Page 146 - 《广西植物》2026年第5期

８ ７ ８ 广 西 植 物 ４６ 卷
借超长读长ꎬ能够有效跨越重复序列区域ꎬ显著提 ５ ∶ １配制ꎮ ２０２２ 年 ３ 月ꎬ将部分植株分批野外回
升基因组组装的完整性与准确性ꎮ 近年来ꎬ采用 归至保护区内适宜生境中ꎮ
三代与二代测序相结合的混合校正策略ꎬ已成功 本实验以人工栽培于该保护区的山豆根为材
应用于红花蜡梅( Ｃｈｉｍｏｎａｎｔｈｕｓ ｐｒａｅｃｏｘ) ( Ｓｈｅｎ ｅｔ 料ꎬ具体采样方案如下:(１) 花期样品( 于 ２０２３ 年
ａｌ.ꎬ ２０２１)、向日葵列当( Ｏｒｏｂａｎｃｈｅ ｃｕｍａｎａ) 与埃 ６—７ 月盛花期采集大棚内栽培植株的花序)ꎻ(２)

及列当(Ｐｈｅｌｉｐａｎｃｈｅ ａｅｇｙｐｔｉａｃａ)(Ｘｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２)ꎬ 果期样品(于 ２０２３ 年 １０ 月结果期ꎬ选取野外回归
以及牡丹( Ｐａｅｏｎｉａ ｓｕｆｆｒｕｔｉｃｏｓａ) ( 冀含乐等ꎬ２０２４) 的健康植株ꎬ采集其主根、侧根、茎、叶和果实组
等多种重要经济植物ꎬ为获取高质量全长转录本 织)ꎮ 所有样品均设 ４ 个生物学重复ꎬ每个重复取

提供了可靠路径ꎮ ３ 株独立个体ꎬ取样后迅速液氮冷冻保存ꎮ
因此ꎬ获取山豆根的全长转录组数据并解析 １.３ ＲＮＡ 提取
不同组织间的转录差异ꎬ将有助于揭示其药效成 采用 植 物 ＲＮＡ 提 取 试 剂 盒 对 样 品 进 行 总
分积累的分子基础ꎬ也为该珍稀药用植物的资源 ＲＮＡ 提取ꎬ并通过多维度质量控制确保 ＲＮＡ 质
保护与可持续利用提供关键科学依据ꎮ 本研究以 量ꎮ 筛选符合以下标准的 ＲＮＡ 样品用于后续实
山豆根的主根( ｍａｉｎ ｒｏｏｔꎬＭＲ)、侧根( ｌａｔｅｒａｌ ｒｏｏｔꎬ 验:２８Ｓ / １８Ｓ ｒＲＮＡ 比值≥１.８ꎬＡ / Ａ 介于 １.８ 至
２６０ ２８０
ＬＲ)、茎(ｓｔｅｍꎬＳ)、叶(ｌｅａｆꎬＬ)、花序(ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅꎬ ２.０ 之间ꎬＲＮＡ 完整性 ＲＩＮ 值≥７.０ 且无明显降解
Ｉｎｆ) 和 果 实 ( ｆｒｕｉｔꎬ Ｆｒ) 共 ６ 种 组 织 为 材 料ꎬ 采 用 迹象ꎮ
ＰａｃＢｉｏ 三代测序技术进行全长转录组测序ꎬ并结 １.４ 全长转录组测序
合各组织二代测序数据进行联合校正ꎬ以获取高 将质量合格的 ＲＮＡ 样品按等物质的量浓度
精度的全长转录组信息及全面的组织差异表达 混合ꎬ按照 ＰａｃＢｉｏ 官方标准流程构建 ＳＭＲＴ ｂｅｌｌ
谱ꎮ 通过对测序数据的系统功能注释和比较转录 文库 ( Ｗｅｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９) ꎮ 库 检 合 格 后 使 用
组分析ꎬ本研究首次构建山豆根的基因组信息资 Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｌ 平 台 对 文 库 进 行 ＳＭＲＴ
源ꎬ以期为解析其药效成分生物合成分子机制及 测序ꎮ 同时对各组织来源的合格 ＲＮＡ 样品进行
挖掘关键功能基因奠定重要基础ꎮ Ｉｌｌｕｍｉｎａ 平台的二代转录组测序ꎬ所获数据用于
三代测序数据的校正、补充及不同组织的比较转
１ 材料与方法 录组分析ꎮ
１.５ 数据处理
１.１ 材料采集地概况 获得 ＰａｃＢｉｏ 平台的三代测序原始数据后ꎬ采
乌岩岭国家级自然保护区位于浙江省温州市 用 ＳＭＲＴｌｉｎｋ( ｖ１２.０.０) 软件包进行数据处理ꎮ 先
泰顺县西北部ꎬ是中国距东海最近的森林生态与 将 Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｒｅａｄｓ 拆分为 Ｓｕｂｒｅａｄｓꎬ再通过同一
野生动物类型国家级自然保护区ꎬ总面积近 ２ 万 Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｒｅａｄｓ 产生的 Ｓｕｂｒｅａｄｓ 进行自我纠错生
ｈｍ ꎬ森林覆盖率达 ９２.８％ꎬ动植物资源丰富ꎮ 该 成环 状 一 致 性 序 列 ( ｃｉｒｃｕｌａｒ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｓｅｑｕｅｎｃｅꎬ
２
区属南岭闽瓯中亚热带海洋性季风气候ꎬ温暖湿 ＣＣＳ)ꎮ 根据序列是否同时包含 ５′和 ３′端引物及
润、雨量充沛ꎬ年均气温 １５.２ ℃ ꎬ降水量 ２ １９５.８ ｐｏｌｙＡ 尾结 构ꎬ 将 序 列 分 类 为 全 长 非 嵌 合 ( ｆｕｌｌ￣
ｍｍꎬ平均相对湿度在 ８５％以上ꎮ 作为飞云江( 浙 ｌｅｎｇｔｈ ｎｏｎ￣ｃｈｉｍｅｒｉｃꎬ ＦＬＮＣ) 序 列 和 非 全 长 序 列ꎮ
江第四大河)的发源地ꎬ乌岩岭的原生植被保存完 随后对 ＦＬＮＣ 序列进行迭代聚类分析ꎬ获得高质量

