Page 45 - 《广西植物》2020年第2期

１ ８ ２ 广 西 植 物 ４０ 卷
本研究 发 现ꎬ两 种 梧 桐 中 ２９ 个 高 频 密 码 子 ２００４. Ｃｏｄｏｎ ｂｉａｓ ａｎｄ ｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓ ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ
(ＲＳＣＵ>１)第 ３ 位碱基主要以 Ａ / Ｕ 结尾ꎬ与前人 [Ｊ]. Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌꎬ ２２(７): ３４６－２５３.
ＨＡＵＰＴ Ｓꎬ ＺＩＥＧＬＥＲ Ａꎬ ＣＯＷＡＮ Ｇꎬｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９. Ｓｔｕｄｉｅｓ ｏｆ
在其他植物中的研究结果相似( 尚明照等ꎬ２０１１ꎻ
ｔｈｅ ｒｏｌｅ ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｏｆ ｂａｒｌｅｙ ｓｔｒｉｐｅ ｍｏｓａｉｃ ｖｉｒｕｓ ｅｎｃｏｄｅｄ
秦政等ꎬ２０１８)ꎮ 与高表达密码子进行综合分析ꎬ
ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｉｎ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｏｖｅｍｅｎｔ ｕｓｉｎｇ ＧＦＰ ｆｕｓｉｏｎｓ
最终确定美丽梧桐的最优密码子为 １７ 个ꎬ云南梧 [Ｍ]. Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌꎬ ５１５: ２８７－２９７.
桐 １８ 个ꎬ 分 别 为 ＧＣＡ、 ＵＧＵ、 ＧＡＡ、 ＵＵＵ、 ＧＧＡ、 ＨＵ ＳＳꎬ ＬＵＯ Ｈꎬ ＷＵ Ｑꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６. Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ
ｂｉａｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ ｔａｒｔａｒｙ ｂｕｃｋｗｈｅａｔ [ Ｊ]. Ｍｏｌ
ＧＧＵ、 ＣＡＵ、 ＡＵＵ、 ＡＡＡ、 ＵＵＡ、 ＣＡＡ、 ＣＧＡ、 ＣＧＵ、
Ｐｌａｎｔ Ｂｒｅｅｄꎬ １４(２): ３０９－３１７. [胡莎莎ꎬ 罗洪ꎬ 吴琦ꎬ 等ꎬ
ＡＧＵ、ＡＣＡ、ＡＣＵ( 为 Ｆ. ｍａｊｏｒ 优越密码子)、ＧＵＡ、 ２０１６. 苦荞叶绿体基因组密码子偏爱性分析 [Ｊ]. 分子植
ＵＡＵꎬ这些最优密码子以 Ａ / Ｕ 结尾ꎬ与大多植物叶 物育种ꎬ １４(２): ３０９－３１７.]
绿体基因组最优密码子相似ꎬ表明梧桐与其他双 ＪＩＡＮＧ Ｙꎬ ＤＥＮＧ Ｆꎬ ＷＡＮＧ ＨＬꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００８. Ａｎ ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ
子叶植物叶绿体基因组密码子第 ３ 位碱基偏爱使 ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ ｔｈｅ ｇｌｏｂａｌ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｐａｔｔｅｒｎ ｏｆ ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓｅｓ
[Ｊ]. Ａｒｃｈ Ｖｉｒｏｌꎬ １５３(１２): ２２７３－２２８２.
用 Ａ / Ｕ 结尾(Ｋａｗａｂｅ ＆ Ｍｉｙａｓｈｉｔａꎬ ２００３)ꎮ 有研究
ＫＡＷＡＢＥ Ａꎬ ＭＩＹＡＳＨＩＴＡ ＮＴꎬ ２００３. Ｐａｔｔｅｒｎｓ ｏｆ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ
表明ꎬ物种间的亲缘关系越近ꎬ其密码子使用模式 ｂｉａｓ ｉｎ ｔｈｒｅｅ ｄｉｃｏｔ ａｎｄ ｆｏｕｒ ｍｏｎｃｏｔ ｐｌａｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ [Ｊ]. Ｇｅｎｅｓ
越相似( 张太奎等ꎬ２０１７ꎻ张孟伟等ꎬ２０１８)ꎮ 本研 Ｇｅｎｅｔ Ｓｙｓｔꎬ ７８(５): ３４３－３５２.
