Page 133 - 《广西植物》2026年第5期
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５ 期 王力涵等: 不同氮素形态配比对马大相思幼苗生长及转录组响应的分析 ８ ６ ５
表 １ 大量元素的浓度
Ｔａｂｌｅ １ Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｍａｃｒｏｎｕｔｒｉｅｎｔｓ
配比 元素浓度
￣１
Ｒａｔｉｏ Ｅｌｅｍｅｎｔ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ (ｍｏｌＬ )
组别
Ｇｒｏｕｐ
－ ＋ ＋ ２＋ ２＋ － ＋ ２－ －
Ｋ Ｃａ Ｍｇ Ｎ(ＮＯ ３ ) Ｎ(ＮＨ ４ ) Ｓ(ＳＯ ４ ) Ｐ(Ｈ ２ ＰＯ ４ )
ＮＯ ３ / ＮＨ ４
Ａ ０ / １０ １１ １０ ２ ０ ３０ ２ １
Ｂ ３ / ７ １１ １０ ２ ７.５ ２２.５ ２ １
Ｃ ５ / ５ １１ １０ ２ １５ １５ ２ １
Ｄ ７ / ３ １１ １０ ２ ２２.５ ７.５ ２ １
Ｅ １０ / ０ １１ １０ ２ ３０ ０ ２ １
型ꎬ使用 ＴＭＭ 标准化方法ꎬ以 ｜ ｌｏｇ ＦＣ ｜ > １ 且 ＦＤＲ< 表 ２ 荧光定量 ＰＣＲ 的引物序列
２
０.０５ 作为筛选 ＤＥＧｓ 的标准ꎮ 对获得的 ＤＥＧｓ 进 Ｔａｂｌｅ ２ Ｐｒｉｍｅｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｆｏｒ ＲＴ￣ｑＰＣＲ
行 ＫＥＧＧ 和 ＧＯ 富集分析ꎬ以揭示其潜在的生物学 基因编号 引物序列
Ｇｅｎｅ ＩＤ Ｐｒｉｍｅｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅ
功能和代谢通路(Ｓｈｕ ｅｔ ａｌ. ２０１１ꎻ周晨晨等ꎬ２０２１ꎻ
Ｆ:ＧＣＴＴＣＣＡＴＣＡＡＣＧＧＣＴＧＣＴＡＣＣ
郭怡鑫等ꎬ２０２６)ꎮ Ｕｎｉｇｅｎｅ００５０６１６
Ｒ:ＣＴＴＧＡＴＣＣＴＣＴＣＧＡＣＡＧＣＣＴＣＡＧＡＧ
１.１.４ 实时荧光定量 ＰＣＲ 分析 选择 ４ 个参与氮
Ｆ:ＴＣＧＡＧＡＡＡＣＴＴＣＴＧＡＧＡＧＧＡＡＡＧＧＧ
代谢途径的基因进行实时荧光定量 ＰＣＲꎬ进一步 Ｕｎｉｇｅｎｅ００５０６１９ Ｒ:ＴＣＴＧＧＣＣＴＴＴＧＧＣＡＡＧＴＴＣＡＣＣ
验证转录组数据的可靠性ꎮ 通过 Ｇｅｎｅ Ｒｕｎｎｅｒ 软 Ｆ:ＧＣＴＴＣＣＡＴＣＧＡＣＡＡＣＣＧＴＣＡＡＴＡＣ
Ｕｎｉｇｅｎｅ０２７０３５９
Ｒ:ＧＡＣＣＡＴＧＧＡＡＧＣＧＴＴＧＣＧＴＴＣ
件设计引物( 表 ２)ꎬ以广州基迪奥生物科技有限
Ｆ:ＡＧＣＧＧＡＣＡＴＧＧＧＴＧＡＴＣＴＣＴＧＣ
公司提供的 ＲＮＡ 为模板ꎬ采用聚合美 Ｍ５ Ｓｕｐｅｒ Ｕｎｉｇｅｎｅ０１１１７０９ Ｒ:ＧＴＧＧＡＡＧＡＧＧＣＣＡＡＧＣＣＡＴＴＴＧ
ｐｌｕｓ ｑＰＣＲ ＲＴ ｋｉｔ ｗｉｔｈ ｇＤＮＡｒｅｍｏｖｅｒ 试剂盒按说明
书 进 行 反 转 录ꎮ ＲＴ￣ｑＰＣＲ 反 应 在 ＡＢ Ａｐｐｌｉｅｄ
的 ｒｅａｄｓ、含 Ｎ 比例大于 １０％的 ｒｅａｄｓ、全部都是 Ａ
Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７５００ Ｒｅａｌ Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ 上进行ꎬ２０
碱基的 ｒｅａｄｓ、低质量 ｒｅａｄｓ(质量值 Ｑ≤２０ 的碱基
μＬ 反应体系含 １０ μＬ ＴＢ Ｇｒｅｅｎ Ｐｒｅｍｉｘ Ｅｘ Ｔａｑ ＩＩ
数占整条 ｒｅａｄ 的 ５０％以上) 后ꎬ每个文库的 ｃｌｅａｎ
(Ｔｌｉ ＲＮａｓｅＨ Ｐｌｕｓ) ( ２ ×)、０. ４ μＬ ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ
Ｄｙｅ Ⅱ(５０×) ( ＴａＫａＲａꎬ ＲＲ８２０Ａ)、上下游引物各 ｒｅａｄｓ 百 分 比 均 在 ９９％ 以 上ꎬ ３０ 个 样 品 共 得 到
１ ３７９ １１４ ７２０条 ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓꎮ
０.８ μＬ、≤１００ ｎｇ ｃＤＮＡ 模板 ２ μＬ 及灭菌水 ６ μＬꎮ
２.２ Ｕｎｉｇｅｎｅ 组装与总体功能注释
反应程序:９５ ℃ 预变性 ３０ ｓꎻ９５ ℃ 变性 ５ ｓ、６０ ℃
退火延伸 ３４ ｓꎬ共 ４０ 个循环ꎻ溶解曲线从 ６０ ℃ 升 得到全部的 ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓ 后ꎬ通过 Ｔｒｉｎｉｔｙ 软件进
行从头组装ꎬ共组装出 １１６ ３８９ 个 ＵｎｉｇｅｎｅｓꎬＧＣ 含
温至 ９５ ℃ (１ ｍｉｎ)ꎮ 每个样品设 ４ 次技术重复ꎬ
－ΔΔＣＴ 量为 ４２.１％ꎬＮ５０ 为 ２６ ６３０ 个ꎬＮ５０ 值为１ ５７２ ｂｐꎬ
以 １８Ｓ 为内参基因进行表达量均一化ꎬ按照 ２
法(Ｌｉｖａｋ ＆ Ｓｃｈｍｉｔｔｇｅｎꎬ ２００３) 计算基因的相对表 最长 为 １９ ４００ ｂｐꎬ 最 短 为 ２０１ ｂｐꎬ 平 均 长 度 为
达量ꎬ利用 Ｅｘｃｅｌ ２０１９ 软件整理数据ꎬ使用 Ｒ 软件 １ ２３０ ｂｐꎬ 说 明 组 装 质 量 较 好ꎮ 对 组 装 出 来 的
Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 进 行 长 度 分 布 统 计ꎬ 转 录 组 得 到 的
进行数据的统计及制图ꎮ
Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 长 度 全 部 大 于 ２００ꎬ 其 中 有 ４７ ２０６ 个
２ 结果与分析 (４０.５６％) 的 长 度 在 ５０１ ｂｐ 至 １ ０００ ｂｐ 之 间ꎬ
３２ ９２９个(２８.２９％)长度在１ ００１ ｂｐ 至 ２ ０００ ｂｐ 之
２.１ 测序及数据质控 间ꎬ１８ ５８６ 个( １５.９７％) 长度在 ２００ ｂｐ 至 ５００ ｂｐ
对 ３０ 个文库进行高通量测序ꎬ共测得 ２０７ Ｇ 之间ꎬ１０ ２９９ 个 ( ８. ８５％) 长 度 介 于 ２ ００１ ｂｐ 至
的原始数据( 每个文库测得的数据≥６.９ Ｇ)ꎮ 利 ３ ０００ ｂｐ 之 间ꎬ 还 有 ７ ３６８ 个 ( ６.６３％ ) 大 于
用 ｆａｓｔｐ 软件对 ｒａｗ ｒｅａｄｓ 进行过滤ꎬ去掉含 ａｄａｐｔｅｒ ３ ０００ ｂｐꎮ
