Page 50 - 《广西植物》2026年第9期

１ ４ ８ ６ 广 西 植 物 ４６ 卷
续表 １
基因数量 假基因 /
基因组大小 反向重复区 大单拷贝区 小单拷贝区
样本 Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｇｅｎｅｓ 基因丢失∗
Ｇｅｎｏｍｅ ｓｉｚｅ ＩＲ ｒｅｇｉｏｎ ＬＳＣ ｒｅｇｉｏｎ ＳＳＣ ｒｅｇｉｏｎ
Ｓａｍｐｌｅ (ＰＣＧｓ/ ｔＲＮＡ / Ｐｓｅｕｄｏｇｅｎｅｓ/
(ｂｐ) (ｂｐ) (ｂｐ) (ｂｐ)
ｒＲＮＡ) Ｇｅｎｅ ｌｏｓｓ∗
Ｐ. ｓｔｅｉｎｉｎｇｅｒｉ Ｓ０４３３０ １５１ ８５４(３８.３１) ２５ ６２３(４３.３４) ８３ ２５５(３６.４２) １７ ３５３(３２.５０) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｓｔｅｉｎｉｎｇｅｒｉ Ｓ１００４７ １５１ ９０８(３８.３１) ２５ ６２４(４３.３４) ８３ ２６１(３６.４２) １７ ３９９(３２.５４) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｏｎｇｏｌｅｎｓｉｓ Ｐ０６６ １５１ ８５０(３８.３１) ２５ ６３０(４３.３４) ８３ ２４０(３６.４４) １７ ３５０(３２.５２) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｃｈｏｃｙｍｂａ Ｓ０４３２９ １５１ ７４９(３８.３１) ２５ ６２２(４３.３４) ８３ １３４(３６.４４) １７ ３７１(３２.４７) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｃｈｏｃｙｍｂａ Ｓ１１９７１ １５１ ８６５(３８.３２) ２５ ５３９(４３.４１) ８３ ４４５(３６.４２) １７ ３４２(３２.５４) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｃｈｏｃｙｍｂａ Ｓ１６４１１ １５１ ８８１(３８.３１) ２５ ６２４(４３.３５) ８３ ２５９(３６.４２) １７ ３７４(３２.５３) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｃｈｏｃｙｍｂａ Ｗ２０２１０９３ １５１ ６６１(３８.３３) ２５ ５１８(４３.３７) ８３ １８５(３６.４４) １７ ４４０(３２.５８) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｃｈｏｇｌｏｓｓａ Ｗ２０２１０９４ １５１ ８７８(３８.３３) ２５ ６３３(４３.３５) ８３ ２４９(３６.４６) １７ ３６３(３２.５１) ７７ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡꎻ ｎｄｈＩ
Ｐ. ｔｒｉｃｈｏｍａｔａ ＬＲ２０２０７１５０１ １５１ ８０８(３８.３２) ２５ ６２４(４３.３４) ８３ １８５(３６.４５) １７ ３７５(３２.４６) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｃｈｏｍａｔａ Ｓ１６５１３ １５１ ８７１(３８.３２) ２５ ６２５(４３.３４) ８３ ２７８(３６.４３) １７ ３４３(３２.５２) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｃｈｏｍａｔａ ＷＹ２０２２４０ １５１ ８１４(３８.３２) ２５ ６２４(４３.３４) ８３ １９９(３６.４４) １７ ３６７(３２.４８) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｓｔｉｓ Ｐ１１７ １５２ １４８(３８.３０) ２５ ７０１(４３.３０) ８３ ４７２(３６.４３) １７ ２７４(３２.５１) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｓｔｉｓ Ｓ１６５０６ １５２ １７８(３８.３０) ２５ ７０１(４３.２９) ８３ ４９３(３６.４３) １７ ２８３(３２.４７) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｔｒｉｓｔｉｓ ＷＹ２０２４０９ １５２ １７４(３８.３１) ２５ ７００(４３.３１) ８３ ４５０(３６.４５) １７ ３２４(３２.４７) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
Ｐ. ｘｉｑｉｎｇｓｈａｎｅｎｓｉｓ ＷＹ２０２４１１ １５１ ８２４(３８.３１) ２５ ６３６(４３.３４) ８３ １９４(３６.４１) １７ ３５８(３２.５５) ７８ / ３０ / ４ ｙｃｆ１５ꎻ ｃｃｓＡ
注: ∗表示基因丢失ꎻ 括号内的数值为 ＧＣ 含量(％)ꎮ
Ｎｏｔｅ: ∗ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｇｅｎｅ ｌｏｓｓꎻ ｖａｌｕｅｓ ｉｎ ｐａｒｅｎｔｈｅｓｅｓ ｉｎｄｉｃａｔｅ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ (％).