究中ꎬ两种梧桐叶绿体基因组密码子使用偏性极 ＬＩ ＧＹꎬ ＳＨＥＮＧ ＸＨꎬ ＸＵ ＰＬꎬ ２０１１. Ａ ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ ｒｅｐｏｒｔ ｏｎ
ｗｉｌｄ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｓｕｒｖｅｙ ｏｆ Ｆｉｒｍｉａｎａ ｐｕｌｃｈｅｒｒｉｍａ [Ｊ]. Ｔｏｒｐ Ｆｏｒꎬ
为相似ꎬ但存在一定的差异ꎮ 此外ꎬ本研究还发
３９(１): ５０－５２. [黎国运ꎬ 盛小彬ꎬ 徐佩玲ꎬ ２０１１. 美丽梧
现ꎬ美丽梧桐中叶绿体 ｃｌｐＰ 编码基因丢失ꎬ云南梧 桐野生资源调查初报 [Ｊ]. 热带林业ꎬ ３９(１): ５０－５２.]
桐的 ｎｄｈＫ 为假基因ꎬ推测两种梧桐适应环境改变 ＬＩ ＧＹꎬ ＧＵＡＮ ＸＪꎬ ＳＨＥＮＧ ＸＢꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１. Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｎ
ｓｈｏｏｔ ｃｕｔｔｉｎｇ ｐｒｏｐａｇａｔｉｏｎ ｏｆ Ｆｉｒｍｉａｎａ ｐｕｌｃｈｅｒｒｉｍａ Ｈｓｕｅ
的进化趋势有所不同ꎬ有待深入研究ꎮ
[Ｊ]. Ｔｏｒｐ Ｆｏｒꎬ ３９(４): ３６－３８. [黎国运ꎬ 关秀娟ꎬ 盛小彬ꎬ
本研究分析了美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基
等ꎬ ２０１１. 美丽梧桐扦插育苗技术研究 [Ｊ]. 热带林业ꎬ
因组编码基因的密码子偏性形成的影响因素和特 ３９(４): ３６－３８.]
点ꎬ以及两种梧桐叶绿体基因组的最优密码子ꎬ为 ＬＩ Ｊꎬ ＬＩ ＨＹꎬ ＺＨＩ ＪＫꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７. Ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｏｆ ｅｘｐａｎｓｉｎ
外源基因密码子改造及梧桐属叶绿体基因组进化 ｇｅｎｅｓ ｉｎ Ｐｏｐｕｌｕｓ ｔｒｉｃｈｏｃａｒｐａ [ Ｊ]. Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍꎬ １２:
４５２－４６１.
机制研究提供一定的理论基础ꎮ
ＬＩ Ｐꎬ ＢＡＩ ＹＦꎬ ＦＥＮＧ ＲＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１. Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｏｄｏｎ ｂｉａｓ
ｏｆ ＮＡＤ￣ＭＥ ｇｅｎｅ ｉｎ Ａｍａｒａｎｔｈｕｓ ｈｙｐｏｃｈｏｎｄｒｉａｃｕｓ [Ｊ]. Ｃｈｉｎ Ｊ
Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｂｉｏｌꎬ １: １２－１７. [李平ꎬ 白云凤ꎬ 冯瑞云ꎬ
参考文献: 等ꎬ ２０１１. 籽粒苋苹果酸酶(ＮＡＤ－ＭＥ)基因密码子偏好性
分析 [Ｊ]. 应用与环境生物学报ꎬ １: １２－１７.]
ＡＳＨＥＳＨ Ｎꎬ ２００２. Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎｓ ｏｎ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｃｈａｎｇｅｓ ｉｎ
ＬＩＵ ＱＰꎬ ＸＵＥ ＱＺꎬ ２００５. Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｓｔｕｄｉｅｓ ｏｎ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ
ｂａｓｅ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｓ ｉｎ ｇｅｎｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ [Ｊ]. Ｉｎｔｅｒｎｅｔ Ｅｌｅｃｔｒ Ｊ ｐａｔｔｅｒｎ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｈｏｓｔ ｎｕｃｌｅａｒ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｆｏｕｒ
Ｍｏｌ Ｄｅｓｉｇｎꎬ １: ５４５－５５８. ｐｌａｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ [Ｊ]. Ｊ Ｇｅｎｅｔꎬ ８４(１): ５５－６２.
