Page 26 - 《广西植物》2026年第9期
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１ ４ ６ ２ 广 西 植 物 ４６ 卷
ＲＳＣＵ)分析ꎬ所有参数均设置为默认值ꎬ最后得出 ｔｒｎＳ￣ＧＣＵ ５ 个基因均有 ２ 个拷贝ꎮ 丽江云杉叶绿
丽江云杉叶绿体基因组密码子使用情况ꎬＲＳＣＵ> 体基因组中共鉴定出 １４ 个含有内含子的基因ꎬ分
１、 ＝ １、<１ 分别代表该密码子使用频率较高、无偏 别为 ａｔｐＦ、ｐｅｔＢ、ｐｅｔＤ、ｒｐｏＣ１、ｒｐｌ２、ｒｐｌ１６、ｙｃｆ３、ｒｐｓ１２
好性、较低ꎮ ８ 个 蛋 白 编 码 基 因 和 ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ、 ｔｒｎＧ￣ＧＣＣ、 ｔｒｎＩ￣
１.６ 系统发育分析 ＧＡＵ、ｔｒｎＫ￣ＵＵＵ、 ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ、 ｔｒｎＶ￣ＵＡＣ ６ 个 ｔＲＮＡ 基
从 ＮＣＢＩ 下载了已公布的所有 １６ 种云杉属植 因ꎮ 除 ｙｃｆ３ 基因序列含有 ２ 个内含子以外ꎬ其余
物 材 料ꎬ 以 及 两 个 外 类 群 银 杉 ( Ｃａｔｈａｙａ 基因均只有 １ 个内含子ꎮ
ａｒｇｙｒｏｐｈｙｌｌａꎬ ＮＣ ＿ ０１４５８９ ) 和 白 皮 松 ( Ｐｉｎｕｓ ２.２ 重复序列分析
ｂｕｎｇｅａｎａꎬＮＣ＿０２８４２１) 进行系统发育重建ꎮ 采用 ＳＳＲ 一般由 １ ~ ６ 个核苷酸重复多次构成ꎬ真
ＰｈｙｌｏＳｕｉｔｅ ｖ１.２.２ 软件(Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０) 进行分 核生物基因组中普遍存在ꎬ被广泛应用于系统发
析ꎬ提取到 ７２ 个共有的蛋白编码基因ꎬ选择该软 育、谱系地理、遗传图谱及遗传多样性等方面的研
件 中 内 置 的 ＭＡＦＦＴ￣ｖ７. ５０５ ( Ｋａｔｏｈ ＆ Ｓｔａｎｄｌｅｙꎬ 究ꎮ 在丽江云杉叶绿体基因组中ꎬ共检测到 ２９ 个
２０１３)分别进行序列比对ꎬ比对策略选用 ＦＦＴ￣ＮＳ￣ ＳＳＲꎬ单核苷酸重复 ２２ 个ꎬ其中 ２０ 个均是 Ａ / Ｔ 类
１ꎬ之 后 串 联 为 一 个 序 列ꎬ 利 用 ＰａｒｔｉｔｉｏｎＦｉｎｄｅｒ２ 型的重复ꎬ仅有 ２ 个是 Ｇ / Ｃ 重复ꎬ双核苷酸重复 ７
(Ｌａｎｆｅａｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７)分别选择适用于最大似然法 个ꎬ全部为 ＡＴ / ＴＡ 重复ꎬ没有检测到三、四、五等其
和贝叶斯法的最优替换模型ꎬ最大似然法采用 ＩＱ￣ 他类型的核苷酸重复( 图 ２)ꎮ 从所在区域来看ꎬ
ＴＲＥＥ( Ｎｇｕｙｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５) 模块ꎬ自展值设置为 ２３ 个 位 于 基 因 间 隔 区 ( ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｓｐａｃｅｒ ｒｅｇｉｏｎꎬ
１ ０００进行系统发育重建ꎬ贝叶斯法采用 ＭｒＢａｙｅｓ ＩＧＳ)ꎬ２ 个位于 ｒｐｏＣ１ 内含子ꎬ３ 个分别位于 ｔｒｎＧ￣
