Page 37 - 《广西植物》2026年第9期
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９ 期                 肖金妃等: 镰花黄堇在中国的分布确认及其系统发育位置解析                                          １ ４ ７ ３

            精细解剖图、鉴别特征和分布信息ꎬ并基于叶绿体                             参数设置为“￣Ｒ １５ ￣ｋ ２１ꎬ４５ꎬ６５ꎬ８５ꎬ１０５ꎬ１２７ ￣Ｆ
            基因组数据明确了其系统发育位置ꎮ                                   ｅｍｂｐｌａｎｔ＿ ｐｔ”ꎮ 由 于 其 中 １４ 个 样 品 仅 组 装 至
                                                               Ｓｃａｆｆｏｌｄ 水平ꎬ因此将每个样品的 Ｓｃａｆｆｏｌｄ 序列以
            １  材料与方法                                           ２００ 个“Ｎ”串联为单条序列后ꎬ与完整的叶绿体基
                                                               因组一并以已发表的皱波黄堇的叶绿体基因组序
            １.１ 野外考察与物种鉴定                                      列 ( ＧｅｎＢａｎｋ 登 录 号: ＯＮ１５２７７３ ) 为 参 考ꎬ 使 用

                 本研究团队分别于 ２０２４ 年 ４ 月和 ２０２５ 年 ６                 Ｐｌａｓｔｉｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎｎｏｔａｔｏｒ( ＰＧＡ) ( Ｑｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９)
            月前往西藏自治区错那市勒布沟开展了野外科学                              进行注释ꎮ 最后ꎬ在 Ｇｅｎｉｏｕｓ Ｐｒｉｍｅ( Ｋｅａｒｓｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ
            考察ꎬ采集了镰花黄堇的凭证标本ꎬ并将其新鲜叶                             ２０１２)中对注释结果进行人工校正和调整ꎮ

            片置于硅胶中迅速干燥保存ꎬ用于后续分子实验ꎮ                             １.４ 系统发育重建
            同时ꎬ本研究对植株整体形态及叶片、花冠和蒴果                                 基于 最 新 的 紫 堇 属 分 类 系 统 ( Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ
            等关键形态特征进行了细致解剖观察ꎬ并附上比                              ２０２３)ꎬ本研究共选取 ２４ 个物种、３２ 份样品开展系
            例尺进行拍照记录ꎮ                                          统发育分析ꎬ包括皱波黄堇组(６ 种)、须弥黄堇组
                 在物种鉴定过程中ꎬ本研究主要参考了«西藏                          (Ｃ. ｓｅｃｔ. Ｃｈｒｙｓｏｃａｐｎｏｓ Ｗｅｎｄｅｌｂｏꎬ３ 种)、糙果紫堇组
            植物志»(吴征镒ꎬ１９８５)、«中国植物志» ( 吴征镒ꎬ                      [Ｃ. ｓｅｃｔ. Ｔｒａｃｈｙｃａｒｐａｅ (Ｆｅｄｄｅ) Ｆｅｄｄｅꎬ３ 种]、卡惹拉
            １９９９)、Ｆｌｏｒａ ｏｆ Ｃｈｉｎａ(Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００８)ꎬ以及该       黄堇 组 ( Ｃ. ｓｅｃｔ. Ｉｎｏｐｉｎａｔａｅ Ｊ. Ｔ. Ｃｈｅｎꎬ Ｔ. Ｄｅｎｇꎬ
            物种的原始文献( Ｌｏｎｇꎬ １９８４) 和模式标本ꎬ对相                      Ｌｉｄéｎ ＆ Ｈ. Ｓｕｎꎬ ３ 种 )、 类 烟 堇 组 ( Ｃ. ｓｅｃｔ.
            关形态特征进行了详细比较和核对ꎮ 使用 ＩｍａｇｅＪ                         Ｆｕｍａｒｉｏｉｄｅｓ Ｌｉｄéｎꎬ ３ 种)、 米 林 紫 堇 组 ( Ｃ. ｓｅｃｔ.
            软件(Ａｂｒàｍｏｆｆ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４) 对带比例尺的野外形                Ｌｕｐｉｎｏｉｄｅｓ Ｊ. Ｔ. Ｃｈｅｎꎬ Ｔ. Ｄｅｎｇꎬ Ｌｉｄéｎ ＆ Ｈ. Ｓｕｎꎬ１
            态照片和标本进行测量ꎮ                                        种)、 南 黄 堇 组 ( Ｃ. ｓｅｃｔ. Ｄａｖｉｄｉａｎａｅ Ｃ. Ｙ. Ｗｕ ＆
            １.２ ＤＮＡ 提取与测序                                      Ｈ. Ｃｈｕａｎｇꎬ ３ 种 ) 以 及 双 斑 黄 堇 组 ( Ｃ. ｓｅｃｔ.
                 采用改良的 ＣＴＡＢ 法( Ｄｏｙｌｅ ＆ Ｄｏｙｌｅꎬ １９８７)            Ｂｉｍａｃｕｌａｔａｅ Ｊ. Ｔ. Ｃｈｅｎꎬ Ｌｉｄéｎꎬ Ｔ. Ｄｅｎｇ ＆ Ｈ. Ｓｕｎꎬ２
            提取镰花黄堇的总 ＤＮＡꎬ并用 Ｑｕｂｉｔ 荧光计( Ｑｕｂｉｔ                   种)ꎮ 根据 Ｃｈｅｎ 等(２０２３)的研究结果ꎬ选取双斑黄
            Ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｅｒ)检测 ＤＮＡ 的质量和浓度ꎮ 检测合格                    堇(Ｃ. ｂｉｍａｃｕｌａｔａ Ｃ. Ｙ. Ｗｕ ＆ Ｔ. Ｙ. Ｓｈｕ) 和伞花黄
            后ꎬ使用 Ｃｏｖａｒｉｓ 超声波破碎仪进行 ＤＮＡ 随机片段                     堇(Ｃ. ｃｏｒｙｍｂｏｓａ Ｃ. Ｙ. Ｗｕ ＆ Ｔ. Ｙ. Ｓｈｕ) 作为外类
            化ꎬ 随 后 进 行 测 序 文 库 构 建ꎮ 文 库 质 量 采 用                群ꎮ 所有样品的数据来源见表 １ꎮ
            Ａｇｉｌｅｎｔ ５４００ ｓｙｓｔｅｍ 进行检测ꎬ并利用 ｑＰＣＲ 方法                   构 建 矩 阵 时ꎬ 先 使 用 脚 本 “ ｇｅｔ ＿ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ＿
            准确测定文 库 的 有 效 浓 度ꎮ 最 终 在 ＤＮＢＳＥＱ￣Ｔ７                 ｒｅｇｉｏｎｓ＿ｆｒｏｍ＿ｇｂ.ｐｙ”(Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０) 提取叶绿
            平台(天津诺禾致源科技有限公司) 进行高通量测                            体基因组编码区ꎬ再选取 ６４ 个编码序列用于后续
            序ꎬ获得约 １０ Ｇｂ 的测序数据ꎮ                                 分析ꎮ 使用软件 ＭＡＦＦＴ ｖ７.５２６(Ｋａｔｏｈ ＆ Ｓｔａｎｄｌｅｙꎬ
            １.３ 叶绿体基因组组装与注释                                    ２０１３)进行序列比对后ꎬ再在 ＰｈｙｌｏＳｕｉｔｅ ｖ２(Ｚｈａｏ ｅｔ
                 除镰花黄堇为本研究新测序数据以外ꎬ本研                           ａｌ.ꎬ ２０２５) 中利用 Ｇｂｌｏｃｋｓ( Ｔａｌａｖｅｒａ ＆ Ｃａｓｔｒｅｓａｎａꎬ

