｅꎬ Ｋａ) 和同 ２.１ ＡｖＨＭＧＲｓ 基因家族成员的鉴定
义替换率 ( ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｒａｔｅꎬ Ｋｓ)ꎬ 以及 以拟南芥 ＡｔＨＭＧＲ 蛋白氨基酸序列作为初始
Ｋａ / Ｋｓ 值ꎮ 当 Ｋａ / Ｋｓ<１ 时ꎬ表示存在纯化选择ꎻ当 序列ꎬ通过 ＢｌａｓｔＰ 比对和 Ｐｆａｍ 结构域分析ꎬ从对
Ｋａ / Ｋｓ>１ 时ꎬ表示存在正向选择ꎻ当 Ｋａ / Ｋｓ ＝ １ 时ꎬ表 萼猕 猴 桃 基 因 组 数 据 库 中 共 筛 选 得 到 １２ 个
示存在中性选择 ( Ｚｈａｎｇꎬ ２０２２)ꎮ 基因分化时间 ＡｖＨＭＧＲ 候选基因ꎬ经保守结构域筛查并去除冗余

(Ｔ)通过以下公式计算:Ｔ ＝ Ｋｓ/ ｒꎬ其中 ｒ ＝ ６.７８ × 序列后ꎬ共鉴定到 １２ 个 ＡｖＨＭＧＲ 基因ꎮ 根据它们
１０ (Ｌｕｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３ꎻ Ｔｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３)ꎬＴ 的单位为 在染色 体 上 的 具 体 位 置ꎬ 分 别 名 为 ＡｖＨＭＧＲ１ａ －
￣９
百万年前(ｍｉｌｌｉｏｎ ｙｅａｒｓ ａｇｏꎬ Ｍｙａ)ꎮ ＡｖＨＭＧＲ２１ｂ(表 ２)ꎮ 通过对其蛋白理化性质进行
１.２.６ ＡｖＨＭＧＲｓ 基因启动子顺式作用元件分析 分析ꎬ如表 ２ 所示ꎮ ＡｖＨＭＧＲ 蛋白长度差异较小ꎬ
利用 ＴＢｔｏｏｌｓ 提取对萼猕猴桃 ＨＭＧＲ 基因家族 为 ５１４ ａａ( ＡｖＨＭＧＲ１ａ) ~ ５９７ ａａ( ＡｖＨＭＧＲ２１ａ)ꎬ
成员上游２ ０００ ｂｐ 的启动子序列ꎬ利用 ＰｌａｎｔＣＡＲＥ 分子量为 ５４.４７ ~ ６４.００ ｋＤａꎬ理论等电点( ｐＩ) 为
( ｈｔｔｐ: / / ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ. ｐｓｂ. ｕｇｅｎｔ. ｂｅ / ｗｅｂｔｏｏｌｓ/ ５.４６ ~ ８.１５ꎬ亚细胞定位预测显示所有的 ＡｖＨＭＧＲ
ｐｌａｎｔｃａｒｅ / ｈｔｍｌ/ )对 ＡｖＨＭＧＲｓ 启动子区域顺式作用 均定位于内质网ꎮ