整、物种丰富ꎮ 的一致性转录本序列ꎻ经转录本校正和聚类去冗
１.２ 材料和处理 余后ꎬ获得 Ｕｎｉｇｅｎｅꎮ
浙江乌岩岭国家级自然保护区内的山豆根野 １.６ 基因功能注释及结构分析
生种由保护区专业人员鉴定ꎬ于 ２０１７ 年采集种 使用 ＤＩＡＭＯＮＤ ＢＬＡＳＴＸ(ｖ２.０.９) 软件将获得
子ꎬ２０１８ 年统一育苗后ꎬ种植于该保护区上芳香保 的 Ｕｎｉｇｅｎｅ 序 列 与 ＫＥＧＧ( ｈｔｔｐ:/ / ｗｗｗ. ｇｅｎｏｍｅ. ｊｐ /
护点的科研大棚内(１１９°４０′４８.５２″Ｅ、２７°４１′３７.５４″ ｋｅｇｇ / )、ＮＲ ( ｈｔｔｐ:/ / ｆｔｐ. ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / ｂｌａｓｔ/ ｄｂ /
Ｎꎬ海拔 １ ０５０ ｍ)ꎮ ２０２０ 年 ５ 月中旬ꎬ将幼苗移栽 ＦＡＳＴＡ/ ｎｒ.ｇｚ)、ＧＯ(ｈｔｔｐ:/ / ｗｗｗ.ｇｅｎｅｏｎｔｏｌｏｇｙ.ｏｒｇ / )、
至塑料 盆 中ꎬ 栽 培 基 质 按 草 炭 与 珍 珠 岩 体 积 比 ＫＯＧ ( ｈｔｔｐ:/ / ｗｗｗ. ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / ＣＯＧ )、 Ｐｆａｍ