Page 44 - 《广西植物》2020年第2期
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２ 期 陆奇丰等: 两种梧桐叶绿体基因组密码子使用偏性分析 １ ８ １
续表 ５
美丽梧桐 Ｆ. ｐｕｌｃｈｅｒｒｉｍａ 云南梧桐 Ｆ. ｍａｊｏｒ
氨基酸 密码子
Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ Ｃｏｄｏｎ 高表达 低表达 高表达 低表达
叶绿体基因组 叶绿体基因组
Ｈｉｇｈ Ｌｏｗ Ｈｉｇｈ Ｌｏｗ
Ｃｐ ｇｅｎｏｍｅ Ｃｐ ｇｅｎｏｍｅ
ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ
ＣＧＡ∗∗ １.３９ １.６１ １.４７ １.４０ １.６７ １.３６
ＣＧＣ ０.４９ ０.４２ ０.４２ ０.４９ ０.４２ ０.４６
ＣＧＧ ０.４３ ０.２５ ０.６５ ０.４０ ０.２５ ０.５６
ＣＧＵ∗∗ １.２９ １.１０ ０.７２ １.２９ １.０８ ０.７３
Ｓｅｒ(Ｓ) ＡＧＣ ０.３９ ０.６７ ０.３０ ０.３７ ０.５５ ０.３２
ＡＧＵ∗ １.２３ １.２０ １.０２ １.２５ １.２３ １.０１
ＵＣＡ １.１８ ０.９３ １.１４ １.２０ ０.９５ １.１８
ＵＣＣ ０.９７ １.０７ １.１２ ０.９６ １.０９ １.１２
ＵＣＧ ０.５４ ０.８０ ０.８１ ０.５５ ０.８２ ０.７６
ＵＣＵ １.６９ １.３３ １.６１ １.６７ １.３６ １.６２
Ｔｈｒ(Ｔ) ＡＣＡ∗ １.２３ １.３７ １.２０ １.２２ １.３７ １.２５
ＡＣＣ ０.８０ １.０３ ０.７７ ０.７８ ０.９１ ０.６９
ＡＣＧ ０.４０ ０.２３ ０.６７ ０.４２ ０.２３ ０.７９
ＡＣＵ∗ １.５７ １.３７ １.３７ １.５７ １.４９ １.２８
Ｖａｌ(Ｖ) ＧＵＡ∗∗∗ １.４６ ２.３２ １.２４ １.４７ ２.３２ １.２３
ＧＵＣ ０.４８ ０.１３ ０.４５ ０.４８ ０.１３ ０.４１
ＧＵＧ ０.５９ ０.１３ ０.８２ ０.６０ ０.１３ ０.８２
ＧＵＵ １.４７ １.４２ １.４８ １.４５ １.４２ １.５３
Ｔｒｐ(Ｗ) ＵＧＧ １.００ １.００ １.００ １.００ １.００ １.００
Ｔｙｒ(Ｙ) ＵＡＣ ０.４１ ０.００ ０.４３ ０.４１ ０.００ ０.４２
ＵＡＵ∗∗ １.５９ ２.００ １.５７ １.５９ ２.００ １.５８
Ｃｏｄｏｎｓ Ｎｏ. — ２１１３８ ６３５ ３０７６ ２１１２４ ６３５ ３０７９
注: ∗表示 ΔＲＳＣＵ≥０.０８ 且叶绿体基因组 ＲＳＣＵ>１ꎻ ∗∗表示 ΔＲＳＣＵ≥０.３ 且叶绿体基因组 ＲＳＣＵ>１ꎻ ∗∗∗表示 ΔＲＳＣＵ≥０.５ 且
叶绿体基因组 ＲＳＣＵ>１ꎬΔＲＳＣＵ 表示高、低表达基因库相应密码子之差ꎮ
Ｎｏｔｅ: ∗ ｍｅａｎｓ ΔＲＳＣＵ≥０.０８ ａｎｄ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ＲＳＣＵ>１ ꎻ ∗∗ｍｅａｎｓ ΔＲＳＣＵ≥０.３ ａｎｄ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ＲＳＣＵ>１ꎻ ∗∗∗ｍｅａｎｓ ΔＲＳＣＵ≥０.５
ａｎｄ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ＲＳＣＵ>１ꎬ ΔＲＳＣＵ ｍｅａｎｓ ＲＳＣＵ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ｂｅｔｗｅｅｎ ｈｉｇｈｌｙ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｇｅｎｅｓ ａｎｄ ｌｏｗ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｇｅｎｅｓ.
樟 树 ( Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ ｃａｍｐｈｏｒａ)、 甜 荞 ( Ｆａｇｏｐｙｒｕｍ 关ꎬ而且还更多受到选择的影响ꎮ ＥＮＣ￣ｐｌｏｔ 分析
ｅｓｃｕｌｅｎｔｕｍ) (罗洪等ꎬ２０１５ꎻ牛元等ꎬ２０１８ꎻ秦政等ꎬ 显示:大部分基因的 ＥＮＣ 值与期望 ＥＮＣ 值较为接
２０１８)等植物的研究结果一致ꎮ 近ꎬ其分布频数集中于－０.０４ ~ ０.１０ 之间ꎬ表明这部
自然选择和突变是影响密码子使用偏性的重 分基因受密码子偏性与第 ３ 位碱基的 ＧＣ 含量相
要因素(Ｓｈａｒｐ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０１０ꎻＲａｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０１１)ꎮ 本研 关ꎬ突 变 是 主 要 影 响 因 素ꎻ 而 ｒｐｓ８、 ｒｐｓ１４、 ｒｐｓ１８、
究通过对两种梧桐叶绿体基因组 ５２ 个编码基因 ｐｅｔＤ、ｒｐｌ１６、ｐｓｂＡ 分布于标准曲线的下方较远位置ꎬ
Ｃ 与 Ｃ 相关分析表明ꎬ密码子第 ３ 位碱基 ＧＣ 自然选择影响其密码子偏性的主要因素ꎮ 综合中
ＧＣ３ ＧＣ１２
含量与第 １ 位、第 ２ 位碱基相关性弱ꎬ且线性回归 性绘图分析、ＥＮＣ￣ｐｌｏｔ、ＰＲ２￣ｐｌｏｔ 等分析发现ꎬ突变
斜率较小ꎬ表明两种梧桐密码子的使用受到选择 和自然选择等多重因素共同影响着两种梧桐叶绿
压力因素较强ꎮ 此外ꎬＰＲ２￣ｐｌｏｔ 分析发现ꎬ密码子 体密码子使用偏性ꎮ 这与柿属植物、普通油茶、苦
第 ３ 位碱基上 Ａ / Ｔ 碱基和 Ｃ / Ｇ 碱基使用频率存在 荞、甜荞等物种的叶绿体基因组密码子偏性研究
差异ꎬ更偏好使用 Ｔ、Ｃ 碱基ꎬ进一步表明两种梧桐 结果相似( 罗洪等ꎬ２０１５ꎻ胡莎莎等ꎬ２０１６ꎻ傅建敏
叶绿体基因组密码子使用不仅与碱基突变的有 等ꎬ２０１７ꎻ王鹏良等ꎬ２０１８)ꎮ
