Page 43 - 《广西植物》2020年第2期
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1 8 0                                 广  西  植  物                                         40 卷
                                表 5  两种梧桐密码子 RSCU 及最优密码子
                   Table 5  Relative synonymous codon usage (RSCU) of genes and the optimal
                            codons in Firmiana pulcherrima and F. major chloroplast
                                        美丽梧桐 F. pulcherrima                 云南梧桐 F. major
         氨基酸           密码子
        Amino acid      Codon                 高表达        低表达                    高表达        低表达
                                叶绿体基因组                            叶绿体基因组
                                               High       Low                    High       Low
                                  Cp genome                         Cp genome
                                             expression  expression            expression  expression
         Ala(A)        GCA∗        1.09        1.14       0.90       1.08        1.14       0.99
                        GCC        0.67        0.34       0.63       0.68        0.34       0.64
                        GCG        0.47        0.80       0.70       0.48        0.80       0.60
                        GCU        1.76        1.71       1.77       1.77        1.71       1.77
         Cys(C)         UGC        0.50        0.40       0.59       0.52        0.40       0.63
                       UGU∗        1.50        1.60       1.41       1.48        1.60       1.37
         Asp(D)         GAC        0.42        0.93       0.35       0.41        0.93       0.38
                        GAU        1.58        1.07       1.65       1.59        1.07       1.62
         Glu(E)        GAA∗∗       1.51        1.48       1.24       1.50        1.56       1.24
                        GAG        0.49        0.52       0.76       0.50        0.44       0.76
         Phe(F)         UUC        0.68        0.26       0.98       0.67        0.35       0.96
                      UUU∗∗∗       1.32        1.74       1.02       1.33        1.65       1.04
         Gly(G)        GGA∗        1.56        1.65       1.50       1.57        1.65       1.50
                        GGC        0.43        0.35       0.47       0.43        0.35       0.51
                        GGG        0.72        0.61       0.95       0.68        0.61       0.92
                       GGU∗∗       1.29        1.39       1.08       1.33        1.39       1.07
         His(H)         CAC        0.51        0.40       0.50       0.50        0.40       0.51
                       CAU∗        1.49        1.60       1.50       1.50        1.60       1.49
         Ile(I)         AUA        0.93        1.11       1.00       0.94        1.11       1.00
                        AUC        0.57        0.32       0.74       0.57        0.32       0.71
                       AUU∗∗       1.50        1.58       1.27       1.48        1.58       1.29
         Lys(K)        AAA∗∗       1.50        1.60       1.23       1.51        1.60       1.24
                        AAG        0.50        0.40       0.77       0.49        0.40       0.76
         Leu(L)         CUA        0.81        0.57       0.87       0.81        0.57       0.84
                        CUC        0.37        0.19       0.58       0.37        0.19       0.59
                        CUG        0.39        0.00       0.54       0.39        0.00       0.61
                        CUU        1.23        1.52       1.44       1.25        1.52       1.50
                      UUA∗∗∗       1.97        2.19       1.10       1.96        2.19       0.99
                        UUG        1.23        1.52       1.48       1.22        1.52       1.48
         Met(M)         AUG        1.00        1.00       1.00       1.00        1.00       1.00
         Asn(N)         AAC        0.47        0.72       0.48       0.46        0.69       0.48
                        AAU        1.53        1.28       1.52       1.54        1.31       1.52
         Pro(P)         CCA        1.13        0.78       1.22       1.12        0.67       1.24
                        CCC        0.76        1.11       0.85       0.75        1.22       0.86
                        CCG        0.56        0.78       0.64       0.57        0.78       0.56
                        CCU        1.55        1.33       1.28       1.56        1.33       1.33
         Gln(Q)       CAA∗∗∗       1.55        2.00       1.37       1.54        2.00       1.42
                        CAG        0.45        0.00       0.63       0.46        0.00       0.58
         Arg(R)         AGA        1.77        1.94       1.76       1.80        1.92       1.89
                        AGG        0.62        0.68       0.98       0.62        0.67       0.99
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