ＢＵＣＨＡＮ ＪＲꎬ ＡＵＣＯＴＴ ＬＳꎬ ＳＴＡＮＳＦＩＥＬＤ Ｉꎬ ２００６. ｔＲＮＡ ＬＩＵ Ｘꎬ ＺＨＯＵ ＢＹꎬ ＹＡＮＧ ＨＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８. Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ
ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｈｅｌｐ ｓｈａｐｅ ｃｏｄｏｎ ｐａｉｒ ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ ｉｎ ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ ｃａｒｉｎａｔｕｍ Ｓｃｈｏｕｓｂ ａｎｄ Ｋａｌｉｍｅｒｉｓ
ｆｒａｍｅｓ [Ｊ]. Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓꎬ ３４(３): １０１５－１０２７. ｉｎｄｉｃａ. Ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｒｅｖｅａｌ ｔｗｏ
Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ １９８４. Ｆｌｏｒａ Ｒｅｉｐｕｂｌｉｃａｅ ｉｎｖｅｒｓｉｏｎｓ ａｎｄ ｒｂｃＬ ａｓ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ ｖｅｇｅｔａｂｌｅ [Ｊ]. Ｍｏｌｅ￣
Ｐｏｐｕｌａｒｉｓ Ｓｉｎｉｃａｅ [ Ｍ]. ｈｔｔｐ: / / ｆｒｐｓ. ｉｐｌａｎｔ. ｃｎ/ ꎬ ４９ ( ２): ｃｕｌｅｓꎬ ２３(６): １３５８.
１３６－１３７. [中国科学院ꎬ １９８４. 中国植物志 [Ｍ]. ｈｔｔｐ: / / ＬＵＯ Ｈꎬ ＨＵ ＳＳꎬ ＷＵ Ｑꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５. Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｂｕｃｋｗｈｅａｔ
ｆｒｐｓ.ｉｐｌａｎｔ.ｃｎ/ ꎬ ４９(２): １３６－１３７.] ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｂｉａｓ [Ｊ]. Ｇｅｎｏｍ Ａｐｐｌ Ｂｉｏｌꎬ ３４(１１):
ＦＵ ＪＭꎬ ＳＵＯ ＹＪꎬ ＬＩＵ ＨＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７. Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ ｃｏｄｏｎ ２４５７－２４６４. [罗洪ꎬ 胡莎莎ꎬ 吴琦ꎬ 等ꎬ ２０１５. 甜荞叶绿体
ｕｓａｇｅ ｉｎ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓ ｏｆ Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ 基因密码子偏爱性分析 [Ｊ]. 基因组学与应用生物学ꎬ
ｓｐｐ. [Ｊ]. Ｎｏｎｗ Ｆｏｒ Ｒｅｓꎬ ３５(２):３８－４４. [傅建敏ꎬ 索玉静ꎬ ３４(１１): ２４５７－２４６４.]
刘慧敏ꎬ 等ꎬ ２０１７. 柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码 ＮＩＵ Ｙꎬ ＸＵ Ｑꎬ ＷＡＮＧ ＹＤꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８. Ａｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ ｃｏｄｏｎ
子用法 [Ｊ]. 经济林研究ꎬ ３５(２): ３８－４４.] ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｍｏｅ ｏｆ Ｒｏｓａ ｏｄｏｒａｔａ ｖａｒ. ｇｉｇａｎｔｅａ
ＧＡＢＲＩＥＬ Ｍꎬ ＬＡＵＲＥＮＴ Ｄꎬ２００１. Ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅꎬ [Ｊ]. Ｊ ＮＷ Ｆｏｒ Ｕｎｉｖꎬ ３３(３): １２３－１３０. [牛元ꎬ 徐琼ꎬ 王嵛
ａｃｃｕｒａｃｙ ｏｆ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎꎬ ａｎｄ ｇｅｎｅ ｌｅｎｇｔｈ ｉｎ Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ 德ꎬ 等ꎬ ２０１８. 大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性
ｅｌｅｇａｎｓ [Ｊ]. Ｊ Ｍｏｌ Ｅｖｏｌꎬ ５２: ２７５－２８０. 分析 [Ｊ]. 西北林学院学报ꎬ ３３(３): １２３－１３０.]
ＧＵＳＴＡＦＳＳＯＮ Ｃꎬ ＧＯＶＩＮＤＡＲＡＪＡＮ Ｓꎬ ＭＩＮＳＨＵＬＬ Ｊꎬ ＱＩＮ Ｚꎬ ＺＨＥＮＧ ＹＪꎬ ＧＵＩ ＬＪꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８. Ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