Page 101 - 《广西植物》2020年第4期

４ 期 张林甦等: 阴地蕨全转录组分析及植物激素信号转导相关基因筛选 ５ ３ ９

８０.６％ꎬ测序深度属“深度”(ｈｉｇｈ ｄｅｅｐꎬ>１５ Ｍｂ) 测
２ 结果与分析 序ꎮ 得到 干 净 总 碱 基 数 ６. ６７ Ｇｂ ꎬ 组 装 后 得 到
５８ ６４６ 个 Ｕｎｉｇｅｎｅꎬ平均 长 度 １ ０２３ ｂｐꎬＮ５０、Ｎ７０
２.１ 测序及组装结果 均大于 １ ０００ ｂｐ (表 １) ꎮ 所有 Ｕｎｉｇｅｎｅ 的长度均
使用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｈｉｓｅｑ 平台一共测得总原始序列 大于 ３００ ｂｐꎬ 分 布 在 ３００ ~ ４００ ｂｐ 的 最 多ꎬ 占
(ｒａｗ ｒｅａｄｓ) 数据量为 ５５.５２ Ｍｂꎬ过滤后得到干净 ２５.５％ꎬ大于 １ ０００ ｂｐ 的累计占 ３９％( 图 １)ꎬ说明
序列(ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓ)４４.４５ Ｍｂꎬ ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓ 比率达到 测序连续性和组装效果较好ꎮ

表 １ Ｕｎｉｇｅｎｅ 的质量指标
Ｔａｂｌｅ １ Ｑｕａｌｉｔｙ ｍｅｔｒｉｃｓ ｏｆ Ｕｎｉｇｅｎｅ ａｓｓｅｍｂｌｅ

样本 总数 平均长度
Ｎ５０ Ｎ７０ Ｎ９０ ＧＣ (％)
Ｓａｍｐｌｅ Ｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ Ｍｅａｎ ｌｅｎｇｔｈ

阴地蕨 Ｂｏｔｒｙｃｈｉｕｍ ｔｅｒｎａｔｕｍ ５８ ６４６ １ ０２３ １ ７６２ １ １０２ ３９９ ４４.６４

注: Ｎ５０. 按 Ｕｎｉｇｅｎｅ 长度从大到小排序后逐个累加至所有 Ｕｎｉｇｅｎｅꎬ总长度的 ５０％时ꎬ最后一个累加的数值大小即为 Ｎ５０ꎻ Ｎ７０、
Ｎ９０ 以此类推ꎮ ＧＣ(％). 碱基 Ｇ 和 Ｃ 的比例ꎮ
Ｎｏｔｅ: Ｎ５０. Ａ ｗｅｉｇｈｔｅｄ ｍｅｄｉａｎ ｓｔａｔｉｓｔｉｃ ｔｈａｔ ５０％ ｏｆ ｔｈｅ ｔｏｔａｌ ｌｅｎｇｔｈ ｉｓ ｃｏｎｔａｉｎｅｄ ｉｎ Ｕｎｉｇｅｎｅｓ ｇｒｅａｔ ｔｈａｎ ｏｒ ｅｑｕａｌ ｔｏ ｔｈｉｓ ｖａｌｕｅ. Ｔｈｅ ｓａｍｅ ｏｆ
Ｎ７０ ａｎｄ Ｎ９０. ＧＣ(％). Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ ｏｆ Ｇ ａｎｄ Ｃ ｂａｓｅｓ ｉｎ ａｌｌ Ｕｎｉｇｅｎｅｓ.

图 １ 阴地蕨单一基因的长度分布
Ｆｉｇ. １ Ｌｅｎｇｔｈ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｂｏｔｒｙｃｈｉｕｍ ｔｅｒｎａｔｕｍ Ｕｎｉｇｅｎｅ

表 ２ 阴地蕨单一基因功能注释结果统计
Ｔａｂｌｅ ２ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃ ｏｆ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｏｆ Ｂｏｔｒｙｃｈｉｕｍ ｔｅｒｎａｔｕｍ Ｕｎｉｇｅｎｅ

项目 总 Ｕｎｉｇｅｎｅ ＮＲ 注释 ＮＴ 注释 Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ 注释 ＫＥＧＧ 注释 ＣＯＧ 注释 Ｉｎｔｅｒｐｒｏ ＧＯ 注释 总体注释
注释
Ｔｏｔａｌ ＮＲ ＮＴ Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ ＫＥＧＧ ＣＯＧ ＧＯ Ｏｖｅｒａｌｌ
Ｉｔｅｍ Ｉｎｔｅｒｐｒｏ
Ｕｎｉｇｅｎｅ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ
ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ
数目 Ｎｕｍｂｅｒ ５８ ６４６ ３８ ３５２ ２３ ３９１ ２７ ０４９ ２９ ２４１ １６ ６７８ ３０ ３７５ １５ ９０５ ４０ ６１０
占比 Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ １００ ６５.４０ ３９.８９ ４６.１２ ４９.８６ ２８.４４ ５１.７９ ２７.１２ ６９.２５
注: 总体注释为被七大数据库中任意一个数据库注释上的 Ｕｎｉｇｅｎｅ 总数ꎮ
Ｎｏｔｅ: Ｏｖｅｒａｌｌ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｉｓ ｔｈｅ ｔｏｔａｌ Ｕｎｉｇｅｎｅ ｗｈｉｃｈ ｉｓ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｂｙ ｅｉｔｈｅｒ ｏｆ ｔｈｅ ｓｅｖｅｎ ｄａｔａｂａｓｅｓ.