            究 团 队 还 从 ＮＣＢＩ 数 据 库 ( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ. ｎｃｂｉ.       ２００７)去除比对中的模糊区域ꎬ最后用 Ｃｏｎｃａｔｅｎａｔｅ
            ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ)下载了 ５ 个已发表的叶绿体基因组及                     Ｓｅｑｕｅｎｃｅ 功能获得串联矩阵ꎮ
            ２６ 个基因组浅层测序原始数据ꎮ 对新测序数据和                               系 统 发 育 树 采 用 最 大 似 然 法 ( ｍａｘｉｍｕｍ
            下载的原始数据进行叶绿体基因组的组装后ꎬ对                              ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄꎬＭＬ) 进 行 重 建ꎬ 分 析 软 件 为 ＲＡｘＭＬ￣
            所有叶绿体基因组进行统一注释与基因提取ꎬ以                              ＨＰＣ２ ｖ. ８. １. １１ ( Ｓｔａｍａｔａｋｉｓꎬ ２０１４ )ꎬ ｂｏｏｔｓｔｒａｐ

            用于后续的系统发育分析ꎮ                                       ｉｔｅｒａｔｉｏｎｓ(￣＃ ｜ ￣Ｎ)参数设置为 １ ０００ꎮ
                 首先ꎬ利用 Ｆａｓｔｐ ｖ１.０.１(Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８) 对
            ２７ 个原始测序数据进行质量控制ꎬ去除接头序列                            ２  结果与分析
            和低质量读段ꎬ获得高质量洁净数据( ｃｌｅａｎ ｄａｔａ)
            用于后续分析ꎮ 然后ꎬ采用 ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ ｖ １.７.７.１               ２.１ 镰花黄堇的形态描述
            (Ｊｉｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０)进行叶绿体基因组的从头组装ꎬ                       镰花黄堇(新拟)(图 １ 和图 ２)
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