Page 23 - 《广西植物》2026年第9期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｓｅｐｔ. ２０２６ꎬ ４６(９): １４５９－１４７０
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２５０９０５０
李佳ꎬ 文婧怡冉ꎬ 韩立敏ꎬ 等ꎬ ２０２６. 丽江云杉叶绿体基因组序列特征及系统发育分析 [ Ｊ]. 广西植物ꎬ ４６(９):
１４５９－１４７０.
Ｌｉ Ｊꎬ Ｗｅｎ Ｊ Ｙ Ｒꎬ Ｈａｎ Ｌ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２６. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｐｉｃｅａ ｌｉｋｉａｎｇｅｎｓｉｓ
[Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４６(９): １４５９－１４７０.
丽江云杉叶绿体基因组序列特征及系统发育分析
李 佳 ꎬ 文婧怡冉ꎬ 韩立敏ꎬ 刘 菲ꎬ 王梦婷
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( 陕西学前师范学院 生物食品与化学学院ꎬ 西安 ７１０１００ )
摘 要: 云杉属植物形态高度相似ꎬ其属内系统发育关系复杂ꎬ基于叶绿体基因组序列可以解析该属的系统
发育关系ꎬ并为谱系地理学及细胞器基因组多样性的研究提供依据ꎮ 丽江云杉(Ｐｉｃｅａ ｌｉｋｉａｎｇｅｎｓｉｓ)隶属于松
科云杉属ꎬ其生长迅速、材质优良ꎬ是重要的用材与造林树种ꎬ且有重要经济和生态价值ꎮ 鉴于其叶绿体基
因组序列尚未被解析ꎬ该研究采用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖａＳｅｑ ６０００ 平台对丽江云杉叶绿体全基因组进行测序ꎬ使用
ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ 软件进行组装ꎬ利用 ＭＩＳＡ 和 Ｔａｎｄｅｍ ｒｅｐｅａｔ ｆｉｎｄｅｒ 软件分析重复序列ꎬ采用 ＣｏｄｏｎＷ 软件分析密
码子使用偏性ꎬ以及利用 ＰｈｙｌｏＳｕｉｔｅ 软件重建了 １７ 种云杉属植物的系统发育关系ꎮ 结果表明:(１)丽江云杉
叶绿体基因组总长 １２４ ２０７ ｂｐꎬＧＣ 含量为 ３８.７４％ꎬ共编码 １１３ 个基因ꎬ包含 ７４ 个蛋白质编码基因、３５ 个
ｔＲＮＡ 基因和 ４ 个 ｒＲＮＡ 基因ꎮ (２)共检测到 ２９ 个简单重复序列和 ２９ 个串联重复序列ꎬ其中简单重复序列
以单核苷酸重复为主(２２ 个)ꎬ另有 ７ 个为双核苷酸重复ꎮ (３)共鉴定出 ３０ 个高频密码子(ＲＳＣＵ>１)ꎬ其中
密码子 ＡＧＡ(编码精氨酸)的使用度最高ꎮ (４)系统发育基因组学分析显示ꎬ巨云杉(Ｐ. ｓｉｔｃｈｅｎｓｉｓ)位于该属
基部类群ꎬ剩余云杉属植物被分为两大类群ꎬ丽江云杉与麦吊云杉(Ｐ. ｂｒａｃｈｙｔｙｌａ)亲缘关系最近ꎮ 该研究结
果解析了丽江云杉的叶绿体基因组特征ꎬ并重建了云杉属的系统发育关系ꎬ为后续研究该属植物的遗传多
样性及良种选育工作提供了数据基础ꎮ
关键词: 丽江云杉ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 密码子偏好性ꎬ 重复序列ꎬ 系统发育基因组学
中图分类号: Ｑ９４９ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２６)０９￣１４５９￣１２
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｐｉｃｅａ ｌｉｋｉａｎｇｅｎｓｉｓ
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ＬＩ Ｊｉａ ꎬ ＷＥＮ Ｊｉｎｇｙｉｒａｎꎬ ＨＡＮ Ｌｉｍｉｎꎬ ＬＩＵ Ｆｅｉꎬ ＷＡＮＧ Ｍｅｎｇｔｉｎｇ
( Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙꎬ Ｓｈａａｎｘｉ Ｘｕｅｑｉａｎ Ｎｏｒｍａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｘｉ’ａｎ ７１０１００ꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ａｍｏｎｇ Ｐｉｃｅａ ｓｐｅｃｉｅｓ ａｒｅ ｈｉｇｈｌｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ｄｕｅ ｔｏ ｔｈｅｉｒ ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ
ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｃａｎ ｂｅ ｕｔｉｌｉｚｅｄ ｔｏ ｒｅｓｏｌｖｅ ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｗｉｔｈｉｎ Ｐｉｃｅａ ａｎｄ
收稿日期: ２０２６－０１－１２ 接受日期: ２０２６－０２－０３
基金项目: 陕西省科协青年人才托举计划项目(２０２２０２２０)ꎻ 陕西省教育厅科研计划项目(２５ＪＰ０４０)ꎻ 陕西学前师范学院校级大
学生创新创业训练计划项目(２０２５ＤＣ０９１)ꎻ 陕西高校青年创新团队项目“秦岭药食同源生物资源保护与利用”ꎻ 陕西学前师范学
院青年教师创新能力提升计划项目(２０２２ＱＮ０３)ꎮ
第一作者: 李佳(１９８８—)ꎬ博士ꎬ高级实验师ꎬ研究方向为植物系统与进化ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ａｎｊｉｎｇ＿８８０７０２＠ １２６.ｃｏｍꎮ
通信作者
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