ｖ３.２( Ｒｏｎｑｕｉｓｔ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２) 进 行 计 算ꎬ马 尔 科 夫 ＧＣＣ、ｒｐｌ１６ 和 ｙｃｆ３ 内含子区域ꎬ１ 个位于 ｐｓｂＺ 基因
链－蒙特卡罗( Ｍａｒｋｏｖ Ｃｈａｉｎ Ｍｏｎｔｅ ＣａｒｌｏꎬＭＣＭＣ) 的蛋白编码序列区( ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｇｉｏｎꎬＣＤＳ)ꎮ
运行 １ ０００ ０００ 代ꎬ每 １ ０００ 代取样 １ 次ꎬ２ 线程运 这说明丽江云杉叶绿体基因组 ＳＳＲ 序列更偏好
行ꎬ链设置为 ４ 条ꎬＢｕｒｎｉｎ 比率值设置为 ０.２５ꎬ得 Ａ / Ｔ 碱基ꎬ并且大多数位于 ＩＧＳꎮ 这些 ＳＳＲ 标记将
出的两个树文件利用 ｉＴＯＬ( ｈｔｔｐｓ: / / ｉｔｏｌ.ｅｍｂｌ.ｄｅ / ) 为未来研究云杉属物种遗传标记和遗传多样性提
(Ｌｅｔｕｎｉｃ ＆ Ｂｏｒｋꎬ ２００７)在线网址进行美化ꎮ 供可靠的信息ꎮ
丽江云杉叶绿体基因组中包含 ２９ 个串联重复
２ 结果与分析 序列(ＴＲＳ)(图 ２)ꎮ 串联重复单元长度为 １２ ~ ９９
ｂｐꎬ重复次数为 ２ ~ ９ 次ꎬ总长度为 ２５ ~ ２７０ ｂｐꎮ 最
２.１ 丽江云杉叶绿体基因组基本特征 短的一段位于 ｔｒｎＶ￣ＵＡＣ 内含子区域ꎬ是一段长度
ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ 软件拼接得到的 １５ 条丽江云杉 为 １２ ｂｐ 的序列且重复了 ２.１ 次ꎻ最长的一段为
叶绿体全基因组序列长度一致ꎬ均为 １２４ ２０７ ｂｐꎬ ２７０ ｂｐꎬ位于 ｙｃｆ１ 基因内部ꎬ是一段长度为 ９９ ｂｐ
根据 ｒｅａｄｓ ｍａｐｐｉｎｇ 结果ꎬ显示 １５ 条序列均有较多 的序列且重复了 ２.７ 次ꎮ 就分布位置而言ꎬ１１ 个
的 ｒｅａｄｓ 覆盖ꎬ说明丽江云杉叶绿体基因组结构存 位于 ＩＧＳꎬｔｒｎＲ￣ＣＣＧ－ｒｂｃＬ 间区包含 ４ 段 ＴＲＳꎬ其余
在同分异构体形式ꎬ结构比较多样ꎮ 选择与参考 位置均只有 １ 个ꎻ２ 个位于内含子区( ｉｎｔｒｏｎ ｒｅｇｉｏｎꎬ
序列比对覆盖度较高的一条提交至 ＧｅｎＢａｎｋ(登录 Ｉｎｔｒｏｎ)ꎬ分别是 ｐｅｔＢ 和 ｔｒｎＶ￣ＵＡＣ 基因的内含子区
号为 ＰＶ５４３６３７)并进行后续分析ꎮ 丽江云杉叶绿 域ꎻ１６ 个位于 ＣＤＳꎬ其中 ｙｃｆ１ 和 ｙｃｆ３ 基因内部分别
体基因组 ＧＣ 含量为 ３８.７４％ꎬ呈圆环状ꎬ缺失了一 有 １０ 个和 ３ 个ꎬｒｐｏＣ１ 和 ｒｐｓ８ 分别包含 ２ 个和 １ 个
段 ＩＲ 区序列ꎬ不是典型的四分体结构(图 １)ꎬ但是 ＴＲＳꎮ 总体而言ꎬｙｃｆ１ 基因是富含串联重复序列的
丽江云杉叶绿体基因组中存在 ４ 段短的反向重复 区域ꎮ
序列ꎬ其长度分别为 ６５１、５４０、３５３、２８０ ｂｐꎬ分别包 ２.３ 密码子偏好性分析
含了 ｐｓｂＩ、ｙｃｆ１２、ｔｒｎＩ￣ＣＡＵ 及 ｔｒｎＨ￣ＧＵＧ 基因ꎮ 丽江 密码子使用偏好性结果(图 ３)显示ꎬ在丽江云
云杉叶绿体基因组共有 １１３ 个基因ꎬ其中包括 ７４ 杉中ꎬ存在 ３０ 个高频密码子( ＲＳＣＵ > １)ꎬ其中以
个蛋白质编码基因、３５ 个 ｔＲＮＡ 基因及 ４ 个 ｒＲＮＡ Ｕ、Ａ、Ｇ 结尾的分别有 １６ 个、１３ 个、１ 个ꎬ说明丽江
基因(表 １)ꎬ其中 ｐｓｂＩ、ｙｃｆ１２、ｔｒｎＨ￣ＧＵＧ、ｔｒｎＩ￣ＣＡＵ、 云杉叶绿体基因组的密码子偏好以 Ｕ 或 Ａ 碱基结
