Page 43 - 《广西植物》2020年第2期
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表 5 两种梧桐密码子 RSCU 及最优密码子
Table 5 Relative synonymous codon usage (RSCU) of genes and the optimal
codons in Firmiana pulcherrima and F. major chloroplast
美丽梧桐 F. pulcherrima 云南梧桐 F. major
氨基酸 密码子
Amino acid Codon 高表达 低表达 高表达 低表达
叶绿体基因组 叶绿体基因组
High Low High Low
Cp genome Cp genome
expression expression expression expression
Ala(A) GCA∗ 1.09 1.14 0.90 1.08 1.14 0.99
GCC 0.67 0.34 0.63 0.68 0.34 0.64
GCG 0.47 0.80 0.70 0.48 0.80 0.60
GCU 1.76 1.71 1.77 1.77 1.71 1.77
Cys(C) UGC 0.50 0.40 0.59 0.52 0.40 0.63
UGU∗ 1.50 1.60 1.41 1.48 1.60 1.37
Asp(D) GAC 0.42 0.93 0.35 0.41 0.93 0.38
GAU 1.58 1.07 1.65 1.59 1.07 1.62
Glu(E) GAA∗∗ 1.51 1.48 1.24 1.50 1.56 1.24
GAG 0.49 0.52 0.76 0.50 0.44 0.76
Phe(F) UUC 0.68 0.26 0.98 0.67 0.35 0.96
UUU∗∗∗ 1.32 1.74 1.02 1.33 1.65 1.04
Gly(G) GGA∗ 1.56 1.65 1.50 1.57 1.65 1.50
GGC 0.43 0.35 0.47 0.43 0.35 0.51
GGG 0.72 0.61 0.95 0.68 0.61 0.92
GGU∗∗ 1.29 1.39 1.08 1.33 1.39 1.07
His(H) CAC 0.51 0.40 0.50 0.50 0.40 0.51
CAU∗ 1.49 1.60 1.50 1.50 1.60 1.49
Ile(I) AUA 0.93 1.11 1.00 0.94 1.11 1.00
AUC 0.57 0.32 0.74 0.57 0.32 0.71
AUU∗∗ 1.50 1.58 1.27 1.48 1.58 1.29
Lys(K) AAA∗∗ 1.50 1.60 1.23 1.51 1.60 1.24
AAG 0.50 0.40 0.77 0.49 0.40 0.76
Leu(L) CUA 0.81 0.57 0.87 0.81 0.57 0.84
CUC 0.37 0.19 0.58 0.37 0.19 0.59
CUG 0.39 0.00 0.54 0.39 0.00 0.61
CUU 1.23 1.52 1.44 1.25 1.52 1.50
UUA∗∗∗ 1.97 2.19 1.10 1.96 2.19 0.99
UUG 1.23 1.52 1.48 1.22 1.52 1.48
Met(M) AUG 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
Asn(N) AAC 0.47 0.72 0.48 0.46 0.69 0.48
AAU 1.53 1.28 1.52 1.54 1.31 1.52
Pro(P) CCA 1.13 0.78 1.22 1.12 0.67 1.24
CCC 0.76 1.11 0.85 0.75 1.22 0.86
CCG 0.56 0.78 0.64 0.57 0.78 0.56
CCU 1.55 1.33 1.28 1.56 1.33 1.33
Gln(Q) CAA∗∗∗ 1.55 2.00 1.37 1.54 2.00 1.42
CAG 0.45 0.00 0.63 0.46 0.00 0.58
Arg(R) AGA 1.77 1.94 1.76 1.80 1.92 1.89
AGG 0.62 0.68 0.98 0.62 0.67 0.99