在重复序列层面ꎬ６ 个物种的 ＤＲＳｓ 和 ＳＳＲｓ 数 ｔｒｎＳ￣ＵＧＡ、ｐｅｔＡ － ｐｓｂＪ、ｐｓｂＥ － ｐｅｔＬ、ｒｐｓ１８ － ｒｐｌ２０、ｙｃｆ１、
量在种内波动均很小(除样本 Ｓ１６５１３ 外)ꎬ其种内 ｎｄｈＡ 和 ｃｃｓＡ－ｒｐｌ３２(图 ４:Ａ)ꎮ
最大差异值均不超过 ７ 个(图 ３)ꎮ 例如ꎬ在阴郁马 对粗野－缘毛分支中 ７８ 个 ＰＣＧｓ 的选择压力
先蒿中ꎬＤＲＳｓ 数量范围为 ７６ ~ ７９ 个ꎬＳＳＲｓ 数量范 分析显示ꎬ这些基因普遍经历了纯化选择ꎮ Ｋａ / Ｋｓ
围为 ４６ ~ ４９ 个ꎻ 在 红 毛 马 先 蒿 中ꎬ ＤＲＳｓ 数 量 为 值由低值主导ꎬ仅有少数高值ꎬ平均值为 ０.１４５( 图
８１ ~ ８３ 个ꎬＳＳＲｓ 为 ３８ ~ ４３ 个ꎮ 需要指出的是ꎬ须 ４:Ｂ)ꎮ 其中ꎬｙｃｆ２ 基因 的 Ｋａ / Ｋｓ 值 最 高ꎬ平 均 为

毛马先蒿的 ３ 个样本 ＤＲＳｓ 数量分别为 ７９ 个、８１ ０.６７７ꎮ 根据功能ꎬ质体基因被分为 ３ 组:光合作用
个和 ９７ 个ꎮ 其中ꎬ样本 Ｓ１６５１３ 的数值(９７) 明显 相关基因(绿色背景)、质体遗传表达相关基因( 黄
高于同种其余样本ꎮ 经过仔细检查ꎬ我们发现这 色背景)和其他基因(白色背景)ꎬ其 Ｋａ / Ｋｓ 平均值
是该样本中 １ 个较长的 ＡＴ 重复导致的散在重复 分别为 ０.１１１、０.２０７ 和 ０.３５５(图 ４:Ｂ)ꎮ

序列错误识别( 附录 ９)ꎮ 排除这一识别偏差后ꎬ ２.５ 祖先状态重建分析
该物种的重复序列数量在种内无明显差异ꎮ 在粗野－缘毛分支中ꎬ包括 ｃｃｓＡ、ｙｃｆ１５、ａｃｃＤ 和
２.４ 序列多态性与选择压力分析 ｎｄｈ 在内的基因出现假基因化或丢失ꎮ 其中ꎬｃｃｓＡ
对粗野－缘毛分支的 ３９ 个叶绿体基因组进行 和 ｙｃｆ１５ 在该分支所有样本中一致表现为假基因
序列多态性分析ꎬ共鉴定出 ３ ２８６ 个多态性位点和 化ꎮ 祖先状态重建分析表明ꎬｃｃｓＡ 的假基因化发生
３５ 种单倍型ꎮ 核 苷 酸 多 态 性 ( Ｐｉ) 值 范 围 为 ０ ~ 在马先蒿属的共同祖先中ꎬ而 ｙｃｆ１５ 的假基因化则
０.０１９ꎬ平均值为 ０.００４ꎮ 在叶绿体基因组的不同区 发生在粗野－缘毛分支的早期祖先中( 附录 １０)ꎮ
域中ꎬＳＳＣ 区 的 平 均 Ｐｉ 值 最 高 ( ０. ００８)ꎬ 其 次 是 ｎｄｈ 基因的假基因化或丢失事件零星发生ꎬ主要出
ＬＳＣ 区(平均值为 ０.００５)ꎬ而 ＩＲ 区最小( 平均值为 现在亚分支 ３ 和亚分支 ７ꎮ 在亚分支 ７ 中ꎬ红毛马
０.００１)ꎮ 高变区( 前 ５％ꎬＰｉ≥０.０１１) 主要位于以 先蒿的 ｎｄｈ 基因功能状态表现出种内变异ꎻ而在
下区 域: ｒｐｓ１６ － ｔｒｎＱ￣ＵＵＧ、 ｔｒｎＣ￣ＧＣＡ － ｐｅｔＮ、 ｐｓｂＣ － 亚分支 ３ 中ꎬ祖先状态重建分析显示ꎬｎｄｈＤ、ｎｄｈＦ