Page 151 - 《广西植物》2026年第5期

５ 期 许丽爱等: 濒危植物山豆根全长转录组测序与不同组织比较分析 ８ ８ ３

Ａ. ＲＮＡ 加工和修饰ꎻ Ｂ. 染色质结构和动力学ꎻ Ｃ. 能量产
图 ６ ＫＥＧＧ 通路分类
生与转换ꎻ Ｄ. 细 胞 周 期 调 控、细 胞 分 裂 与 染 色 体 分 配ꎻ
Ｅ. 氨基酸转运与代谢ꎻ Ｆ. 核苷酸转运与代谢ꎻ Ｇ. 碳水化 Ｆｉｇ. ６ ＫＥＧＧ ｐａｔｈｗａｙ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ
合物转运与代谢ꎻ Ｈ. 辅酶转运与代谢ꎻ Ｉ. 脂质转运与代
谢ꎻ Ｊ. 翻译、核糖体结构与生物发生ꎻ Ｋ. 转录ꎻ Ｌ. ＤＮＡ 复
制、重组与修复ꎻ Ｍ. 细胞壁 / 膜 / 被膜生物合成ꎻ Ｎ. 细胞运 ２.４ 山豆根 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 简单重复序列(ＳＳＲ)
动ꎻ Ｏ. 翻译后修饰、蛋白质周转与分子伴侣ꎻ Ｐ. 无机离子 对 ２１ ７０３ 个 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 进行 ＳＳＲ 分析ꎬ共鉴定
转运与代谢ꎻ Ｑ. 次生代谢物合成、转运与分解ꎻ Ｒ. 仅一般 出 ７ ６４９ 个 ＳＳＲ 位点ꎬ分布于 ６ ２６３ 个 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 中
功能预测ꎻ Ｓ. 未知功能ꎻ Ｔ. 信号转导机制ꎻ Ｕ. 细胞内运
(图 ８)ꎬ其中 １ １７２ 个 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 含有多个 ＳＳＲ 位
输、分泌 与 囊 泡 转 运ꎻ Ｖ. 防 御 机 制ꎻ Ｗ. 细 胞 外 结 构ꎻ
Ｙ. 核结构ꎻ Ｚ. 细胞骨架ꎮ 点ꎮ 对 ＳＳＲ 的类型和数量进行分析ꎬ发现 ＳＳＲ 种
Ａ. ＲＮＡ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎꎻ Ｂ. Ｃｈｒｏｍａｔｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ
类及数量极为丰富且各种类型的出现频率也有较
ｄｙｎａｍｉｃｓꎻ Ｃ. Ｅｎｅｒｇｙ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｏｎｖｅｒｓｉｏｎꎻ Ｄ. Ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ
大差 异ꎮ 共 鉴 定 出 ７ 种 类 型ꎬ 包 括 单 碱 基 重 复
ｃｏｎｔｒｏｌꎬ ｃｅｌｌ ｄｉｖｉｓｉｏｎꎬ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇꎻ Ｅ. Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ
ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｆ. Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ( ｍｏｎｏ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬ Ｍｏｎｏ )、 双 碱 基 重 复 ( ｄｉ￣
ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｇ. Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｈ.
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬＤｉ)、三碱基重复( ｔｒｉ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬＴｒｉ)、四
Ｃｏｅｎｚｙｍｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｉ. Ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ
碱基 重 复 ( ｔｅｔｒａ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬ Ｔｅｔｒａ)、 五 碱 基 重 复
ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｊ. Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎꎬ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓꎻ
Ｋ. Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎꎻ Ｌ. Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎꎬ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｐａｉｒꎻ ( ｐｅｎｔａ￣ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬ Ｐｅｎｔａ )、 六 碱 基 重 复 ( ｈｅｘａ￣
Ｍ. Ｃｅｌｌ ｗａｌｌ/ ｍｅｍｂｒａｎｅ/ ｅｎｖｅｌｏｐｅ ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓꎻ Ｎ. Ｃｅｌｌ ｍｏｔｉｌｉｔｙꎻ
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅꎬＨｅｘａ)和混合简单重复序列( ｃｏｍｐｏｕｎｄ
Ｏ. Ｐｏｓｔ￣ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎꎬ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｕｒｎｏｖｅｒꎬ ｃｈａｐｅｒｏｎｅｓꎻ
ＳＳＲꎬＣ￣ＳＳＲ)ꎮ 其中ꎬＣ￣ＳＳＲ 数量最多( ２ ２５１ 个ꎬ
Ｐ. Ｉｎｏｒｇａｎｉｃ ｉｏｎ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｑ. Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ
ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅｓ ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓꎬ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｃａｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｒ. Ｇｅｎｅｒａｌ ２９.４３％)ꎬ其 次 为 三 碱 基 重 复 ( Ｔｒｉ) ( ２ ０９７ 个ꎬ
ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｎｌｙꎻ Ｓ. Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｕｎｋｎｏｗｎꎻ Ｔ. Ｓｉｇｎａｌ
２７. ４２％) 且 以 ＡＡＧ / ＣＴＴ、 ＧＡＡ / ＴＴＧ 和 ＴＣＴ / ＡＧＡ
ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓꎻ Ｕ. Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｔｒａｆｆｉｃｋｉｎｇꎬ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎꎬ
为 主ꎮ 单 碱 基 重 复 ( Ｍｏｎｏ ) 共 有 １ ８２２ 个
ａｎｄ ｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｔｒａｎｓｐｏｒｔꎻ Ｖ. Ｄｅｆｅｎｓｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓꎻ Ｗ.
(２３.８２％)ꎬ以 Ａ / Ｔ 为主(１ ８０２个ꎬ９８.９０％)ꎻ双碱
Ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓꎻ Ｙ. Ｎｕｃｌｅａｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎻ Ｚ. Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ.
图 ５ 基于 ＫＯＧ 数据库的 Ｕｎｉｇｅｎｅｓ 功能注释分类统计 基重复(Ｄｉ)共有 １ ２０６ 个(１５.７７％)ꎬ以 ＴＣ / ＡＧ 和
ＴＣ / ＧＡ 为主(图 ８:Ａ)ꎮ 这些结果为进一步开发山
Ｆｉｇ. ５ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ
ｏｆ Ｕｎｉｇｅｎｅｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ＫＯＧ ｄａｔａｂａｓｅ 豆根分子标记提供了重要依据ꎮ
２.５ 山豆根不同组织差异表达基因统计比较分析
和 ｂＨＬＨ 家族(５９ 个)ꎮ 这些转录因子家族协同作 基于筛选标准( ｜ ｌｏｇ Ｆｏｌｄ Ｃｈａｎｇｅ ｜ ≥１ 且ＦＤＲ<
２
用ꎬ共同构成了山豆根特有的基因表达调控体系ꎮ ０.０５)ꎬ对山豆根 ６ 个组织间的 １５ 组两两比较进行